במשך שנים ניהלה רשות המים את משק המים באופן שאינו עולה בקנה אחד עם גודל האחריות הכרוכה בכך - קובע (יום ב', 22.10.18) מבקר המדינה, יוסף שפירא. הוא מותח ביקורת חריפה על רשות המים, הכפופה לשר האנרגיה, יובל שטייניץ, על מחדלים של שנים ארוכות, ודורש משטייניץ לפעול מתוקף סמכותו כדי לתקן מיידית את הליקויים הקשים בהתנהלותה.

שפירא אומר: "רשות המים נקטה פעם אחר פעם מדיניות של הליכה על הסף שהתבטאה בהתרת הרסן מיד בסיומה של שנת גשמים ברוכה אחת, תוך התעלמות מהשפעותיהם ארוכות הטווח של השינויים האקלימיים באזור. העדר תכנון בר-קיימא של משק המים וניהולו הכושל על-ידי הרשות, הציבו שוב את משק המים במשבר.

"המשבר בא לידי ביטוי בכך שמפלסיהם של כמעט כל מאגרי המים הטבעיים נמוכים מקוויהם האדומים ובוודאי נמוכים מהקווים הירוקים; נפחי מים ניכרים מזוהמים או נמצאים בסכנת זיהום חמורה ואינם מטופלים; כלי הפקה רבים הולכים ומתיישנים ויוצאים מכלל שימוש; חלק ניכר ממי הקולחים אינם מטופלים באיכות הנדרשת. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את תפקודה של רשות המים, שהביאה את משק המים ואת מאגרי המים הטבעיים למצב משבר".

על-פי הדוח, שטייניץ ורשות המים לא פעלו להגשת תוכנית אב למשק המים לאישור הממשלה כפי שזו החליטה באוקטובר 2010. בהעדר תוכנית אב מאושרת, ניהול משק המים מוּנע מאילוצי ההתמודדות עם המשבר המתפתח, במקום לתכנן תוכנית לטווח הארוך שתאפשר לנקוט פעולות שקולות ותסייע להימנע ממשברים בעתיד.

רשות המים לא סיימה להכין ולאשר תוכניות חיוניות למשק המים כגון תוכנית אב למערכת הארצית ותוכנית אב לביוב והשבה, אשר אמורות להבטיח את ניהולו של משק המים כבר-קיימא ולהיערך למצב של רצף שנים שחונות ושל שינויי אקלים. הרשות לא הגדירה סדר עדיפות למשק המים ולא קבעה יעדים לטווח הארוך לביצוע מיזמים שיאפשרו את תכנון משק המים ואת פיתוחו באופן מיטבי. הרשות גם לא הכינה תוכניות עבודה שנתיות ותוכניות פיתוח רב-שנתיות. כתוצאה מכך משק המים אינו מנוהל באופן מיטבי ומתהווים בו מצבי משבר.

אף שמשנת 2015 שבה מגמת העלייה בצריכת המים לנפש, רשות המים לא נקטה עד שנת 2018 צעדים לעידוד החיסכון במים ולצמצום הגידול בצריכת המים שנרשם מאז שנה זו. הרשות נחפזה להגדיל את מכסות המים לחקלאות לפני שטיפלה במקורות המים.

בשנים 2017-2013 איפשרה רשות המים את ניצול מאגרי המים הטבעיים, לעיתים בניגוד להמלצת השירות ההידרולוגי. בכך הביאה הרשות להתדלדלות מאגרים אלה עד כדי סיכון לגרימת נזק בלתי הפיך להם. רשות המים לא שיקמה את מאגרי המים הטבעיים ולא פעלה לשימורם כמקורות מים בני-קיימא לטווח הארוך. רשות המים אף פעלה בניגוד לצו המים ואיפשרה למפלס הכנרת לרדת מתחת לקו האדום התחתון בשנים 2016 ו-2017 - ירידה העלולה לגרום לכנרת זה לנזק הידרולוגי חמור וייתכן שאף בלתי הפיך; היא לא קיבלה את אישור הממשלה לכך.

רשות המים לא קבעה קווי תפעול (קווים אדומים ואחרים) לכל אחד ממאגרי המים הטבעיים למעט הכנרת - בניגוד להחלטת הממשלה מאוקטובר 2010, להמלצות השירות ההידרולוגי ולהערות מבקר המדינה בדוחות קודמים. אי-קביעת קווי תפעול ואי-הקפדה על העמידה בהם מביאות לפגיעה באקוויפרים ועלולות לגרום להם נזק בלתי הפיך ואף לסכן את קיומם, מזהיר שפירא.

רשות המים שינתה בפועל את יעד היקף ההתפלה שקבעה הממשלה ללא קבלת אישורה, בניגוד לסדרי הממשל התקינים. שינוי היעד הביא לאי-פיתוחם של מתקני התפלה במועד ובהתאם לצורכי משק המים. מאז שנת 2013 לא פעלה להגדלת כושר ההתפלה ל-750 מיליון מ"ק ב-2020. הרשות לא אישרה תוכנית עבודה סדורה להקמתם של מתקני התפלה בטווח הארוך, ולא קבעה את סדר הקמת המתקנים ואת מועד תחילת הקמתו של כל מתקן, כך שיבטיחו את אספקת המים בהתאם לתחזיות הביקוש.