השאלות – מה התרחש על חוף ימה של תל אביב ביום "אלטלנה", והאם ירו רבין ופקודיו בניצולים יהודיים ללא נשק במים – לא עניינו את בן-גוריון, את מפלגתו ואת יורשיו הרוחניים. אותם עניין – ועדיין מעניין – לקבע את פרשת "אלטלנה", ובייחוד את האירועים מול מטה הפלמ"ח, כסמל וכאות אזהרה: כך ייעשה, בשם הדמוקרטיה ובשם שלטון החוק, למי שיערער על שלטונו של בן-גוריון ועל שלטונם של הבן-גוריוניסטים – עד גג בית-הכנסת בכפר דרום בזמן הגרוש מגוש קטיף ועד בכלל.

כשלושה חודשים אחרי הרצח מול בית הפלמ"ח, בארבעה-עשר בספטמבר 1948, בעודו נאבק לפרק את מטה הפלמ"ח, פגש בן-גוריון את כל מפקדי הפלמ"ח הבכירים בקיבוץ נען. בעניין "אלטלנה" אמר:

• 
  אומרים לי שהייחוד הוא אידיאולוגי או פוליטי. מדגימים הייחוד הפוליטי במבצע "אלטלנה". נתגלתה סכנה חמורה לקיום המדינה מיד אחרי הקמתה, ונעשה ניסיון מחוצף אם כי טיפשי למרוד בסמכות המדינה מתוך שתי הנחות כוזבות שהניחו אנשי אצ"ל: 1. איש לא יעז לעמוד בפניהם בכוח. 2. העם הוא אתם. החלו בכפר ויתקין, אולם מיד לאחר שנתקלו בכוח הצבאי של המדינה – נכנעו. אולם שלחו האונייה לתל אביב בהנחה שה"עם" התל אביבי הוא אתם, ואיש לא יעז לעשות נגדם דבר. גם הנחה זו נתבדתה, כאשר נתבדתה בכפר ויתקין הנחתם הראשונה. בתל אביב פעלה נגד אצ"ל בעיקר יחידת פלמ"ח [אניטה שפירא, הביוגרפית של יגאל אלון, שניהלה זמן-מה את בית יצחק רבין, קבעה שהפלמ"ח הופעל בפרשת "אלטלנה", בין היתר, "משום שהאיבה ל'פורשים' הייתה חלק מהמסד הנפשי והאידיאולוגי של הפלמ"ח" – שפירא, עמ' 346. מכאן, קל וחומר שזה היה המסד הנפשי אידיאולוגי של יצחק רבין]. אולם התותח שניתן לו, אחרי דברי במועצת המדינה, פרסום איום ונורא [למחרת פרשת "אלטלנה", אמר בן-גוריון במועצת העם: "מבורך הוא התותח שהפציץ את האונייה הזאת"] – היה תותח לא של פלמ"ח, והאיש שירה בתותח והכריע האונייה – לא היה איש פלמ"ח. האומנם סבורים אתם שזהו תפקידו המיוחד של הפלמ"ח?¹
  

אחרי יומיים, שוחח בן-גוריון בלשכתו עם ד"ר שמעון יוניצמן, מנהיגי המפלגה הרוויזיוניסטית. לדברי יוניצמן, היה קרע מוחלט בין הרוויזיוניסטים לבין "חרות", מפלגתו של בגין. אשר לפרשת "אלטלנה", יוניצמן טען שהאירוע "חיזק עמדת הממשלה לא רק בין גויים ויהודים בעולם, אלא גם בין רוויזיוניסטים זוללי מפא"י ... התפלאו לראות יד חזקה, ויש להם עכשיו על מה לסמוך".² ואכן, בעזרת פרובוקציות דיר יאסין ו"אלטלנה" המשיך בן-גוריון לשלוט בישראל שש-עשרה שנה. שמשיו – לוי אשכול וגולדה מאיר – שלטו בישראל עוד כעשור. כשסולקה גולדה מאיר מראשות הממשלה בעקבות מלחמת יום הכיפורים, קיבל את התפקיד יצחק רבין, גיבור "אלטלנה".

