מי שמשלם לקק"ל יחויב מעתה לנכות מס במקור - קובעת הוראה חדשה של רשות המיסים, שפורסמה באחרונה ותיכנס לתוקף בחודש הבא. המשמעות: כל מי שרוכש או ירכוש מוצרים או שירותים מקק"ל, יחויב לנכות מס במקור מהסכום שהוא מעביר לקק"ל, בשיעור שפקיד השומה יקבע לפי העניין
על-פי הערכה, ההודעה היא יריית הפתיחה למאבק בין הממשלה לקרן הקיימת על השאלה, האם קק"ל תחויב באפריל-מאי הקרובים לשלם מס הכנסה על רווחיה ב-2018.
רשות המיסים מסבירה, שסעיף זה הוכנס לתקנות לאור חוק שאישרה הכנסת ב-1.1.18, הקובע שחוקי המס יחולו על קק"ל. זאת, בניגוד לפטור ממסים שקיבלה קק"ל על-פי חוק שנחקק בראשית ימי המדינה והיה בתוקף עד לשנה האחרונה. ברשות אומרים כי נתנו לקק"ל שנה כדי להתארגן.
"אם הכנסת חוקקה חוק המחייב את קק"ל לשלם מיסים, ברור שהוא חל גם על הכנסותיה ממכירת מוצרים ושירותים. לכן, על-פי המקובל, על המשלם לנכות מס במקור אלא גם קיבל פטור" - מסבירה רשות המיסים.
מיד עם חקיקת החוק, אפשרה המדינה לקק"ל לקבל פטור ממס לשלוש שנים, אם תתחייב להעביר למדינה 65% מהכנסותיה. דירקטוריון קק"ל דחה כמעט מיד את ההצעה, ולכן החוק בתוקף, כולל התקנה שצוינה לעיל.
המשמעות המעשית של התקנה אינה גדולה. הכנסותיה העיקריות של קק"ל הן ממכירת מגרשים (באמצעות רשות מקרקעי ישראל) ותרומות, ואלו פטורים מניכוי מס במקור. הניכוי יחלו, למשל, במקרים שבהם מוכרת קק"ל שירותי יעור, פיקוח ובניה לגורמים חיצוניים.
ברשות המיסים אומרים כי הפעלת התקנה האמורה אינה מהווה "הכרזת מלחמה" של המדינה נגד קק"ל. "יש חוק ועלינו לקיימו". כך אומרים ברשות.
גירסת הקרן הקיימת היא, שיש להמשיך ולתת לה את הפטור המלא מתשלום מיסים, בהיותה "מוסד ציבורי", על-פי סעיף 9 (2) הפוטר ממס מוסדות כאלו.
המחלוקת הנוכחית על ניכוי במקור היא פתיחה למאבק העיקרי - האם קק"ל תחויב ב-2019 לשלם מס על הכנסותיה ב-2018. נכון - אומרת קק"ל-אכן החוק מינואר קובע שדיני המס יחולו עלינו, אבל אותם דיני מס (=פקודת מס הכנסה) קובעים, שכיון שאנחנו מוסד ציבורי, אנו פטורים מתשלום המס.