יו"ר הוועדה לביקורת המדינה, ח"כ
אמנון כהן, מעריך כי לא יהיה מנוס ממינוי ועדת חקירה על כל פרשת הרפז. את הדברים אמר בתום הדיון הממושך שהתקיים בכנסת אודות הפרשה, בהשתתפות הרמטכ"ל לשעבר,
גבי אשכנזי.
במהלך הדיון טען כהן כי היועץ המשפטי לממשלה
יהודה וינשטיין מתמהמה יתר-על-המידה במיצוי ההליכים המשפטיים ובהגשת כתב אישום נגד
בועז הרפז, וכי בסופו-של-דבר לא יהיה מנוס מהקמת ועדת חקירה ממלכתית בפרשה כולה.
בתגובה להאשמה טען עוזרו של היועץ המשפטי לממשלה, עו"ד רז נזרי, כי העיכוב נובע מהמתנה לתוצאות חקירת מצ"ח בפרשה, שיכולה להעלות עובדות נוספות.
"הודענו להרפז על כוונה להעמדתו לדין על זיוף בנסיבות מחמירות. כתב האישום מוכן, אלא שאנו מחכים לחומרים נוספים ומצ"ח יכולה לחקור גם אזרחים. נבדוק אפשרות גם לחקירה אזרחית נגד הרפז של הפרת אמונים", אמר.
מנכ"ל משרד הביטחון,
אודי שני, התייחס בדיון לשורת הכשלים במשרד, שהתגלו בפרשה. לדבריו, בכל מערכת הרשאות-הכניסה למשרד הביטחון נמצאו ליקויים קשים מאוד, כולל לשכת הרמטכ"ל ושר הביטחון, התגלתה התנהלות כספית קלוקלת במערך המבצעים המיוחדים, בעיות רכש ויצוא ביטחוני על-ידי בוגרי מערכת הביטחון, ותיעוד השיחות בלשכות הרמטכ"ל והשר. "ביצענו סגירה הרמטית לאישורי הכניסה. טיפלנו בהתנהלות הכספית במערך המבצעים המיוחדים וברכש והדקנו את הנהלים בעניין היצוא הביטחוני. מינינו קצין ביטחון ללשכת השר, ושופר הציוד הטכנולוגי לתיעוד שיחות הטלפון", אמר.
סגן הרמטכ"ל, האלוף גדי אייזנקוט הוסיף כי מונו ארבע ועדות לבדיקת הפרשה ואחת מהן עדיין בודקת חשד לטוהר המידות בצה"ל. בעניין היצוא הביטחוני, ומעורבות פורשי צה"ל בכך הוסיף אייזנקוט כי כיום נערכות כ-3,000 בדיקות פוליגרף בשנה בעניין, ותוך חמש שנים יגיע מספרם לכ-6,000 בדיקות כאלו. הבדיקה כוללת ענייני ביטחון מקיפים ובדיקת
ניגוד עניינים.
האלוף דני עפרוני, הפרקליט הצבאי הראשי טען כי חקירת מצ"ח נמצאת בעיצומה, אך כיוון שהיא חסויה לא ירחיב, אך הוסיף כי חלק ממנה הסתיים וכי חוקרי מצ"ח בודקים גם היבטים פלילים. עפרוני סירב לתת מועד לסיום החקירה.
הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי הדגיש כי דוח המבקר הוכיח כי הטענה המרכזית של מעורבותו במינוי גלנט כרמטכ"ל לא נכונה ומעידה על חוסר-הבנה.
"אינני חף מטעויות ואני מכיר בהם, אך המבקר גם קבע כי לא אני ולא סביבתי לא היו מעורבים בכתיבת המסמך או בהדלפתו. לא ביקשתי שנה חמישית, ויש לקבע את כהונת הרמטכ"ל בחקיקה. לא מקובלת עלי עצירה גורפת של כל מינויים בצה"ל במשך שנה וחצי, כפי שעשה השר ברק. לא ייתכן שדרג מדיני יבטיח לעוזר שלו דרגת אלוף וצריך לחשוב איך מונעים זאת בעתיד", עוד ציין כי דוח המבקר קבע באופן מפורש כי לא היה ניסיון פוטש על-ידי הדרג הצבאי.
התנועה לאיכות השלטון חזרה בדיון על עמדתה כי החלטת היועץ המשפטי לממשלה שלא לפתוח בחקירה פלילית כללית ביחס לכלל הנחקרים וכלל הנושאים שעולים מפרשה זו הנה "בלתי שוויונית, בלתי סבירה באופן קיצוני ופוגעת בשלטון החוק."
בכלל כך הדגישה עו"ד דפנה קירו-כהן, מנהלת המחלקה המשפטית בתנועה לאיכות השלטון כי "חקירת מצ"ח שנפתחה, אשר מראש הוגבלה לנחקרים ספציפיים ולעבירה ספציפית- הנה חקירה מוגבלת, אשר אין בה כדי לחקור את מכלול הנושאים והאישים החייבים בחקירה על-מנת לרדת לחקר האמת ולא להותיר את החשדות בחלל התודעה הציבורית ללא מענה ובדיקה ומבלי לוודא שאירועים כה חמורים לא יישנו".
בסיכום הדיון, ביקשה הוועדה ממנכ"ל משרד הביטחון לקבל עידכון בתוך חודשיים על התקדמות החקיקה במינוי הרמטכ"ל, זמן כהונתו, ממלא-מקומו, וכן "חוק המוסד". במידה ולא תקודם החקיקה הממשלתית ייזמו חברי הכנסת הצעות חוק פרטיות בעניין.