כפוליטיקאי, לא היה יעיל מבן-גוריון בתולדות הציונות. כה יעיל היה עד שעיצב בישראל תרבות פוליטית של קרנפים. אורי אבנרי, מהאידיאולוגים הבולטים בשמאל הישראלי, כתב:

• 
  כשהכריז בן-גוריון במאי 1948 על הקמת המדינה, היה מנוי וגמור אתו לשים קץ לכל הארגונים החמושים מלבד ארגון ה"הגנה", שהפך ל"צבא ה'הגנה' לישראל". הוא המתין רק להזדמנות מתאימה, שבאה כשאצ"ל שלח מצרפת לארץ אונייה עמוסה בלוחמים, בנשק ובתחמושת... נסיבות "פרשת אלטלנה" לוטות ערפל עד היום, אך סופה ברור לגמרי: בן-גוריון דרש למסור לו את כל הנשק, ובגין סירב. אז נפתחה אש על האונייה, שהגיעה לשפת-הים של תל אביב. יצחק רבין פיקד על הכוח התוקף. מנחם בגין, שעלה על האונייה, נדחף על-ידי אנשיו לים וניצל. אך כמה מאנשיו נהרגו והאונייה טבעה יחד עם הנשק שעל סיפונה. בן-גוריון שיבח פומבית את "התותח הקדוש" שהטביע אותה. כל זה קרה בעיצומה של המלחמה בערבים. בן-גוריון נהג באומץ-לב וחיסל אחת ולתמיד את הסכנה של קיום צבאות פרטיים במדינה.³
  

כאחד המודה, ש"נסיבות 'פרשת אלטלנה' לוטות ערפל עד היום", ניתן היה לצפות מהעיתונאי הביקורתי אבנרי לא לקבוע ש"בגין סירב". כקרנף בשוליים השמאלניים של מחנה בן-גוריון, אבנרי לא יכול לכתוב אחרת. אבנרי גילה אי-הבנה מוחלטת: צה"ל היה לצבא פרטי – מיליציה – של ראש הממשלה בן-גוריון ושל ראשי הממשלה שבאו אחריו ולא לצבא המקצועי של מדינת ישראל, המופעל לפי שיקולים מקצועיים, כדי לנטרל איומים על מדינת ישראל.

בגיליון יום העצמאות של מעריב בשנת 2005 כתב מאיר פעיל, תועמלן הפלמ"ח והשמאל:

• 
  מאז פרשת "אלטלנה" ועד היום, אולי בזכות התגובה הנחושה, לא התחוללה במדינת ישראל אף תופעה כל כך חריפה של פריקת עול מרות המשמעת הלאומית בענייני צבא וביטחון.
  

פעיל היתמם. בסוף מלחמת העצמאות סירבו יחידות פלמ"ח לסגת מסיני, והתעוררה תנועה לסירוב לפקודה. אלוף בדימוס עמי איילון, לשעבר מפקד חיל הים וראש השב"כ, הצהיר: "בחיי כל מדינה או אומה יש יותר מאלטלנה אחת".⁴

יואל מרקוס, כותב המאמרים הבולט של הארץ, כתב לפני עקירת יישובי גוש קטיף:

• 
  בן-גוריון לא נזקק לתמיכה מבחוץ כדי להטביע את "אלטלנה" ולפרק את הפלמ"ח. ברק לא נזקק לקביים כדי לצאת בן-לילה מלבנון. שרון לא נזקק לסיוע מבחוץ כדי להחליט על פינוי גוש קטיף. שלושת המנהיגים האלה עשו מה שעשו מול התנגדות פנימית גדולה, קרובה מאוד למלחמת אחים.

עבור מרקוס ועבור הארץ, הסמל היה לדגל. בן-גוריון ניצח!

