ההודעה של הרמטכ"ל הטורקי ושל ראשי זרועות היבשה, הים והאוויר בצבא הטורקי על פרישתם היא למעשה החותם הסופי בתהליך נטרול הצבא בטורקיה כשחקן פוליטי משמעותי. תהליך זה עומד במרכזה של מהפכה שקטה העוברת על טורקיה מאז עלתה מפלגת הצדק והפיתוח לשלטון לראשונה, בשלהי 2002.
מפלגה זו הצליחה להביא לכרסום במעמדו של הצבא שנתפס כ"מגן" החילוניות בטורקיה ולפגיעה בהיבט זה ובהיבטים אחרים של מורשת אתאטורק. לתהליך זה של נטרול כוחו הפוליטי הפנים-מדינתי של הצבא יש חשיבות בראש ובראשונה ביחס למתרחש בתוך טורקיה אך יש לו משמעויות גם בהקשר של מדיניות החוץ והביטחון, ובפרט היחסים עם ישראל.
השינויים הדרמטיים בהרכב פיקוד הצבא הטורקי מביאים להתפוגגות התקוות, אם היו כאלו, שניתן להחיות מחדש את הקשר הביטחוני בין ישראל וטורקיה. חילופי האישים בצבא, לצד כתבי האישום שהוגשו כנגד עשרות קצינים, מביאים למצב בו לא יהיה ניסיון מצד הצבא לערער על מדיניות הממשלה ביחס לישראל. מעבר לכך, לאחר ההצלחה של ראש ממשלת טורקיה, רג'פ טייפ
ארדואן ומפלגתו בכרסום מעמד הצבא, ייעשה מאמץ לשמור על הישג זה ולמנוע מהצבא לצמוח מחדש כשחקן בעל השפעה פוליטית משמעותית בזירה הפנים-טורקית.
בהקשר זה, עולה השאלה אם בנסיבות אלו יש טעם בכך שישראל תתנצל בפני טורקיה על תוצאות ההשתלטות על ה"מאווי מרמרה". טורקיה חזרה והדגישה שלא תוותר על תנאי ההתנצלות לשם שיקום היחסים, לצד פיצויים והסרת המצור על עזה. הנציג הטורקי לוועדה שמינה מזכ"ל האו"ם לחקר אירועי המשט, ועדת פלמר, בניסיון להמעיט מחומרת אי ההסכמה בין המדינות, דימה את מה שאירע לשפיכת כוס קפה בטעות, שבעקבותיה צריך להתנצל ולשלם על הניקוי היבש. הדימוי לא מדויק מסיבות רבות, אך זהו למעשה עומק ההתנצלות שישראל מסוגלת להשמיע כיום. כלומר, התנצלות מוגבלת המתמקדת בכשלים מבצעיים.
לצד העובדה שהתנצלות, אם תושמע, לא תוביל לשינוי משמעותי במימד הביטחוני של היחסים בין ישראל וטורקיה, ישנם כמה גורמים שיכולים להסביר את הנכונות הישראלית להתנצלות מוגבלת. גורמים אלו, קרוב לודאי ישפיעו על יחסי ישראל-טורקיה בעת הקרובה, גם אם שני הצדדים לא יצליחו להגיע להסדר כעת.
הגורם הראשון הוא לחץ מצד ארצות הברית. יחסי ישראל-טורקיה אינם רק בילטראליים, אלא הם כבר שנים רבות חלק ממשולש, שבו ארצות הברית מהווה גם היא צלע. "האביב הערבי" חידד את החשיבות של טורקיה כבעלת ברית אזורית עבור ארצות הברית. הדבר נובע מהעובדה שבעלות בריתה האחרות של ארצות הברית במזרח התיכון נחלשו משמעותית ו/או עברו תהליכי שינוי ההופכים אותן לפחות מהימנות מבחינתה. בהקשר זה, הידרדרות היחסים בין ישראל וטורקיה שעוד קודם ל"אביב הערבי" נתפסה בעיני ארצות הברית כהתפתחות שלילית, נתפסת היום כבעייתית עוד יותר. ארצות הברית מפעילה לחצים רבים על ישראל וטורקיה לשקם את היחסים ביניהן. מבחינת ארצות הברית, בהשוואה לכל הבעיות הקשות האחרות הקיימות במזרח התיכון, היחסים העכורים בין ישראל וטורקיה הם בגדר "תקלה זמנית" שיש לטפל בה לפני שתביא לתוצאות שליליות נוספות.
