השר לשעבר אליעזר (מודי) זנדברג, שהחל להיחקר לפני כחצי שנה במסגרת פרשת כלי השיט, הודיע (יום ו', 9.3.18) לדירקטוריון קרן היסוד כי הוא מתפטר מתפקידו בשל החקירה. הוא נימק את החלטתו בכל שהקשיים אינם מאפשרים לו למלא כיאות את תפקידו.
זנדברג, שכיהן כיו"ר הקרן במשך שבע שנים, כתב לחברי הדירקטוריון: "אין זה סוד שהחודשים האחרונים אינם קלים עבורי, אך אני מאמין ומשוכנע שהחקירה בענייני תסתיים בחפותי המלאה. למרות זאת, הקשיים הקיימים מעצם קיומה אינם מאפשרים לי למלא את תפקידי באופן המיטבי".
השר לשעבר נעצר בתחילת חודש ספטמבר האחרון בחשד שקיבל ותיווך לשוחד בפרשת הצוללות. הוא שוחרר למעצר בית והורחק תחילה ל-30 יום מקרן היסוד כחלק מהתנאים המגבילים.
זנדברג כיהן בכנסת ובממשלה לסירוגין במשך כ-15 שנה. הוא פרש לפני יותר מעשור לטובת לעסקים פרטיים. בשנים האחרונות הוא מכהן כיו"ר קרן היסוד.