הוועד הארצי של עובדי משרד החקלאות הכריז (יום ג', 3.10.06) על סכסוך עבודה במשרד החקלאות בעקבות התוכנית לפיטורי עובדים בשרות ההדרכה ובשירותים הוטרינרים. ההכרזה זכתה לגיבוי ואישור של ההסתדרות הכללית ומשמעותה שבתוך שבועיים, לאחר חג הסוכות, יוכלו העובדים לפתוח בעיצומים ואף להשבית את פעילות המשרד עד לכניסה למו"מ עם ההנהלה על ביצוע השינויים בהסכמה.
יו"ר הועד הארצי של עובדי משרד החקלאות, רפי אליאסי, אמר שהנהלת משרד החקלאות מנהלת מו"מ מול משרד האוצר לגבי גורל יחידות שלמות ומאות עובדים במשרד החקלאות, כל זאת תוך התעלמות מוועד העובדים. "ניסינו לפנות ולהדבר אינספור פעמים, אבל נותרנו מחוץ למו"מ ואנחנו ניזונים מפרורי מידע ורכילויות שמגיעות אלינו. מדיניות ההנהלה דוחקת אותנו לפינה ולהפעלת צעדים קיצוניים שאיש אינו רוצה בהם".
אליאסי אמר גם, ש"שביתה של עובדי משרד החקלאות יכולה לגרום לנזקים כבדים ליצור החקלאי בישראל. עובדי המשרד מחזיקים בידם כמה 'שאלטרים' רציניים. בלי אישור של עובדי השירותים להגנת הצומח או השירותים הוטרינרים יצוא חקלאי לא יכול להישלח לחו"ל. גם יבוא בקר, חיטה וגרעינים מותנה בביצוע הביקורת. יתכן שלא יהיה מנוס מהשבתה שתבהיר לכולם את חשיבות וחיוניות השירותים שמעניקים עובדי המשרד".
העובדים מוחים על התוכניות הממשלתיות לביצוע קיצוצים ושינויים נרחבים במשרד, החל מתחילת שנת 2007, הכוללים פיטורי עשרות מדריכים בשרות ההדרכה עד כדי שליש ממצבת כוח האדם, ביטול השירותים הוטרינרים כיחידת סמך נפרדת כולל פיטורי 40 עובדים, צמצום מספר המחוזות של המשרד והעסקת עובדים על בסיס זמני ועונתי במספר יחידות המשרד בצורה מתמשכת שהופכת אותם לכלי משחק במסגרת אילוצי התקציב המשתנה.