מנגנון הפיצוי מתחלק לשלושה מסלולים הנתונים לבחירתו של המעסיק. הפיצויים יינתנו למעסיקים על-ידי רשות המיסים: מסלול שכר - מעסיק יוכל להגיש בקשת תביעה לקבלת החזר בגין שכר ששולם לעובדים שלא הגיעו לעבודתם בשל הסיבות שצויינו מעלה. החזר המדינה יהיה בגובה 132.5% משכר הבסיס של העובד. המעסיק ישלם לעובדים שכר בהתאם להגדרות תקנות מס רכוש. מסלול מחזורים - מעסיק יוכל להגיש בקשת תביעה לקבלת החזר בגין ירידה במחזור העסקי בחודש ינואר בשל המצב הביטחוני. הפיצוי ייקבע על-פי נוסחה שעליה הסכימו הצדדים. הנוסחה תכלול השוואת המחזור העסקי בינואר 2009 לעומת ינואר אשתקד, בניכוי השפעות המצב הכלכלי. מסלול הוצאות - המעסיק יוכל להגיש בקשת תביעה לקבלת פיצוי בגין הנזק התפעולי שנגרם לעסק בחודש ינואר, בשל המצב הביטחוני בדרום. בשל האזור הנרחב שהושפע מהמצב הביטחוני, נוצר צורך לקבוע מנגנון פשוט וישים. עם זאת, בשל אופי הפעילות ובהתאם לבקשת המעסיקים, הוחלט כי לסקטורים ייחודיים (מפעילי אולמות אירועים, מלונאים, חקלאים וקבלנים) יועמדו פתרונות ייעודיים: פיצויים למפעילי אולמות אירועים / למלונאים - הוחלט כי נדרש פיצוי ייחודי לענפים אלה לאור ביטול הזמנות ואי ביצוע הזמנות עתידיות בתקופת המלחמה. הם יהיו זכאים לתבוע פיצוי בשל נזק עקיף גם בגין חודשי פברואר ומרס 2009 במידה שיוכיחו ביטול וצמצום הזמנות כפי שמפורט בתקנות. פיצויים לחקלאים - הוחלט כי נדרש פיצוי ייחודי לחקלאים היות שתהליך הייצור הינו ממושך ולא ניתן לדחייה. בנוסף אי ביצוע עבודות חקלאיות מסוימות עשוי להשפיע על התפוקה העתידית. חישוב הפיצוי ייעשה על בסיס נוסחה שתשקף את אובדן התפוקה בניכוי הוצאה נחסכת בהתאם לימי ההיעדרות של העובדים בגין המצב הביטחוני. חישוב הפיצוי יתבסס על תפוקה ממוצעת ליום בשנת 2008. פיצויים לקבלנים - "קבלן בניין" כפי שמוגדר בתקנות, יהיה זכאי לפיצוי לפי מסלול שכר או לפי מסלול מיוחד המפצה בגין אובדן התפוקה בניכוי הוצאה נחסכת כפי שיפורסם בהוראת נוהל על-ידי רשות המיסים.