הדתה אחת האגדות הנפוצות בקרב האקדמיה והתקשורת הישראליות הנה הדתה - השתלטות הדת על הצבא. חיל החלוץ בגישה זו הנו
עיתון 'הארץ', שמייצג מיעוט שולי וקט̤ן, אך צעקני מאוד בתמיכתו בקו הפלורליסטי.
"ענף תודעה יהודית ברבנות הצבאית עסק בהטמעת ערכים לאומיים של אמונה בצדקת הדרך, לא פחות משחיבר חוברות צבעוניות על הכרת חגי ישראל. התפיסה שחוללה את קיומו והיוותה את סוד הצלחתו של הענף הזה היא התפיסה של הרבנות הצבאית כגורם משפיע על כלל הצבא, הניצב ליד המפקד בקבלת ההחלטות ובשדה הקרב.
"באופן זה נתפס הענף גם בעיני מבקריו ומתנגדיו. חוברת צבעונית על חג פסח אינה נתפסת כפגיעה בערכי היסוד של צה"ל, גם אם היא מחולקת לחיילים חילוניים, אך שיח של הכרה לאומית איתנה, חיבור למשימה, אמונה תמימה בצדקת הדרך, נכונות להקרבה ולמסירות מתוך אמונה - את זה לא הצליחו לסבול במסדרונות האליטה החילונית-פלורליסטית בצבא ומחוצה לו" - כותבים מחברי הדוח של מרכז ליב"ה, שמוסיפים - "להבנתנו, סגירת ענף תודעה יהודית, שפעילותו מנוגדת לשיח ה'פלורליסטי', הרווח בצמרת הצבא, נועדה ביסודה לעקר את ההשפעה של התפיסה האמונית-הלאומית על התנהלות הצבא, המאיימת על הצבא הממלכתי ה'פלורליסטי'".
ראוי לציין, כי במאבק להוצאת התודעה היהודית מהרבנות הצבאית בלטה מעורבות
המרכז הרפורמי לדת ומדינה. בדף עמדה של המרכז (לישיבת ועדת חוץ וביטחון של הכנסת) נאמר: "השתלטותו של ענף תודעה יהודית הביאה לפגיעה קשה בזכויות היסוד של חיילי צה"ל לשוויון ולחופש דת ... פעילות הענף הייתה בבחינת כפייה דתית שהופעלה על קהל שבוי... מצב בו גוף בעל אג'נדה דתית פוליטית מתווה כיצד יראה החינוך לזהות יהודית הוא מסוכן, אנטי דמוקרטי ושומט את היסודות של צה"ל כצבא העם". בהמשך דף העמדה מצהיר המרכז הרפורמי כי ימשיך "לפקח" על פעילות הגוף החדש באכ"א, ולעקוב כדי שיינתן שוויון ל"גופים ליברליים".
לחץ אנטי-דתי במקביל מצטברים סימנים על לחץ אנטי-דתי בצבא, שמכוון נגד רבנים ונגד השפעתם בצבא. הד שלילי להחלטה למנוע את השתתפות הרבנים הראשיים בהכנסת ספר תורה בחטיבת הקומנדו הביא לביטול ההחלטה. לדעת מרכז ליב"ה, נוצרה בצבא אווירה, היוצרת חשש בקרב מפקדים משימוש בפעילויות, שמציעה הרבנות ליחידות. "במספר בסיסים יצאו הנחיות ... מפקדים לאסור כניסת מרצים אזרחיים מטעם הרבנות ... (בכמה מקרים) בוטלו ההנחיות בוטלו מיידית ...".
האווירה הוחרפה, לדברי מחברי הדוח, בפקודה למנוע אישור יציאה מטקסים צבאיים, שבהם יש שירת נשים, למעט אירועי הווי ותרבות.
בדצמבר 2015 נכנסו לתוקף הנחיות חדשות בנוגע לאישור גידול זקן בצבא, ובמסגרתן הוקשחו הנהלים לקבלת אישור. לפי הנהלים החדשים, אין די בהמלצת הרב הצבאי אלא יש צורך באישור של מפקד ישיר בדרגת סא"ל ולאחר מכן אישור של קצין שלישות בדרגת אל"ם. בעקבות כך פורסמו עדויות רבות של חיילים דתיים, שהוכרחו לגלח את זקנם כיוון שלא קיבלו אישור להמשיך ולגדלו - למרות שהובטח רשמית, כי חיילים דתיים לא ייפגעו. באפריל 2016 פורסמה הנחית ראש אכ"א כי חייל/קצין 'שקיבל אישור לגדל זקן, לא יורשה להשתתף בטקסים ייצוגיים; ואם השתתפותו בטקס הכרחית (כגון בטקס סיום קורס), יודח החייל/קצין מהקורס, אם לא יגלח את זקנו.
בדיון בעתירה לבג"ץ בנוגע לזקנים, קבע
מני מזוז, שופט בית המשפט העליון, כי אין הצדקה דתית לגידול זקן. לדעת מרכז ליב"ה, יש בהוראה זו כפייה אנטי-דתית, שיוצרת התנגשות בין החייל הדתי לבין "פקודה", ויוצרת אווירה, ששירות דתיים בצבא "אינו אפשרי ואף מסוכן". האווירה האנטי-דתית בצבא הוחרפה, לדברי הדוח, בהחלטה לכפות על חיילים צפיית הצגות (בתיאטרון הקאמרי, למשל), שכללו תכנים פרובוקטיוויים.
לכאורה, הצבא מעוניין לגייס לשורותיו את כולם - ובעיקר, חיילים חרדיים. קשה להבין איך הדבר מתיישב עם מדיניותו ועם תוכניות הבינוי החדשות בצבא, שישכנו חיילים וחיילות באותו המבנה, ללא מחיצה, או דלת ביניהם; או עם הצערת גיל המג"דים, שפוגעת באפשרות הקידום של בני"ש; ועם השינוי בפקודת "השילוב הראוי", שנועדה לאפשר שירות של חיילים דתיים בצבא באופן שלא יפגע באורח חייהם הדתי. כעת, שונתה הפקודה, ובלחץ פוליטי כוונתה להעמיד את חשיבות שירות הנשים מעל לכל צורך אחר של הצבא.