גורם נוסף הוא הצורך ביחסי עבודה תקינים בין ישראל וטורקיה לאור השינויים שכבר התרחשו במזרח התיכון, וחוסר היציבות הנובע מ"האביב הערבי", ובפרט בסוריה. כפי שצוין, לא חידוש היחסים הביטחוניים ברמה שהייתה קיימת בשנות התשעים צריך לעמוד על הפרק, כי אם שיתוף פעולה ברמה הבסיסית, למשל, במקרה שאי היציבות בסוריה תחריף עוד יותר. ישראל, כפי ששר הביטחון,
אהוד ברק, התבטא לאחרונה, אינה יכולה להרשות לעצמה שלא יהיה לה קשר עם לפחות אחת ממדינות המפתח באזור: מצרים, אירן, סעודיה וטורקיה. השינויים במצרים ואי הוודאות לגבי עתיד המדינה, העימות הגלוי עם אירן והעובדה שכמעט אין מגע עם סעודיה מכתיבים שיפור מסוים ביחסים עם טורקיה.
גורם אחר, הוא הניסיון להגן על החיילים שהשתתפו בהשתלטות על המרמרה מתביעות משפטיות. החשש שדוח פלמר - כאשר יפורסם - יוכל להוות בסיס לתביעות נגד חיילי צה"ל והניסיון להשיג הסכמה טורקית לכך שלא יוגשו תביעות כאלו מהווים גורם נוסף התורם לנכונות הישראלית להתנצלות מוגבלת. עולה השאלה אם אכן זהו מניע עיקרי של ישראל, או שזו גם דרך להכשיר את דעת הקהל הישראלית לקבל את ההתנצלות, שרוב הציבור מתנגד לה. נראה עם זאת, שהמערכת המשפטית בישראל השתכנעה שלא יהיו "זנבות" משפטיים לאחר שתובע התנצלות.
גורם נוסף הוא יחסי הסחר בין המדינות. היחסים הכלכליים מצליחים להתפתח ולהתרחב לצד המתיחות הפוליטית, בין השאר לאור היותן של טורקיה וישראל כלכלות משלימות במובנים רבים. ממשלת הצדק והפיתוח אף שמה דגש רב על שימוש בכלים של מדיניות חוץ גם לצורך קידום הכלכלה הטורקית. יחד עם זאת, אם המתיחות בין שתי המדינות תחריף, יותר ויותר אנשי עסקים בשני הצדדים עלולים לחשוש מלשתף פעולה.
מאידך, צריך להביא בחשבון שכל החמרה ביחסי ישראל עם הפלשתינים ובמיוחד ברצועת עזה תמחק חלק מהתוצאות החיוביות שעשויות לצמוח מההתנצלות, בין אם יבקר ארדואן ברצועה ובין אם לאו. מעבר לכך, פרישתם של ראשי הצבא וחששם של האחרים יצמצם את הדיאלוג בין ישראל לטורקיה לרמת פקידים במשרד החוץ על כל המשתמע מכך.
לסיכום, פרישת ראשי הצבא היא סיומו של תהליך שמתרחש כבר כמה שנים שעיקרו - היחלשות הצבא הטורקי כשחקן פוליטי בזירה הפנים-מדינתית בטורקיה. זהו מצב לא נוח עבור ישראל, כיוון שהצבא הטורקי הוא זה שבעבר דחף לכיוון של שיתוף פעולה הדוק עימה. יחד עם זאת, יש להכיר בכך שזה מצב בלתי הפיך בעתיד הנראה לעין, ושלכרסום בעוצמה הפוליטית של הצבא יש תמיכה נרחבת בציבור הטורקי. ישנה גם הסכמה גורפת בטורקיה שעל ישראל להתנצל על אירועי המשט. קיימים סימני שאלה האם הנכונות הישראלית להתנצלות מוגבלת תספק את הציבור בטורקיה ואת מקבלי ההחלטות שם. התנצלות מוגבלת כזו, לא תחזיר את יחסי ישראל-טורקיה למצב שהיה בשנות התשעים, אך ישנן סיבות משמעותיות שמביאות את ישראל להביע נכונות להתנצלות כזו, והן קשורות בעיקר לשינויים האסטרטגיים והיווצרות אפשרית של מאזן אסטרטגי חדש באזור.