ביום טיבוע "אלטלנה" בתל אביב, לאחר שרצחו ניצוֹלים במים, החרימו רבין ופקודיו מכוניות מאנשים שנחשדו כחברים באצ"ל. הם השתמשו במכונית אחת לפחות במשך חודשים ארוכים וסירבו להחזירה. בספטמבר 1948 דיווח על כך בנימין כהן, קצין משפטים ראשי, לראש אגף המבצעים, הרמטכ"ל בפועל יגאל ידין:

• 
  הנדון: יצחק רבין 30743, קצין מבצעים חטיבתי פלמ"ח, יאיר קדישאי, קצין תחבורה מטה פלמ"ח, יצחק ספקטור, רב-סרן קצין קשר עם או"ם מחוז הצפון, ומכונית מוריס 8 כוח סוס מספר 385 מנוע מספר 72597
  
  1. בלילה שבין 23-22 ביוני 1948 נעצרו מאיר חנוך ומכוניתו הפרטית הנ"ל במסגרת הפעולות נגד אצ"ל בעניין "אלטלנה" והובאו למחנה יונה.
  
  2. ביום 24 ביוני 1948 החליט שופט השלום ד"ר לבנברג, בתוקף הסמכות שקיבל משר הביטחון ומשר המשפטים, לשחרר את הנ"ל ואת מכוניתו.
  
  3. יצחק רבין הנ"ל סירב להחזיר את המכונית ופקד על יאיר קדישאי הנ"ל לא להחזירה בטענה כי קיבל פקודה בעל-פה מן המטכ"ל להחרים את כל מכוניות האצ"ל. המכונית נשארה ברשות הפלמ"ח.
  
  4. יצחק רבין הנ"ל סירב למסור פרטים נוספים על הפקודה שקיבל וממי קיבל אותה בלי רשות המטכ"ל.
  
  5. המכוניות נמסרה על-ידי הפלמ"ח למטה העורפי של יחידת [חטיבת] הנגב, נמסרה לשימושו של יצחק ספקטור, אז קצין התחבורה של יחידת הנגב, ויצחק ספקטור טוען כי היא נגנבה ממנו כעבור כמה ימים.
  
  6. לא הצלחנו לגלות כל רישום שהוא למכונית הנ"ל, הן במטה הפלמ"ח, הן אצל קצין התחבורה של הפלמ"ח והן אצל חטיבת הנגב, ואפשר לומר בוודאות כי מבחינה פורמלית היה השימוש במכונית על-ידי יחידות הפלמ"ח פרטי בהחלט.
  
  7. חוות דעתי המשפטית היא ברורה: היו כאן שתי פעולות בלתי חוקיות. ראשית, החרמה בלתי חוקית ובלתי נימוסית כלפי חוץ, ושנית, שימוש שרירותי כלפי פנים בזה שלא נעשה דבר כדי להכניס את המכונית לתקן איזה יחידה שהיא.
  
  8. מבחינה חוקית גרידא נראה לי ברור שיש כאן רק שתי ברירות, היינו:
  
  - או שהצבא נכון מסיבות שאינן מעניינות אותי (נניח מסיבות תום-הלב של הנוגעים בדבר), להכיר במכונית שאבדה כאילו הוחרמה לזכות הצבא ואז על הצבא לדאוג לצו החרמה מתאים שהעתקה הימנו צריכה להימסר לבעל המכונית.
  - או שהצבא אינו נכון להכיר בהחרמה ואז על הצבא למסור לבעל הנזק את שם העבריינים כדי שיוכל לתובעם באופן פרטי לדין אזרחי.⁵

פעמיים הודח יצחק רבין במלחמת העצמאות: במארס 1948 מפיקוד על חזית הדרך לירושלים; ובמאי 1948 מפיקוד על חטיבת "הראל". מהדחתו השנייה ועד סוף המלחמה היה רבין עוזרו של אלון, כאיש מטה. מעודה לא הייתה עבודת מטה ראויה לשמה בצה"ל – בין היתר, באשמתו הישירה של רבין – ובוודאי לא הייתה במלחמת העצמאות (אלוף-משנה ד"ר עמנואל ולד כתב, אחרי מלחמת לבנון, דוח ביקורתי על עבודת המטה של צה"ל במלחמה. כדי להימנע מדיון בדוח שלו, נזרק ולד מצה"ל בביזיון וקלס). לפי הביוגרף של רבין רוברט סלייטר, "נותר רבין אחרי מלחמת העצמאות "פלמ"חניק בנשמתו, חייל שחש נוח יותר ביחידות קטנות, עם מעט חברים, מאשר בחטיבות גדולות של צבא מודרני ומאורגן היטב". אחד מעמיתי רבין בתחילת שנות החמישים אמר לסלייטר: "רבין האמין כי פיקוד על חטיבה אינו שונה ביסודו מפיקוד על פלוגה, רק החטיבה גדולה יותר. לא היה לו מושג בעבודת המטה הכללי, לא ידע כיצד מניעים צבא גדול. לא הכיר את מלאכת הארגון הרבה המשוקעת בניהולו של צבא ... היה שטוף מוח בתורות פלמ"ח. הם היו חלק מהשקפת עולמו".⁶

