הממשלה אישרה (יום ה', 16.3.17) את מינויו של
שמואל אבואב לתפקיד מנכ"ל משרד החינוך. אבואב יחליף את מיכל כהן, שכיהנה בתפקידה בארבע השנים האחרונות ולאחרונה הודיעה על סיום תפקידה. המינוי התאפשר למרות מחאות בציבור הדתי-לאומי נגד שר החינוך. הטענות נגד
נפתלי בנט היו על כך שלא החליף את המנכ"ל הקודמת במנכ"ל המזוהה עם התפישות החינוכיות של המגזר ועל כך שגם המנכ"ל החדש אינו נמנה על הציבור הדתי.
שמואל אבואב כיהן בשנים האחרונות בתפקיד יו"ר קרן נאור (קרן חברתית-אזרחית), אשר מפעילה מיזמים חברתיים רבים ומגוונים, בדגש על תחומי המאבק בקטל בדרכים, שיפור מצבה של אוכלוסיית הילדים והנוער בסיכון בישראל, וכן בליווי ובתמיכה לעיירות הפיתוח והפריפריה.
לאבואב ניסיון עשיר בתחום השירות הציבורי. הוא כיהן בתפקיד מנכ"ל משרד החינוך (בשנים 2007-2006) וליווה את שיקום מערכת החינוך בצפון לאחר מלחמת לבנון השנייה, וכן היה שותף בגיבושה של הרפורמה בבתי הספר היסודיים "אופק חדש". לפני כן, כיהן אבואב בתפקיד מנכ"ל משרד הבינוי והשיכון (בשנים 2006-2005). במסגרת תפקידו עסק בתכנון, בפיתוח ובבנייה של יחידות דיור, בטיפול באוכלוסיות החלשות ובקידום הדיור הציבורי.
במשך 15 שנים כיהן אבואב כראש המועצה המקומית קריית טבעון. על פעילותו בתפקיד זה זכה אבואב במשך תשע שנים ברציפות בפרס ניהול כספי תקין מטעם משרד הפנים.
לצד תפקידים אלה, כיהן אבואב כיו"ר ועדת המנכ"לים של משרדי ממשלה לטיפול בנושא יוצאי הקהילה האתיופית, יו"ר ועדת החינוך של השלטון המקומי, יו"ר המכון לפיתוח מבני חינוך ורווחה ויו"ר עמותת אל סם.
לאבואב תואר שני בתחום מנהל השלטון המקומי מטעם אוניברסיטת חיפה.