דוח מבקר המדינה אשר התפרסם אחר הצהרים (יום ד', 30.7.03), מעלה שורה של ליקויים בניהול נכסי המקרקעין של ההסתדרות החדשה.
בשנת 1995 הוקמה חברת נכסי ההסתדרות (נדל"ן) בע"מ, שתפקידה לנהל את כל נכסי המקרקעין של ההסתדרות החדשה ושלוחותיה, וכן לטפל בהשכרתם, שיפוצם, תחזוקתם, מכירתם והחכרתם של הנכסים, שטופלו עד אז על-ידי מחלקת הנכסים של ההסתדרות.
סמוך לאחר הקמתה, הזמינה חברת הנכסים סקר מחברה לניהול סקרי נכסים, שנועד לרכז את הנתונים על מצבם התכנוני והמשפטי של הנכסים שבידי ההסתדרות. אולם, הביקורת העלתה שהסקר אינו נמצא בידי חברת הנכסים, ולפיכך "אין לדעת מה היו הממצאים ואם יושמו ההמלצות שנכללו בו". עלות הסקר היתה כ-317 אלף ש"ח.
המבקר מצא, כי חלק מהזכויות בנכסים שההסתדרות מחזיקה, אינן רשומות במרשם המקרקעין על שמה, ובחלק מהנכסים אין לה זכויות. נכסים כאלה אף נכללו ברשימות נכסים שהועברו למשקיעים שונים לצורך השבחתם.
עוד העלתה הביקורת, כי בניגוד להחלטתה של הנהגת ההסתדרות, גופים הסתדרותיים רבים ממשיכים לנהל את נכסיהם באופן עצמאי ולא באמצעות חברת הנכסים, מועצות פועלים (מרחבים) וחברות מרחביות השכירו נכסים שלא באמצעותה. באחת מהן, היה מנכ"ל חברת הנכסים יו"ר הדירקטוריון.
המבקר אף מצא, כי לפי מרבית חוזי החכירה שחתמה ההסתדרות עם מינהל מקרקעי ישראל, הוחכרו לה הנכסים למטרה ציבורית מסויימת, כגון מגרש ספורט, בית ספר או מועדון נוער. לפי אותם חוזים, אם ישתנה השימוש בנכס תתבטל החכירה. למרות זאת, חברת הנכסים מכרה נכסים למימון צרכיה השוטפים של ההסתדרות, בלי לקבל מראש ובכתב את הסכמת המינהל. כתוצאה מכך, לא הגיעו לסיום רבות מעסקות המכירה.
על-כך אמר המבקר, כי "מכירת נכסים לצורך מימון גרעונות שוטפים, יכולה לתת פתרון לטווח הקצר לבעיות הכספיות של ההסתדרות, אך אין בה תרופה לטווח הארוך שתביא להבראתה".
חברת הנכסים פעלה בניגוד לנהליה, כשמכרה את מתחם בית ליסין בתל אביב, שלא בדרך של פרסום הזמנה להציע הצעות, על-אף שהיו 11 פניות לרכישת הנכס. "סביר להניח, שהבאת דבר המכירה לידיעת ציבור רחב של מתעניינים, היתה עשויה להניב פניות נוספות והצעות טובות יותר". היקף העסקה היה כ-13 מיליון דולר.
