ב-22 ביוני 1941, עם פלישת גרמניה לברית-המועצות, הכריזה גם בת בריתה רומניה מלחמה למען שחרור חבלי בֵּסָרַבּיה (Bessarabia) וצפון בוקובינה מן השלטון הסובייטי, וממשלתה הצהירה כי נפלה בידיה שעת כושר היסטורית להיפטר אחת ולתמיד מיהודי הפרובינציות בֵּסָרַבּיה ובוקובינה. בעקבות הכוחות הלוחמים נכנסו לבֵּסָרַבּיה ולצפון בוקובינה כוחות של יחידת החיסול הגרמנית איינזצגרופה D ולצדן יחידות רומניות מיוחדות שהוקמו טרם הצטרפותה של רומניה למלחמת העולם השנייה, ונקראו SSI (Serviciul special de informatiune; שירותי מודיעין מיוחדים). היו אלה יחידות ייעודיות שתכליתן רצח יהודים ו"טיהור השטח". פעולתן הראשונה הייתה בפוגרום יאסי (Iaşi) ב-29 וב-30 ביוני 1941, והן המשיכו לבֵּסָרַבּיה ולצפון בוקובינה ביולי 1941. לצדן השתתפו ברצח היהודים גם חיילים מהארמיות השלישית והרביעית של צבא רומניה.
לאחר כיבוש בֵּסָרַבּיה וצפון בוקובינה המשיכו הכוחות הגרמניים והרומניים בחזית הצפונית מזרחית לתוך שטחה של אוקראינה, כבשו אותה וחילקו את השטח לשני אזורי שליטה: האחד — רייכסקומיסריאט אוקראינה (Reichskommissariat Ukraine) שנמסר לשליטה ישירה של הס"ס, והשני — החבל הדרומי מערבי של אוקראינה שנמסר לשליטתה של רומניה. חבל זה נכבש בקיץ 1941, ובדצמבר הייתה אודסה למקום מושבו של המושל הרומני הפרופסור גאורגֶה אלכסיאנו (Gheorghe Alexianu). ב-30 באוגוסט 1941 חתמו גרמניה ורומניה על הסכם טיגינה (Tighina) אשר הסדיר את ניהולו של החבל הדרומי מערבי של אוקראינה בתור יחידה אדמיניסטרטיבית נפרדת, ובו גם נקבעו סמכויות השלטון הרומני וזכויותיה של גרמניה בחבל זה, והתקבל השם "טרנסניסטריה" שמשמעותו המילולית היא מעבר לנהר ניסטרו (Nistru) — הוא הדנייסטר (Dniester). שם זה שימש את האזור אך ורק בתקופת מלחמת העולם השנייה. ב-3 בספטמבר 1941 נחתם נספח לחוזה טיגינה, ובו אושרה שליטתה של רומניה גם בצפון חבל טרנסניסטריה, במחוזות טוּלצ'ין (Tulchin) ומוגילב (Mogilev).
חבל טרנסניסטריה, שגבולותיו הם נהר דנייסטר במערב, נהר בּוּג (Bug) במזרח, הים השחור מדרום ונהר ליאדובה (Lyadova) מצפון, השתרע על כ-4,000 קילומטרים רבועים והיה חקלאי ברובו. מחצית מתושבי החבל היו אוקראינים; רוסים ורומנים-מולדווים היו שני המיעוטים הגדולים, והמיעוט השלישי בגודלו היה המיעוט היהודי. הקהילה היהודית מנתה כ-300,000 איש, אשר 180,000 מחבריה התגוררו בעיר אודסה, והאחרים
בעיירות ובכפרים. בחבל חיו גם 125,000 תושבים ממוצא גרמני אשר דיברו רוסית בשילוב עגה גרמנית-בווארית.
ב-16 באוקטובר 1941 הוכרז רשמית על הקמת הממשל האזרחי לחבל טרנסניסטריה (Departamentul Guvernatorului Civil al Transnistriei), ונקבע כי מושל החבל גאורגֶה אלכסיאנו יהיה כפוף ישירות לראש הממשלה. השלטון הצבאי שהתקיים לצד השלטון האזרחי אִפשר לראות בכל יהודי שהפר צו או הוראה של השלטון המקומי אויב ומרגל, ומכיוון שכך — להוציאו להורג לאלתר ובלא משפט.
חבל טרנסניסטריה מעולם לא סופח רשמית לשטחה של רומניה, ונותר שטח כבוש במשך כל תקופת השלטון הרומני. מבית התנגדו לסיפוח מפלגות האופוזיציה בשל התנגדותן לכל התפשטות מעבר לגבולותיה האתניים של רומניה, וחששן כי סיפוח חבל טרנסניסטריה פירושו ויתור על חבל צפון טרנסילווניה לטובת הונגריה. מחוץ הודיעה ארצות-הברית בספטמבר 1941 כי תראה בכל סיפוח רומני של שטח כלשהו מעבר לדנייסטר מעשה עוינות כלפיה.
עוד ב-17 וב-18 ביוני 1941, ערב המתקפה על ברית-המועצות, נפגש מיהאי אנטונסקו (Mihai Antonescu), סגנו של יון אנטונסקו, עם הפקידות הממשלתית הרומנית ומסר להם מידע על התוכניות הרומניות ועל ההוראות המפורשות הנוגעות ליהודי בֵּסָרַבּיה וצפון בוקובינה. בדבריו — שהופצו גם בכתב — הדגיש מיהאי אנטונסקו שהפלישה לברית-המועצות היא שעת כושר לשחרור רומניה מן היסודות האתניים הזרים, ולשם כך מותר לנקוט כל אמצעי, ואף לנהוג באכזריות.
