בקיץ 1948 היה הרצוג לאיש מרכזי במודיעין הישראלי. הוא תאר בספרו את מי שעמד אז בראש הש"י: איסר בארי, גבוה ושתלטן. לכאורה היה שקט ושתקן אבל החזות הרוגעת שלו הוליכה רבים שולל. מאחוריה נחבאו קנאות וקיצוניות, תכונות שחיסלו יותר מאוחר את הקרירה שלו. ככל שהיה מקסים ומצודד הוא היה חסר מעצורים באופן בלתי רגיל. נטר שנאה וטיפח שנאה, צר אופקים וקשוח, רווי בפנאטיות חסרת-פשרות, ויש שהשוו אותו לאיש מודיעין סובייטי.

בן-גוריון בתמיכתו של היועץ המדיני ראובן שילוח, החליט לחולל רפורמה בכל מערכת המודיעין הישראלי. הוא הורה על פירוק הש"י ועל העברת הסמכויות שלו לגופים אחרים שהוקמו לאלתר. על כך כתב בן-גוריון ביומנו מיולי 1948: איסר והרצוג יעסקו במודיעין צבאי, קרבי, ביטחון הצבא וריגול נגדי, האזנה, צנזורה, פעולות מיוחדות. יהיה להם שירות מרכזי ושירותים בחטיבות צה"ל.

על הרצוג הוטל לתרגם החלטה זו, על סמך ניסיונו בצבא הבריטי, לנוהל מקצועי מוסדר ומודרני ובעיקר ליצור מציאות מודיעינית שבה ישראל לא תופתע לעולם. הרצוג הכין תוכנית לעבודת המודיעין והגישה לבן-גוריון. באותה עת גילה כי איסר בארי פיקד על יחידה סודית עוד מתקופת הש"י והוא הפעיל אותה ללא סמכות כלפי סוכנים או מרגלים ללא בדיקה מספקת וללא משפט ראוי. עובדה זו התבררה בעת שהתפוצצה "פרשת טוביאנסקי", עליה כתבנו בהרחבה בפוסט שפורסם לאחרונה בבלוג זה.

הרצוג קיבל למחלקת המודיעין את אנשי "המחלקה לערבית של הפלמ"ח" לשעבר, שהכירו היטב את אורח החיים של שבטי הבדואים בנגב. שניים מהם, נתגלו בעזה והוצאו להורג על-ידי המצרים ואחד הועלה לגרדום ברבת עמון.

באוגוסט 1948 פתח הרצוג קורס לקציני מודיעין ברמות השונות של צה"ל שכלל לימוד טכניקות חקירת שבויים, פענוח צילומי אויר, טיפול במסמכי אויב, מודיעין אווירי וימי ועוד. בינואר 1949 קודם הרצוג והיה לראש מחלקת המודיעין במטכ"ל. באותה התקופה אף ייעץ לראובן שילוח במהלכיו להקמת "המוסד".

במאי 1957 עבר הרצוג לשמש כראש המטה של פיקוד דרום. הפיקוד היה אחראי ל60 אחוז משטחה של ארץ-ישראל. בבאר שבע בירת הנגב, חיו אז כ-5,000 תושבים בלבד והנגב היה פרוץ מבחינה ביטחונית. שבטי הבדואים ראו בעיר מרכז כלכלי-חברתי והגיעו לשם ליום השוק מכל קצווי הנגב.

אילת ודימונה היו מקבצי צריפים ואוהלים ובבאר שבע דהרו הבדואים על סוסים וגמלים ברחובות. האזרחים תושבי העיר חגרו אקדחים ובעיר שררה אווירת "המערב הפרוע". בעקבות מבצע קדש שקטה פעילות המסתננים אך על הפיקוד היה להתכונן למצב בו כוח האו"ם יאבד את השלטה על הרצועה וזו תחזור לסורה.

הפיקוד נחלק לשלוש גזרות ובאר שבע הייתה תחת פיקודו של אלוף יקותיאל (קותי) אדם וכוחותיו כללו פלוגת חי"ר מורכבת ממתנדבים דרוזים. האלוף אדם הכיר את הנגב ומרחביו וזיהה מרחוק מסתננים או חבורת מבריחים בדואים. הוא עמד לקבל את ראשות המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים אלא שבשנת 1982 נהרג בעיצומה של מלחמת "שלום הגליל". המחסור בכוח אדם הוביל את הרצוג והצוות בפיקוד להקים יחידת סיור/קומנדו שתהיה כפופה לפיקוד ובעלת רמה מקצועית המותאמת לתנאי המדבר. ואכן בדרך זו הוקמה "סיירת שקד".