אחרי מלחמת העצמאות פרשו מצה"ל כל מפקדי הפלמ"ח הבכירים, ומי שלא פרש – נזרק. זה היה גורלם של יצחק שדה, מייסד הפלמ"ח ומח"ט 8 במלחמת העצמאות, של מולא כהן, מח"ט "יפתח", של נחום שריג, מח"ט "הנגב", ושל יוסף טבנקין, מח"ט "הראל". גם משה כרמל, אלוף פיקוד הצפון, פרש, ועמו נחום גולן, מח"ט "גולני", שמעון אבידן, מח"ט "גבעתי", ושאול יפה, מח"ט "עודד", ורבים מאנשי מטותיהם. התהליך לא היה בבחינת סוד, והכול דנו בו. רבין כתב אל הרמטכ"ל יעקב דורי: "אני מפקד בפלמ"ח, שרוצה להישאר בצבא וקשה לי עם כל רצוני להשתחרר מתחושה שהמגמה השלטת בצבא היא סילוק כל שריד ופליט של הפלמ"ח".⁷ בספרו כתב רבין: "במאי-יוני 1949 פורקו חטיבות הפלמ"ח, בדרג המדיני ישבו ושפשפו ידיים בהנאה: צה"ל החדש יהיה נקי מ'קללת' הפלמ"ח".⁸

ההדחה הדרמטית ביותר בכל תולדות צה"ל התרחשה באוקטובר 1949 – הדחת יגאל אלון, שנחשב לגיבור המלחמה ולמצביא מהולל. סיפר אלון, בספטמבר 1979, כחצי שנה לפני מותו:

• 
  ברבע האחרון של מלחמת העצמאות, הקמתי את חזית הדרום, ולאחר המלחמה שימשתי, באופן טבעי, אלוף הפיקוד. כעבור חודשים אחדים יצאתי לסיור באלג'יריה, כאורחו של הצבא הצרפתי. בן-גוריון ניצל את הזדמנות היעדרי מהארץ, ומינה את משה דיין כאלוף פיקוד הדרום. כששבתי מאלג'יריה לפאריס, סיפרו לי מארחי במטכ"ל הצרפתי, שאינני יותר אלוף פיקוד הדרום. זה היה אחד הרגעים המשפילים בחיי. אינני יודע על מקרה דומה בתולדות צה"ל, ואינני סבור שהגיעה לי הדחה מסוג כזה, אחרי מלחמת העצמאות, ואפילו הייתי אז חבר מפ"ם, וביקרתי בחריפות את האופן בו סיים בן-גוריון את המלחמה. כששבתי ארצה הודעתי מיד לממונים עלי, שאני פורש מן השירות.⁹
  

כשביקר אלון באלג'יריה, מונה רבין לממלא-מקום אלוף פיקוד הדרום. באוקטובר מונה משה דיין לאלוף פיקוד הדרום במקום אלון. רבין דיווח לאלון: "הדבר נפל כפצצה שלא תיארנו לעצמנו שהללו מסוגלים לבצע זאת מאחורי גבך, בלי שיתייעצו אתך תחילה, או יודיעו לך על כך".¹⁰ את משה דיין כינה רבין, בלעג, "סוחר העתיקות".¹¹ הוא כתב:

• 
  משה ד. הופיע. אני מכניסו לעניינים. הבחור אינו מתמצא בעסק לגמרי. לדעתי, חסרה לו הבנה צבאית מינימאלית בהיקף רחב יותר מאשר פלוגה או גדוד. חסר טקט לחלוטין בגישתו לאנשים.¹²
  

