לאחר שעות רבות שבהן קיים ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, התייעצויות יחד עם מקורביו הוחלט אחר-הצהריים (ב', 31.5.10) כי ישוב לאלתר לישראל.
בתחילה נעשה ניסיון על-ידי אנשי לשכתו של נתניהו להקדים את פגישתו המתוכננת למחר עם נשיא ארצות הברית,
ברק אובמה, אך לאחר שהדבר לא עלה יפה הוחלט שלא להמתין עד למחר אלא לשוב לישראל מייד.
בטרם ישוב לישראל הספיק ראש הממשלה לפגוש את עמיתו הקנדי, סטיבן הארפר. נתניהו עידכן את הארפר בהתרחשויות האחרונות ויצא לדרכו.
כמו-כן התקשר נתניהו לקאנצלר גרמניה, אנגלה מרקל, ועידכן אותה בהתפתחויות האחרונות.
בסביבתו של נתניהו מדברים על תחושה קשה מאוד ועל 'פאשלה' בתכנון פעולת ההשתלטות שהסתבכה עד כדי תקרית דמים שגבתה את חייהם של יותר מעשרה מנוסעי הספינות והובילה לפציעה של חמישה לוחמי שייטת - שניים מהם במצב קשה.
נתניהו מעוניין לפקח מקרוב על הפעולות שיידרשו בימים הקרובים לנוכח ההפגנות במגזר הערבי בישראל ולנוכח הביקורת הבינלאומית הקשה שעמה תתמודד ישראל.
מוקדם יותר שיגר נתניהו מסר לשגרירי ישראל במדינות השונות ולפיהן הוא מעניק גיבוי מלא ומוחלט לפעולת צה"ל.
בשעות הערב תקיים מועצת הביטחון של האו"ם דיון חירום ביחס לפעולת ישראל בהשתלטות על המשט לרצועת עזה.