ב-3 ביולי 1941 נאם מיהאי אנטונסקו לפני בכירי משרד הפנים שעמדו לצאת אל חבל בֵּסָרַבּיה והבהיר להם שתפקידם לפעול נגד מיעוטים שאינם רומנים אתנים והם מאיימים על עתידה של רומניה. ב-8 ביולי הורה ראש המטה הכללי הרומני, הגנרל יוסיף יקוביץ (Yosip Iacobici), להפעיל את התוכנית "לסילוק היסוד היהודי" משטחה של בֵּסָרַבּיה עוד לפני כניסתם של כוחות הצבא הרומני הסדיר וזאת באמצעות האוכלוסייה המקומית ויחידות מיוחדות שיקדימו את הצבא.
בקיץ 1941 גורשו כל יהודי בֵּסָרַבּיה וצפון בוקובינה למחנות מעבר ומשם בלא סדר ותכנון גורשו בשיירות רגליות אל לבו של חבל טרנסניסטריה. ליהודים אלה צורפו יהודים אוקראינים מקומיים שניצלו מגל הטבח הראשון של כוחות הכיבוש הגרמניים והרומניים באוקראינה בקיץ 1941 ולא יכלו לשוב למקומות מגוריהם. כוונת המטה הכללי הרומני הייתה שבסופו של התהליך לא ייוותרו יהודים גם בשטח טרנסניסטריה, וזאת בהתאם לחזונו הברור של יון אנטונסקו לטיהור אתני ופוליטי של האומה הרומנית. את מדיניותו האנטי-יהודית הבהיר ב-11
באוקטובר 1941 בישיבת הפרפקטים — הממונים על המחוזות מטעם משרד הפנים — עת התפאר בהישגיו בבֵּסָרַבּיה, שבה לא נותרו עוד יהודים, והודיע כי יגרש 80 אחוז מן היהודים בחבל בוקובינה. אנטונסקו הצהיר כי אין בכוונתו להשאיר את היהודים המגורשים מרומניה בחבל טרנסניסטריה, אלא לגרשם הלאה, אל שטח הכיבוש הגרמני שמעבר לנהר בּוּג. משמעותו של גירוש היהודים אל שטח הכיבוש הגרמני הייתה רצח של המוני יהודים בידי האיינזצגרופן, והגירוש נדחה רק משום שיחידות הרצח הגרמניות עדיין היו עסוקות בהשמדת יהודי מערבה של ברית-המועצות וסירבו לקבל על עצמן עבודה נוספת באותו הזמן. כך נותרו עשרות אלפי יהודים רומנים בחבל טרנסניסטריה עצמו בסתיו 1941.
שאיפתם של הרומנים להשאיר את הפרובינציות בֵּסָרַבּיה ובוקובינה נקיות מיהודים גברה על כל שיקול רציונלי במדיניות האנטי-יהודית, וכך בלא כל תכנון מוקדם ובהתאם לנתיבי הגירוש מבֵּסָרַבּיה ומבוקובינה נוצרו בטרנסניסטריה ארבעה אזורים של מחנות וגטאות ליהודים: שלושה אזורים גדולים — במחוז מוגילב בצפון מערב טרנסניסטריה, ובו גטו שַרגוֹרוֹד שאליו הגיעו ברקוביץ' ומשפחתה; בטוּלצ'ין; בבלטה (Balta) שמדרום לבּוּג, ואחד קטן בין ברזובקה (Berezovca) לגולטה (Golta), קרוב לנהר בּוּג. העיר מוגילב שימשה תחנת מעבר, ורק מקצת היהודים הורשו להישאר בה. בכל עיירה רוכזו היהודים בשכונות או ברחובות שהוקצו להם. את מקצתם של אזורים אלה הקיפה גדר ואילו מקצתם עמדו בלא מחסום בינם ובין הסביבה הלא-יהודית; יהודים גם נמצאו בשולי קולחוזים וכפרים, בדרך כלל בדירי חזירים ריקים וברפתות נטושות. בלשונם של השלטונות הרומניים היו מקומות הריכוז "מושבות" (קולוניות, Colonii), ויושב-ראש הוועד היהודי בכל גטו נקרא מפקד מושבה או ראש מושבה (Sef de Colonie). כך ביטאו הרומנים את התפיסה הרומנית שראתה בטרנסניסטריה יעד להתפשטות רומנית קולוניאליסטית עתידית. יהודים אחרים רוכזו במחנות עבודה לצורך משימה מסוימת ועל-פי-רוב הוצאו להורג בסיומה; בסך-הכל רוכזו היהודים בכ-200 נקודות ברחבי טרנסניסטריה. השלטון הרומני בחבל נערך למצב החדש וב-11 בנובמבר 1941 הוציא המושל אלכסיאנו את צו מספר 23 להסדרת שהותם הזמנית של היהודים בטרנסניסטריה. במסמך זה הודגש כי ישיבתם של היהודים בחבל אינה התיישבות קבע, וכי הצו חל על היהודים האוקראינים המקומיים ועל היהודים שגורשו מרומניה כאחד.
