התוכנית להפשרת קרקעות חברת תעשיות מלח, שהייתה בבעלות
דני דנקנר, אושרה בידי מינהל מקרקעי ישראל חמש שנים לפני שיעקב אפרתי מונה למנכ"ל המינהל. ההסכם המתוקן, בעקבות הערות
מבקר המדינה דאז
אליעזר גולדברג והיועץ המשפטי דאז
אליקים רובינשטיין, אושר חמישה חודשים לפני שאפרתי נכנס לתפקידו. כך אומרים (19.8.12) סניגוריו של אפרתי, עורכי הדין
ירון קוסטליץ ונעה פירר ממשרד וינרוט, בתגובתם לכתב האישום בפרשת
הולילנד.
אפרתי מואשם בקבלת שוחד בסך 45,000 שקל מדנקנר, באמצעות
מאיר רבין, תמורת קידום ההסכם עם תעשיות מלח להפשרה לבנייה של קרקעות החברה באילת ובעתלית. לדברי אפרתי, מספר חודשים לפני שנכנס לתפקידו הבהיר היועץ המשפטי דאז של המינהל, עו"ד יעקב מוזס, כי ההסכם מ-1996 יצר מחויבות של המינהל כלפי תעשיות מלח, ולכן יש למצוא דרך לקיימו. אפרתי אומר, כי הוא פעל בנושא זה בהתאם לעמדות היועצים המקצועיים שנקבעו עוד לפני שנכנס לתפקידו.
עוד אומר אפרתי, כי ביקש מרובינשטיין במאי 2003 לזרז את הטיפול בנושא, מאחר שבמשך שנתיים לא נעשה דבר וגבר החשש שתעשיות מלח תגיש תביעה נגד המינהל. מכתב זה, הוא ממשיך, נכתב על דעתו של היועץ המשפטי למינהל ולאחר דיון בו השתתפו גם נציגי משרד האוצר באוקטובר 2002. בכתב האישום נטען, כי אפרתי קיבל את השוחד מרבין (בן אחותה החורגת של רעייתו) שבוע לאחר ששלח את המכתב לרובינשטיין.
אפרתי מכחיש מכל וכל קבלת שוחד כלשהי ואומר שפעל אך ורק לטובת האינטרסים של המינהל. לדבריו, ההסכם עם תעשיות מלח אושר בידי הנהלת המינהל לאחר דיון ממצה באוגוסט 2008 ובידי מועצת מקרקעי ישראל חודשיים מאוחר יותר. בנובמבר 2004 כתב אפרתי ליועץ המשפטי דאז,
מני מזוז, כי לדעתו היה מקום להסכים לשינוי הייעוד כבר ב-1996 וההסכם עם תעשיות מלח מיטיב בצורה משמעותית עם המינהל.
בנוגע לפרשת חוות הזרע - בה אין הוא נאשם - אומר אפרתי, כי הוא פעל אך ורק לקידום האינטרסים של המינהל. לדבריו, כתב ההרשאה לחוות הזרע ניתן לאחר אישור מיוחד של ועדה בראשות עו"ד אורית סון, כיום המשנה ליועץ המשפטי לממשלה. נושא חוות מבחור, הוא ממשיך, טופל בידי צוות מקצועי שפעל מול חברת הזרע של קבוצת קלדש ואשר הגיע עם החברה להסכמות שונות.