מאות צעירים פלשתינים התעמתו הבוקר (יום ב', 6.6.05) עם המשטרה לאחר שקבוצת יהודים עלתה לביקור בהר הבית, לרגל יום ירושלים.
הצעירים הפלשתינים ידו לעבר היהודים אבנים, וכתוצאה מכך שניים נפצעו באורח קל. כוח שוטרים שהיה במקום, בעקבות התרעות על אירועים מסוג זה, השתמש ברימוני הלם על-מנת לפזר את המפגינים.
מפקד המחוז, ניצב אילן פרנקו, הורה לכוח להכנס למתחם ההר ולהדוף את המפגינים הפלשתינים לחצר המסגד. לאחר כניסת הכוח נעצר צעיר פלשתיני בחשד כי ניסה לפגוע באחד המבקרים היהודים.
לאחר שהושגה שליטה על ההפגנה נותרו השוטרים בהר למשך כשעה וחצי עד שניתנה הוראה לעזוב את המקום לאחר שהשקט נשמר. הצעירים הפלשתינים המשיכו להתגודד בחצר מסגד אל אקצה וקראו קריאות נגד השוטרים אולם לא דווח על ארועים אלימים.
יש לציין, כי אמש דחה בג"צ את עתירת הארגונים "רבבה" ו"נאמני הר הבית", שדרשו לאפשר להם להיכנס היום, יום ירושלים, לשטח הר הבית. בהחלטתו קיבל בג"צ את עמדת המשטרה, כי אין להעמיס עליה כאשר מתוכננות לה משימות רבות לאבטחת החוגגים.
מפקד מחוז ירושלים, ניצב אילן פרנקו, אמר כי ההחלטה לפתוח את הר הבית היום למבקרים יהודים היתה מוצדקת. לדבריו, "אנחנו מעריכים שמדובר בהתארגנות מקומית של צעירים פלסטינים".
אחר הצהריים לאחר דיון והערכה הוחלט במשטרה המשטרה להגביל את כניסת המתפללים המוסלמים להר הבית בזמן תפילת אחר הצהריים.
התפילה למוסלמים תותר מגיל 45 ומעלה, בעלי תעודות זהות כחולות.