סדרי העדיפות לביצוע שינויים במדיניות מס מסוימת או בפעילות רשות המיסים נקבעים באופן מתגלגל משנה לשנה ולא על-פי תוכנית עבודה סדורה רב-שנתית - קובע (יום ב', 22.10.18)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
שפירא מציין, כי כבר לפני חמש שנים מצא, כי "במשרד האוצר יש כמה גופים העוסקים בגיבוש מדיניות המיסוי, לעיתים ללא כל תיאום ביניהם. בהעדר גוף מתכלל שבו נצברים הידע והמומחיות בתחום המס, קשה לקיים תהליך תקין של קבלת החלטות, תכנון אסטרטגי לטווח ארוך והתאמת שינויים במיסים למדיניות הממשלה מתוך ראייה פיסקלית רחבה". ליקוי זה טרם תוקן.
ברשות לא מתקיים מעקב אחר עבודת מרבית הוועדות המקצועיות הפנימיות, החל ממינוין ועד להשלמת עבודתן, על-ידי גורם מרכז בדרג מטה. עבודות מטה נקטעות באיבן ואינן מקודמות; לא קיימת מתודולוגיה לפעילות של ועדות מקצועיות ולטיפול בהמלצות מיסוי שלהן.
במשך השנים זיהתה הרשות נושאים שוטפים מהותיים בעבודתה המקצועית שקיימים בהם ליקויים מהותיים ושבעניינם הוקמו או הייתה כוונה להקים ועדות או צוותי עבודה. אולם בנוגע לכמחציתם לא הוקמה לבסוף הוועדה או שהרשות לא איתרה אסמכתאות לקיומה ולפעילותה. בסופו של דבר, רוב הנושאים לא טופלו.
חלק מהוועדות שהגישו המלצות סיימו את עבודתן חודשים ארוכים, ולעיתים קרובות שנים, לאחר תאריך היעד שהוגדר להן. לעיתים קרובות אימוץ המלצות ועדה מסוימת ברשות או ועדה בין-משרדית מצריך יוזמות חקיקה, אולם לעיתים לא קודמו יוזמות חקיקה מתאימות.
למרות פעולת עשרות רבות של ועדות לאורך השנים במסגרת רשות המיסים, באתר הרשות מפורסמים רק עשרה דוחות של ועדות מקצועיות שפעלו בשנים 2016-2002, שרובן הן ועדות בין-משרדיות ששותפו בהן או עמדו בראשן נציגים של משרדי ממשלה אחרים.
במארס 2009 מונה היועץ המשפטי דאז של הרשות,
משה מזרחי, לעמוד בראש ועדה להפקת לקחים בעקבות גילויים שעלו מפרשת רשות המיסים. הוועדה הגישה את המלצותיה למנהל הרשות דאז,
יהודה נסרדישי, במארס 2011 והוא הודיע על אימוצן. בפועל, מצא שפירא, חלק מן ההמלצות לא יושמו.
בנוגע לתהליכי השומה ציינה הוועדה בסקירתה כי ייתכן כי שומות שהן אישור הדוח המוגש (שומה 01) או שומה בהסכם שלב א' (שומה 02) יאושרו בפועל רק על-ידי המפקח שערך אותן. בפועל, בקביעת השומה מעורבים לעיתים גורמים הן מהדרג המבצע (למשל, רכז החוליה) הן מהדרג המאשר (למשל, סגן פקיד השומה). ללא בקרה על קביעת השומה, לא ניתן יהיה לאתר שומות שנעשו בשגגה.
הוועדה המליצה לקבוע מדרג סמכויות בתוך משרדי השומה לצורך אישור שומות. הרשות החלה לבנות תוכנית להטמעת מדרג הסמכויות בכל המשרדים האזוריים. למרות המלצת הוועדה, עדיין לא הוגדר קוד מחשב שבו תסומן מעורבות פקיד השומה בעריכת השומה של נישום מסוים.
הוועדה המליצה לפעול לשיפור תנאי השכר של "עובדים מקצועיים ואיכותיים" כך שייוותרו ברשות לאורך זמן ויראו בעבודה ברשות דרך חיים, ולא "קרש קפיצה" לשוק הפרטי. בפועל נמצא, כי הרשות עדיין בוחנת את הדרכים לשימור ההון האנושי.
