מבחינה מדינית עברו על הרב
עובדיה יוסף תהפוכות רבות. מעניין להיווכח שאף שכבר בשנת 1980 גילה דעתו שניתן למסור לערבים שטחים למען השלום, הוא נקט בשעה שנכנס לכבשנה של הפוליטיקה בקו ניצי מובהק. הוא הורה לשס לכונן קואליציה אך ורק עם הליכוד, והתרחק מן העבודה.
עמדתו בעניין ויתורים טריטוריאליים באה לראשונה לידי ביטוי בפסק הלכה שפרסם בשנת 1980, כשכיהן כרב הראשי הספרדי: "בשעה שהשרים ומפקדי הצבא גרסו שאם יוחזרו השטחים ותורחק מעלינו סכנת המלחמה ויש סיכויים לשלום בר קיימא, נראה שלכל הדעות מותר להחזיר שטחים מארץ ישראל למען השגת מטרה זו, שאין לך דבר העומד בפני פיקוח נפש".
בעמדות אלו החזיק הרב לאורך כל הדרך, אולם העדיף ב-1984 וב-1988 ממשלה עם הליכוד. במאמר שפרסם ב-1989 פסק, כי "פיקוח נפש דוחה שטחים", ובפרט כשמדובר במגורי מוסלמים בארץ ישראל (שאינם נחשבים עובדי אלילים). לעומת זאת פסק כי אין להתיר ישיבת נוצרים בארץ ישראל ואף יד מצד הדין לאבד כנסיותיהם שבארץ ישראל, "אילו הייתה יד ישראל תקיפה על האומות".
באותה עת פרסם הרב עובדיה תמיכה חד-משמעית בתוכנית האוטונומיה שהעלתה אז ממשלת שמיר. וכה כתב: "לעת עתה, מה שיש על הפרק זו התוכנית המדינית של ממשלת ישראל, אשר במהותה שלטון עצמי לתושבים הערבים ביהודה ושומרון, לא יוצבו שם כוחות צבא משום צד וההתנחלויות שלנו יישארו במקומן ועל עומדן יעמודו. הנני מחזק את ידי ראש הממשלה וממלא מקומו וכל יתר שרי הממשלה על יוזמה זו, ומביע תמיכתי המלאה בכל מעשיהם האחרונים, ואני קורא להמשיך להמשיך לעשות ככל יכולתם למנוע אובדן חיי אחינו בני ישראל".
באותה שנה, 1989, כשהגיע לביקור בארמונו של הנשיא מובארק בקהיר, שוב פרס בפניו עמדות מדיניות יוניות. הוא אמר לנשיא מצרים, כי על פי ההלכה יש לעשות כל מאמץ להשגת השלום, גם אם הדבר כרוך בוויתור על שטחים.
לימים, משנודעו מהלכי אוסלו, תמך בהם הרב. ואולם התגברות הטרור הובילה אותה לאכזבה מן התהליך, עד כדי מתן הוראה לפרישת שס מהקואליציה.
אבל גם בהיותו מחוץ לקואליציה, מצא עצמו הרב בכבשנה של העשייה הפוליטית. כשעמד על סדר יומה של הכנסת חוק שריון הגולן, שנועד לקבוע כי רק רוב של 70 ח"כים או 50% מכלל בעלי זכות ההצבעה במשאל עם יוכלו לאשר פינוי צה"ל מהגולן, הייתה שוב נתונה ההכרעה, כרגיל, בידי שס. גנרלים בעלי השקפת עולם ניצית וגנרלים שהשקפת עולמם יוני. עלו לרגל לביתו של הרב בשכונת הר-נוף, כדי לשכנעו לאמץ את עמדתם.
אין ספק שכאשר ייסד הרב עובדיה את שס 15 שנה לפני כן, לא העלה על דעתו שיוזמתו להקמת שס על רקע המהלכים להדחתו מהרבנות הראשית, תציב אותו בעמדת השפעה על מהלכים גורליים כמו רמת הגולן והשלום עם סוריה.
