טענות לאי-סדרים בהתנהלותו של מגן דוד אדום עלו מספר פעמים בשנים האחרונות, ומשרד
מבקר המדינה מוצא שיש בהן הרבה מן הצדק. המבקר בדק את מד"א ביחס לכללי הממשל התאגידי, אם כי אלו לא הוחלו על תאגידים מבוקרים.
הבעיות מתחילות מלמעלה: הממשלה נהגה בסחבת במינוי נציגיה למוסדות המנהלים ובכך גרמה למניעת אפשרות לשינויים ורענון השורות; יו"ר ועד הפועל נבחר ללא נציגות של הממשלה במועצה. עד ינואר 2012 טרם מונו כל נציגי הממשלה, כאשר שר האוצר,
יובל שטייניץ, מינה את נציגו רק למעלה משנה לאחר הכינוס האחרון של ועידת מד"א. זהו פגם מהותי שיש להסדירו בהקדם.
בממשל תאגידי מודגשת הפרדת התפקידים בין מועצת המנהלים, שעיקר תפקידה הוא בקרה, לבין ההנהלה, העוסקת בעיקר בניהול ובביצוע. לעומת זאת, במד"א לוועד הפועל ולהנהלה יש תפקיד ניהולי. אין הגבלה על תקופת כהונת מנכ"ל מד"א ויו"ר הוועד הפועל: המנכ"ל, אלי בין, מכהן מאוגוסט 2005, ואילו יו"ר הוועד הפועל, ד"ר נעם יפרח, מכהן משנת 2004. היועץ המשפטי של מד"א משמש בתפקידו מאז 2001, ורואה החשבון של הארגון - מאז 2004.
אלפי מתנדבים - והוועדה לא התכנסה
ועדת הביקורת של מד"א לא מילאה את תפקידיה כנדרש: היא לא דנה בהיקף הביקורת הנדרש ולא אישרה את תוכנית העבודה של המבקר הפנימי; לא התכנסה בתדירות הדרושה, וכשהתכנסה - לא היה בה מספר החברים הנדרש לשם קיום דיונים; הוועד הפועל לא מינה די חברי ועדה שיאפשרו לה למלא את תפקידה ולא עקב אחר עבודתה; היא לא דנה בדוחות הביקורת במועד סביר לאחר השלמתם ובתיקון הליקויים.
בשנת 2003 קיבל הוועד הפועל את המלצת רואה החשבון דאז של הארגון והחליט שלא להחיל עליו את תקן הביקורת למלכ"רים, ואילו רואה החשבון הנוכחי מסתייג מכך בדוח המבקרים. הערות ועדת הכספים של מד"א לא הועלו לדיון - ובכך קיים ליקוי מצידו של היו"ר יפרח.
עד מועד סיום הביקורת דן הוועד הפועל פעם אחת בלבד בחשיבות ביצוע שיטתי של ניהול הסיכונים בארגון, ופסל את הצורך בו. לפיכך במד"א אין ניהול סיכונים ראוי, שממנו נגזרת תוכנית העבודה אגב מתן סדרי עדיפויות לפעילות גופי הניהול והבקרה וביניהם למבקר הפנימי, לרואה החשבון, ליועץ המשפטי ולגופים נוספים בארגון.
אין הליך סדור וקריטריונים לבחירת חברי ועדות הוועד הפועל ויושבי הראש שלהן. ארבע משבע ועדות הוועד הפועל לא התכנסו כלל בשנים 2007-2010 או התכנסו פעם אחת בלבד. הדבר מלמד על היחס של חברי הוועדות והמוסדות המנהלים לתפקיד הוועדות. יו"ר ארגון העובדים היחה חבר בכמה מן הוועדות, ובראשן ועדת ארגון ומינהל, תוך
ניגוד עניינים. למרות שמספר המתנדבים במד"א גדול פי שבעה ממספר העובדים (העומד על 1,600), ועדת המתנדבים לא התכנסה אפילו פעם אחת בין דצמבר 2008 למארס 2011.
בשנים 2010-2007 שלושה, ולעתים אף ארבעה, מחברי הוועד הפועל לא נכחו ביותר משלוש ישיבות רצופות, ורק אחד מהם פוטר אחרי שלא נכח במשך 17 ישיבות רצופות. יפרח לא שלח התראה לשאר חברי הוועד הפועל שנעדרו, כנדרש בתקנון, והם המשיכו לכהן בתפקידם.
חיכוכים בשטח עם ארגונים אחרים
מועצת מד"א לא הקפידה שהוועד הפועל יכין נושאים לדיון במועצה וידווח לה כנדרש. אף שחלפו תשע שנים מאז המליץ המבקר שהמועצה תקבע נוהל לפעילותה, היא לא עשתה זאת. חברים רבים נעדרים מישיבותיה, ללא כל תגובה. היא אינה ממלאת את תפקידיה כפי שהוגדרו בתקנון, מסכם המבקר.
למרות שחוק מד"א קובע, כי שר הבריאות יהיה אחראי על ביצועו, לא ברור מה היקף תפקידו של משרד הבריאות כלפי מד"א ומה היקף אחריותו. מזה שנים פועלים בצד מד"א ארגוני הצלה נוספים, המאגדים בתוכם מתנדבים פעילים במד"א עם מתנדבים שאינם מתנדבי מד"א. משרד הבריאות קיבל תלונות על חיכוכים בין פעילי מד"א לפעילי ארגונים אחרים, המתבטאים בשטח במהלך אירועי הצלת חיים. ואולם, עד מועד סיום הביקורת טרם הסדיר משרד הבריאות את סוגיית הפיקוח שלו על מד"א ואת הקשר בין מד"א ובין הארגונים הנוספים.
בחלק ההמלצות אומר המבקר: מן הראוי שמשרד הבריאות ומשרד המשפטים יבדקו אם נדרשים שינויים בחוק, במבנה המשפטי של מד"א ובפעילות משרד הבריאות מולו. על המוסדות המנהלים במד"א לבחון את עמידת הארגון בכללי הממשל התאגידי ואת פעילותם לאור כללים אלה. לאחר קיום בחינה יסודית יש לתקן את התקנון בהתאם, כולל קציבתם תקופת כהונתם של היו"ר והמנכ"ל.
נוכח העובדה שמועצת מד"א אינה ממלאת את מלוא תפקידיה ראוי שמשרדי הבריאות, האוצר, המשפטים והחוץ יבחנו האם קיים צורך לבצע שינויים במועצת מד"א, עקב ליקויים בתפקודה בשנים האחרונות, בהתחשב בדרישות ארגון הצלב האדום ובהמלצות קודמות של משרד מבקר המדינה. עליהם להגדיר מחדש את תפקידיה ולבחון את מספר חבריה הרצוי כדי שתוכל לבצעם.
משרד הבריאות מסר בתגובה: "סוגיות הנוגעות לממשל התאגידי ואדמיניסטרציה נמצאים בתהליך בחינה מול משרד המשפטים והאוצר, הצפוי להסתיים בסוף חודש יולי. המשנה למנכ"ל המשרד מינה ועדה להסדרת נושא האחריות על מד"א ועל גופי ההצלה האחרים".