להלן גרסת דיין:

• 
  בתשעה באוקטובר 1949 נתמניתי לאלוף פיקוד הדרום ... באתי לתפקיד זה במקום יגאל אלון. בן-גוריון החליט לבטל את מינויו למפקד הדרום בעת שהיה אלון בסיור בצפון אפריקה. קציני המטה שמצאתי בפיקוד הדרום היו מצמרת הפלמ"ח, מן הקרובים ביותר לאלון. לא הבאתי איתי קצינים "משלי". לא ביקשתי מאיש מן הנמצאים לעזוב, אך רובם לא רצו להישאר.¹³
  

אי-רצונם של אנשי אלון לשרת תחת פיקוד דיין הוא ביסוס נוסף לטענה, שהפלמ"ח היה מיליציה אידיאולוגית, שקוד התנהגותה הוא נאמנות. לעומת זאת, דיין קיבל את מינויו בגלל נאמנותו לבן-גוריון, ולא ייחס לקוד הזה, באותו השלב, שום משמעות ביחסיו עם פקודיו. הוא ציפה מהם לתפקד מקצועית, כדי שיצליח כאלוף פיקוד, ולא כשליח תנועה. הם, כנראה, הבינו, שלא יוכלו לעמוד בדרישה זו.

מפ"ם הייתה אז מפלגת האופוזיציה הגדולה ביותר, ובן-גוריון ראה בה איום ממשי על שלטונו בעתיד. בארבעה-עשר באוקטובר 1949 כינסה מפ"ם את חברי הפלמ"ח במגרשי התערוכה בצפון תל אביב. הכנס אמור היה ללכד את השורות, ולהפגין עוצמה פוליטית חברתית להמשך המאבק על תפיסת השלטון בישראל. ראשי מפ"ם ביקרו אז בחריפות את האופן שבו סיים בן-גוריון את מלחמת העצמאות. במונחים של 2005, המדובר בהסתה שמצדיקה חקירת משטרה והעמדה לדין.

גלילי, שנחשב אז לסמכות-על ביטחונית, האשים את בן-גוריון מיד אחרי תום הקרבות, בינואר 1949, בהתרפסות בפני שלטונות ארצות-הברית ובהפקרת האינטרסים הביטחוניים של מדינת ישראל. הוא אמר לפעילי המפלגה:

• 
  ממשלת ישראל חייבת הייתה לדחות התערבות זו ולא להיענות לה. בחינה אחראית ואמיצה שאין בה לא התנשאות, ולא התבטלות, בחינה שאין בה מדרך החוגר המתהלל-כמפַתח, היא הנותנת: הנסיגה ממבו/אות אל-עריש ומאבו-עגילה והנסיגה מהמשלטים מדרום מערב לרפיח, הן שגיאה צבאית ומדינית חמורה.¹⁴
  

בפגישה עם מפקדים צעירים בשירות פעיל, באפריל 1949, ביקר גלילי את בניין הצבא ואת הניסיונות ללמוד מניסיונם של הצבא הבריטי ושל הצבא האמריקני, והוסיף –

• 
  בכמה מהיחידות נשתררו כללי נוהג נפסדים שאבד עליהם הכלח גם בצבאות המשמשים דוגמא. בכמה יחידות ירדה המשמעת הפנימית-אחראית לדרגה שהחייל "מקיים" אותה עד שאינו נתפש בהפרתה, ולומדים להשתמט – ועם זאת "להסתדר" שלא להיתפש. וכבר אתה פוגש יחס לנכסים, לנשק ולחובה – שחבר "הגנה" ותיק מתפלץ למראיהם. משתררת הזנחה ובזבוז. התירוץ אף הוא מוכן ושגור: "עכשיו זה צבא וצבא אינו 'הגנה'".¹⁵

