עו"ד אליעד שרגא המשמש יושב-ראש ועד העמותה, ניסה לטרפד את פעילותה של הוועדה, ו/או לפחות לעמוד על-כך ששניים מאנשי שלומו יצורפו לוועדה כחברים. שרגא פנה בתחילה אל השר אהוד ברק, ולאחר מכן לראש הממשלה בנימין נתניהו, אך כל דרישותיו וטענותיו נדחו.

שרגא העלה תחילה טענות פרוצדורליות שונות, ובהמשך גם כמה דרישות מהותיות יותר - שאם היו מתקבלות היו עלולות לייצור ניגודי עניינים עד כדי סיכול בדיקה רצינית של פעילות העמותה.

במכתבו מיום 11 בנובמבר 2010 אל ראש-הממשלה נתניהו טען שרגא, כי מאחר שהעמותה הוקמה בשנת 2001 באישורו של ראש הממשלה דאז אריאל שרון, אשר גם קבע כל המימון של העמותה ישולם מתקציב משרד הביטחון, ומאחר שגם ראש הממשלה אהוד אולמרט נדרש פעם נוספת לפעילות העמותה בשנת 2006, הרי שטעונה, לגישת שרגא, הסכמת ראש הממשלה הנוכחי, נתניהו, לכל דרישה/הצעה של שר הביטחון אהוד ברק להקים ועדת בדיקה. ובמילים פשוטות: לטענתו, ברק אינו מוסמך לקבל החלטה שכזו לבדו בלא הסכמה מוקדמת של ראש-הממשלה.

לטענת שרגא, העמותה מתנהלת ללא דופי, בשקיפות וכתאגיד ציבורי וולונטרי, ועל-כן אין צורך ואין מקום להקמת ועדת בדיקה במבנה ולמטרות כפי שאלה נקבעו על-ידי השר ברק. למרות זאת, "ולדאבוננו", כותב שרגא, "הגם שבמשך כל השנים תואם כל מהלך שבוצע בין העמותה לבין משרד הביטחון והכל נעשה בהסכמה וברוח טובה שמשרתת את מטרותיה של העמותה – החליט מי שהחליט, לבצע הפעם מהלך חד-צדדי!."

במכתבו המחזיק ארבעה עמודים מפרט שרגא את טענותיו כפי שאלה הוצגו גם בפני השר ברק. אחת הדרישות התמוהות שהעלה: לצרף לוועדה את האלוף (במיל.) עמי איילון ו/או את האלוף (במיל.) גבי אופיר, כחברי הוועדה. מיותר כמעט לציין: מדובר בדרישה המזמינה בפועל ניגוד עניינים, שכן שני אישים אלה נמנו בעברם כחברים בוועד המנהל של העמותה, ועל-כן גם החלטות שלהם-עצמם מצויות במסגרת מנדט ועדת הבדיקה.

לדברי שרגא, העמותה מברכת על הכוונה לבחון ולבדוק כל נושא הקשור בגופים העוסקים בתחום השבויים והנעדרים, לרבות פעילות העמותה... "עם זאת, מאחר שלא נועצו בעמותה קודם מינוי הוועדה, נאלצה העמותה לפנות לאלתר לשר הביטחון, באמצעות יועצו המשפטי, וביקשה הבהרות ושינויים במספר נושאים בהקשר למינוי הוועדה ולפעילותה". הנה כמה מהדרישות שהועלו:

• מדוע מוקמת ועדת בדיקה בלא הסכמת ראש-הממשלה;

• מדוע ניתן לוועדה השם: "ועדת בדיקה", ולא "ועדה מייעצת" או "ועדה מאבחנת";

• מדוע שלא יוטל על הוועדה לבדוק במקביל את גופי המודיעין השונים, לרבות המוסד, שב"כ ואמ"ן [לטענת שרגא, העמותה קיבלה עשרות אלפי פניות מגורמים שונים בעולם שביקשו למסור מידע על רון ארד ונעדרים אחרים, ואת אותן פניות מסרה לבדיקה וטיפול מערכת הביטחון]; לחלופין, ביקש שרגא בדיקה מטעם מבקר המדינה באשר למכלול ההיבטים הכולל של פעילות גופי הביטחון, לרבות העמותה, בנושא השבויים והנעדרים.

