יומיים לאחר שיצא מבית-החולים לביתו, בבוקרו של ערב ראש-השנה, נחתה יונה צחורה בבית המדרש הסמוך לביתו של הרב עובדיה יוסף ברחוב הקבלן. היא התמקמה על כיסאו המיוחד שהיה כבר מוכן ומיאנה לזוז.
את הסיפור מפרסם הבוקר (יום ד', 27.9.06) שבועון של "קו עיתונות דתית". בתחילה סברו יושבי בית המדרש שמדובר בעוף שנקלע למקום בטעות. הסימן הראשוני לאירוע בלתי-שגרתי עלה כאשר "הם פתחו את הדלת, דחקו בה החוצה, אחד הלומדים אף הפריח אותה החוצה מהחלון. ושום דבר. היונה נאחזה בעקשנות במקומו של מרן, כאילו היא ממתינה לו", סיפר יו"ר שס, אליהו ישי, לכתב שלמה קוק.
עוד סיפר, כי למרבה הפלא שבה היונה וניצבה על עמדתה הראשונה כאילו לא היה דבר. השמועה עשתה לה כנפיים, ותושבי שכונת הר נוף באו בהמוניהם לחזות בפלא. "ככה", אמר ישי, "היונה נישאה אל מחוץ לבית-המדרש פעם אחר פעם, שש פעמים, ותמיד שבה לאותו מקום בדיוק".
כעבור שעות אחדות, ניגש אחד מעוזריו של הרב יוסף, ומסר לו על המתרחש. דקות ספורות בטרם תפילת מנחה, ירד הרב אל בית המדרש, ניגש אל מקום תפילתו ולפת את היונה בידיו. הוא ליטף את היונה, היישיר אליה מבטו, ולחש לה את מילות הפיוט: "יוֹנָה מַה תֶּהֱגִּי וּמַה תֶּהֱמִי, חַגָּיִךְ חֹגִּי, נִדְרֵךְ שַׁלְּמִי, יַעַן כִּי אֲנִי יְיָ וְאַתֶּם עַמִּי" (היונה בפיוט נמשלת לעם ישראל, ע.י.), הוסיף את הפסוק מפרשת נוח - "וַיְשַׁלַּח אֶת הַיּוֹנָה, וְלֹא יָסְפָה שׁוּב אֵלָיו עוֹד", ואמר: "עשית שליחותך, לכי לשלום. אמן כן יהי רצון".
"כשמרן גמר לומר את כל הפסוקים הוא שאל אותנו: איפה היא, איפה היונה", סיפר ישי. "והיא כבר לא הייתה שם. כי בזמן שמרן היה מרוכז באמירת הפסוקים, לנגד עיניהם המשתאות של כל הנוכחים, היונה פרחה מעצמה ולא חזרה".
באוזני מקורביו לחש הרב יוסף כי מדובר, ככל הנראה, בנשמות של צדיקים המתגלגלות בעולם הזה למצוא תקנה. אולם ליצני החצר אומרים שאולי בין השניים קיימת קירבה רעיונית, לאחר שהרב יוסף מוגדר בעמדותיו המדיניות כ"יונה"...
אם אכן כך, זוהי הפעם השנייה בתוך שבוע בה נשמה באה לבקש תיקון כשהיא מגולגלת בדמות חיה. חמישה ימים קודם לכן התחוללה פרשייה מוזרה, שהתפרסמה בכלי התקשורת, אשר במרכזה כלב לבן שדרש מחילה ב"בתי נייטין" בירושלים.