בן-גוריון העריך כי גלילי וחבריו ינצלו את הכנס כדי להסית את יוצאי הפלמ"ח נגדו ונגד צה"ל. בהוראתו, פקד הרמטכ"ל יעקב דורי על חיילי צה"ל ועל קציניו לא להשתתף בכנס. ביום הכנס הגיע רבין למטכ"ל ברמת-גן ממפקדתו בבאר-שבע לדיון בתקריות אש באזור בית-גוברין. בתום הדיון הורה דורי לרבין לנסוע לביתו של בן-גוריון כדי "לדווח על התקריות". רבין מילא את הפקודה. אחרי הדיווח שוחח ראש הממשלה ושר הביטחון עם הסגן-אלוף הצעיר באריכות על קציני צה"ל. על אלון הוא אמר: "מפקד שדה מצוין אבל יותר מדי מעורב בפוליטיקה. הוא לא מבין מספיק את הצד המדיני, חסר ראייה כוללת בהערכת היעדים המרכזיים בכל שלב". מהשיחה ניתן היה להבין, שבן-גוריון מייעד את רבין לרמטכ"ל, אם יהיה נאמן לו ולא יעסוק בפוליטיקה, דהיינו – לא יצטרף למפ"ם. השיחה ארכה שעות, ודנו בה, בין היתר, במינוי דיין לפיקוד הדרום במקום אלון. בן-גוריון אמר, שכדי להישאר בצה"ל על אלון להשלים את השכלתו. בינתיים התחיל הכנס. רבין ישב על קוצים כיוון שהתכוון להפר פקודה ולהשתתף בכנס האסור. הוא פנה לראש הממשלה: "בן-גוריון, תרשה לי לשאול אותך, בכנות ובחופשיות?" "בוודאי!" השיב המנהיג. "מדוע הרמטכ"ל – בוודאי בידיעתך או על-פי הוראתך – אסר על ההשתתפות בכנס הפלמ"ח? מדוע להעמיד את חבריי ו/אותי, שנשארו בצבא, במצב מביך, בין הרצון לקיים את המשמעת לבין חובת החברות, אחוות-הנשק והשותפות הגדולה עם אנשים שהלכנו אתם כברת-דרך ארוכה? מדוע לחייב אותנו בהכרח ובלי ברירה, לבחור בין שתי החלטות רעות: להשתתף בכנס ולהפר את המשמעת, או לא להשתתף ולהפר כללים מקודשים של חברות: להיחשב כבוגד בחבריך?" בן-גוריון לא השיב. מתיחות השתררה בחדר. בן-גוריון הזמין את רבין לארוחת ערב. ליותר מזה מפקד שאפתן לא היה יכול לקוות. רבין דחה את ההזמנה, ופרש. מיהר לביתו, החליף לבגדים אזרחיים, ומיהר עם לאה לכנס.¹⁶

ב-21 באוקטובר 1949 נשפט רבין על הפרת פקודה בפני הרמטכ"ל יעקב דורי ובנוכחות אלוף שמעון מזא"ה, ראש אגף כוח-אדם.

• 
  דורי: נקראת למשפט דיסציפלינארי בעבירה של הפרת משמעת. האם קיבלת את הפקודה האוסרת השתתפות בכנס?
  
  רבין: קיבלתי את הפקודה.
  
  דורי: האם השתתפת?
  
  רבין: כן.
  
  דורי: איך מתיישב אי-מילוי הפקודה עם השבועה שנשבעת, כי תציית לכל הוראה שתינתן לך על-ידי הפיקוד העליון?
  
  רבין: לא מתיישב. מודה בהפרת פקודה. הייתה לי הרגשת חובה אישית כלפי חברים. זאת הייתה שאלה חברית – הרגשתי שעלי היה להיפגש עם חברי.
  
  דורי: האם הייתה פקודה אחרת?
  
  רבין: לא הייתה פקודה אחרת, כי אם זאת היא החלטה אישית. נכון שיש כאן אי-ציות לפקודה, אבל לא נכון שמילאתי פקודה ממקור אחר.
  
  דורי: ובכך איך זה מתיישב עם השבועה?
  
  רבין: נכון שזאת היא פקודה, אבל אין כל חוקה האוסרת על חייל, כאזרח, להשתתף בזמן חופשתו בכינוסים.
  
  דורי: העניין הוא חמור מאוד, אך יש לי שני נימוקים כדי לא להעביר אותו לבית-דין צבאי. א. אני מכיר שהיו מסיבות מיוחדות שהן אישיות וקשרי חברים שגרמו למעשה זה. ב. שירותך הטוב במילוי תפקיד באופן משביע רצון ובנאמנות.
  