במכתבו טוען עוד שרגא, כי הוא למד מפיו של מנכ"ל משרד הביטחון אודי שני, כי למעשה "כל הסיפור הוא כסף" ומשרד הביטחון לא רוצה את העמותה על תקציבו. "למעשה כבר נפלה ההחלטה לסגור את העמותה, כעת מחפשים רק את הדרך המכובדת לעשות לה הלוויה ממלכתית, בבחינת החץ נורה וכעת מסמנים את המטרה. ואיזה אמצעי נאה יותר מאשר להקים ועדה?" - קובל שרגא.

בסיכום מכתבו דורש כאמור אליעד שרגא להורות לשר הביטחון להשעות את פעילות הוועדה, "עד אשר יוסכם על הליך מסודר וראוי, וכן, לקבל את חברי הוועד המנהל הציבורי של עמותת לחופש נולד לפגישה דחופה". דרישתו זו נדחתה על-ידי נתניהו, כמו כאמור קודם לכן על-ידי השר ברק.

כאמור, דרישותיו של אליעד שרגא נדחו. אחת אחת. בתשובה שקיבל ממשרד הביטחון, עליה חתם יועצו המשפטי של המשרד, עו"ד אחז בן-ארי, נאמר כי מאחר שאין מדובר בוועדת חקירה וגם לא בוועדת בדיקה ממשלתית, הרי שאין מקום לקבל מראש את הסכמתו של ראש הממשלה לעצם הקמת הוועדה או לקבל מראש את אישור ראש הממשלה ו/או הממשלה כולה. "ההנחה היא, כי גופי המדינה הרלוונטיים שהוועדה תבוא איתם בדברים, וכן אנשי העמותה, ישתפו עימה פעולה באופן מלא ואין צורך בסמכות לאכוף עליהם התייצבות בפני הוועדה".

במכתבו דוחה בן-ארי גם את דרישתו של שרגא לבחון עתה את "מכלול ההיבטים של הפעילות בתחום השבויים והנעדרים", ואין צורך, נאמר במכתב, "לשנות את נוסח כתב המינוי שניתן לוועדה".

עו"ד בן-ארי דוחה גם את הדרישה למנות שניים מאנשי העמותה כחברים בוועדה. "שקלנו את פנייתך בעניין הרחבת הרכבה של הוועדה על-ידי הוספתם של האלופים (במיל.) עמי איילון ו/או גבי אופיר, אשר כיהנו בעבר בוועד המנהל של העמותה. בכל הכבוד, יש בעייתיות בצירופם של שני אלופים אלו, בשל כהונתם כאמור. ככל שימצאו לנכון, רשאים הם, כמובן, להופיע בפני הוועדה ולהשמיע את עמדתם. הוועדה עצמה מורכבת מאנשים ידועי שם ונקיי דעת, ויש להניח כי הם יעשו את מלאכתם כראוי ואין צורך להוסיף לה חברים".

בסיכום מכתבו מוסיף עו"ד בן-ארי מעין התרעה כלפי אנשי העמותה. "אנו מקווים כי העמותה תשתף פעולה באופן מלא עם הוועדה", נאמר במכתב, "תסקור בפניה את פעילותה ותציג את מסמכיה, ככל שתידרש, כדי לאפשר לוועדה לעשות את מלאכתה".

כאמור, הוועדה סיימה את עבודתה. בתוך שבועיים היא צפויה למסור את ממצאיה לשר הביטחון. ל-News1 נודע, כי הדוח הצפוי כולל ביקורת על פעילותה של העמותה, לרבות על השימושים שנעשו בכספים לתשלום משכורות גבוהות לבכירים בעמותה.