  פסק-הדין של דורי: ניתנת לך נזיפה חמורה ואתראה שאם יקרה עוד מקרה של הפרת משמעת – יצטרכו להעביר לבית-דין צבאי גם את האינפורמציה על המקרה הזה.
  

העיתונאי אמיר אורן, שפרסם ראשון בהארץ, כשבעה שבועות אחרי רצח רבין, את תרשומת המשפט, הקדים לו דברי פרשנות. אורן קבע:

• 
  תפיסתם של יגאל עמיר, של תומכיו בהתנחלויות (ולא רק בהן) ושל רבים מיהודי ארצות-הברית ... [ש]מדינת ישראל היא צבא הקבע של ארץ-ישראל. תפקידה של מדינת ישראל לממש את מאוויי ארץ-ישראל, אך לא להכריע בקביעתם. הנושאים בכהונות רשמיות בממשלת ישראל אינם יותר מקצינים הנתונים למרות המוסדות העליונים בארץ-ישראל. לכן מותר למדינת ישראל להרחיב את אחיזתה בשטחי ארץ-ישראל, בדרכי מלחמה אך לא לצמצמה בדרכי שלום ... דווקא מפני שנפל בכדורי מתנקש שהתיימר לשאוב את סמכותו ממקור אחר, מאלף להיווכח כיצד נאבק רבין הצעיר, סגן-אלוף בן 27, במשיכת הקטבים הנגדיים, משמעת והרגשת החובה.¹⁷
  

הרמטכ"ל דורי לא התייחס ברצינות לדברי רבין, שהלך לכנס בגלל "הרגשת חובה אישית כלפי חברים". קצין בכיר בשירות קבע צריך להיות מסוגל לעמוד בפני הרגשה כזו, או שלא יהיה קצין בכיר. דורי רמז במשפט, שרבין הפר את פקודה מוסמכת, והלך לכנס בפקודת מפ"ם. רבין הבין את הרמז, והתגונן באומרו: "לא נכון שמילאתי פקודה ממקור אחר". אורן, שהיה שנים רבות כתב ופרשן אסטרטגי בעיתון "דבר", שתמך, לפי פרסומיו, במדיניות השלום של רבין, פרסם דעה שרבין ורוצחו פעלו מאותו מניע: אי-קבלת סמכות המדינה וקבלת סמכות חיצונית – דתית-הלכתית מזה ואידיאולוגית-מפלגתית מזה. אידיאולוגיה ודת פסולות בעיני המדינה כמקור סמכות. אחרי מלחמת העצמאות, רבים ראו במפ"ם מפלגה קרובה לקומוניזם, שמקור סמכותה היה יוסף סטאלין, שליט ברית-המועצות. פעולה בניגוד לפקודת הצבא ובהתאם למקור סמכות בקרמלין, היא עבירה חמורה, וכך ראו את הדבר בן-גוריון ודורי בשנת 1949.

רבין כתב לאלון:

• 
  אני הוזמנתי ראשון לבירור משמעתי בפני הרמטכ"ל. הודיתי כמובן בכל 'האשמות' והסברתי נימוקי להפרת הפקודה. קיבלתי נזיפה חמורה ואתראה, שבמקרה נוסף של הפרת פקודה, אועמד מיד בפני בית-דין צבאי. אחרי בא מולה [כהן], שהוא, נוסף לכך, הודח מתפקידו. אחריו דן [לנר] שקיבל את העונש כמוני. ואחריו עשרות רבי-סרנים מהחברה, שמרביתם יקבלו את אותו העונש, פרט ליוחנן [זריז] ורעננה [אליהו סלע], שהומלץ בפני שר הביטחון על שחרורם המיידי, בעיקר עקב תגובותיהם בשעת הבירור המשמעתי בפני הרמטכ"ל.

רבין חתם את מכתבו: "אני עומד לעזוב [את השירות] מחר או מחרתיים".¹⁸ למרות זאת, לא פרש מצה"ל. רבין היה הבכיר היחיד בפלמ"ח, שבן-גוריון לא השליך מהצבא, ולא פרש מרצונו. הטעמים ליחסו המיוחד של בן-גוריון לרבין היו תפקודו בפרשת "אלטלנה" והערכת בן-גוריון, שהרצח על חוף ימה של תל אביב מנע מרחץ דמים בכל תל אביב, שהיה מעיב על דמותו ההיסטורית. רבין קיבל תמורה על "שירותי החיסול" שהעניק לבן-גוריון. לימים, כשחזרו אנשי הפלמ"ח והשתלטו על צה"ל, היה רבין חוד חניתם, סמלו של הדור – האיש שהעביר לצה"ל את מורשת הפלמ"ח וקטף את כל פירות מיתוס הפלמ"ח.

בהנחה שבן-גוריון היה אינטליגנטי וערמומי, והבין, לפחות אחרי המלחמה, כי רבין נכשל בכל אשר עשה בה, ומקור הסמכות למעשיו אינו הממשלה אלא מפ"ם – לא חשש בן-גוריון מרבין וסמך על נאמנותו, בגלל תבונתו המוגבלת של הקצין הבכיר ובגלל יכולתו להשפיע עליו. בן-גוריון חש חובה לתגמלו על שירותי התועבה שביצע רבין למענו בפרשת "אלטלנה". חסרי-כישורים רבים קידם בן-גוריון, אך רק אחד מהם גילם בדמותו את מיתוס הפלמ"ח, והיה "הרוצח מאלטלנה". באמצעות רבין ביקש בן-גוריון להעביר לצדו את אהבת ציבור הבוחרים לפלמ"ח. הוא חשש כי האזרח רבין עלול להיות נכס אלקטורלי למפ"ם. זכות "הרוצח מאלטלנה" עמדה לרבין בכל מאבקיו, וסייעה לו להיות רמטכ"ל וראש ממשלה. היא לא סייעה לו להבין את הוויית הצבא והמלחמה, ולתפקד כהלכה בתחום הביטחון. לפיכך, אין פלא שרבין נכשל בכל אשר עשה בקריירה הביטחונית שלו, ואין פלא שהכישלון התגלגל למיתוסים של הצלחות, עד הרצח ועד בכלל.

________

[הפרק הבא יעסוק ברבין כמוציא לפועל של אסטרטגיית הטרנספר של בן-גוריון בחזית הדרום בסוף מלחמת העצמאות; איך רבין כמפקד קורס המפקדים הבכירים אחרי מלחמת העצמאות עיצב את תרבות אי-הפקת הלקחים בצה"ל; בכניסת רבין לעבודה במטה הכללי בלא שהיה לו מושג בעבודת מטה.]

1. "יומן בן-גוריון", עמ' 687.
2. "יומן בן-גוריון", עמ' 695.
3. אבנרי, מעריב, 7 ביוני 2003.
4. גלילי, "מקור ראשון", 21 בינואר 2000.
5. ארכיון צה"ל תיק מס' 49/6127/104.
6. סלייטר, עמ' 82.
7. רבין, "פנקס שירות", עמ' 84.
8. רבין, "פנקס שירות", עמ' 84.
9. אורי מילשטיין, "פרשיות כאובות: בין בן-גוריון ליגאל אלון". "מבפנים לזכרו של יגאל אלון", מארס 1980, עמ' 18.
10. יצחק רבין, "מבחר תעודות" (להלן מ"ת), גנזך המדינה עמ' 54.
11. שם, עמ' 55.
12. מ"ת, עמ' 58.
13. דיין, "אבני דרך", עמ' 93.
14. ישראל גלילי, "שגיאה חמורה". מדברים בפגישת פעילים, ינואר 1949, "ספר הפלמ"ח" ב', 1953, עמ' ע"ט.
15. גלילי, "שגיאה חמורה", "ספר הפלמ"ח" ב', עמ' ע"ט-פ'.
16. רבין, "פנקס שירות", עמ' 86-87; סלייטר, עמ' 79; מ"ת, עמ' 58.
17. אמיר אורן, "כשיצחק רבין הפר פקודה". הארץ, 22 בדצמבר 1995.
18. גנזך המדינה, יצחק רבין, - מבחר תעודות 2005, עמ' 57.