כנופיות מחבלים ופידאיון שוטטו בנגב המערבי והגיעו אף לקרבת באר-שבע. הם החלו לעקוב אחר תנועות צה"ל ולהטמין מוקשים. הפיקוד הקים יחידה של חיילים מובחרים שנעו לאורך הגבולות בעקבות גששים בדואים. הללו, בהסתמך על העקבות שהותירו המסתננים, יכלו לתאר בפני החיילים מי היה כאן, מתי, מה נשא על גבו, לאן פנה ומה היו מטרותיו.

"שקד" אף פעלה בשיתוף עם שבטים בדואים ידידותיים שהכירו את סודות המדבר. אחת הדמויות הבולטות של סיירת שקד היה עבד אל מג'יד שנודע בכינויו עמוס ירקוני. הוא היה קצין מצטיין שזכה בשלושה צל"שים ואיבד יד ורגל בקרבות. הוא הכשיר דור חדש של גששים שליוו את כוחות הפיקוד בסיוריהם לאורך גבולות מצרים וירדן. תוצאות פעילותה המוצלחת של היחידה הורגשו אט אט והחדירות העוינות מגבול מצריים וירדן ירדו עד למאוד.

הרצוג היה אחראי לשיפור הביטחון במרחב הפיקוד ובארגון והכנת הכוחות במקרה של מלחמה. פותח מערך משוכלל של גיוס מערך המילואים והועמקה הדאגה לביטחון השוטף של היישובים. הרצוג טיפל אישית ביחסים עם ראשי היישובים, עם התשתית התעשייתית באזור, בהרמת רמת המשמעת בפיקוד למגעים עם כוח החרום של האו"ם וליחסים עם השבטים הבדואים.

הייתה זו תקופת בראשית הרואית במרחבי הנגב. היה על הפיקוד לקיים מגעים עם עולים מכפרים בעירק, מהרים במרוקו, מערי תימן ואף עולים מרומניה. הפיקוד חש עצמו לא רק כמי שאחראי לביטחונם אלא כגוף היכול לשפר את חיי היום-יום של העולים בנגב.

כך למשל, שכנע הרצוג את הכנר אייזיק שטרן לתת קונצרט בפני יחידה של פיקוד דרום שהייתה מוצבת לאורך הגבול עם עזה. את הכנר הקיפו חיילים במדי קרב עם נשק בידיהם והייתה זו תמונה סוריאליסטית. משם נסע שטרן לבית החייל בבאר שבע והעניק לציבור ולחיילים שהתאספו שם קונצרט באיכות ועם כל הנשמה. הפיקוד בראשות הרצוג דאג להעניק לחיילים קורסים והרצאות על המזרח-התיכון, ולימד את החיילים העולים פרקים בהיסטוריה, באזרחות, בחקלאות וכמעט בכל נושא שהיה רלוונטי לחייהם.

הרצוג הוקסם מאורח החיים הבדואי במדבר. אולם היה עליו לפתור את בעיה ביטחונית חמורה: חדירת שבטי הבדואים מהדרום לצפון כדי להגיע לשטחי מרעה ומקורות מים. בדרך נדודים זו לא היססו לגנוב, לגזול ולפעמים אף לפתוח באש. לאחר שזיהה שהבעיה המרכזית היא מקור מים הציע הרצוג למתוח קו מים מהעיר הנבטית עבדת עד לשטחי המרעה בהר הנגב ובכך למנוע מכ-4,000 בדואים מה הנגב לנדוד צפונה.

ההצעה לא התקבלה ועל הפיקוד היה להמשיך ולחפש דרכים חדשות כדי למנוע את תנועת העדרים על שדות החקלאים בנגב הצפוני. החשש הגדול היה שמתוקף היותם מחזיקים תעודת זהות מצרית עלולים להפעיל אותם "כסוכני מודיעין" ולגרום נזק רב לצה"ל. תנועתם הוגבלה מאוד והביקורות עליהם ועל רכושם גברה. הפיקוד הקצה כוח רב כדי לחסום את דרכי ההברחה בין הבדואים במצרים לבדואים בירדן באמצעות סיירת שקד ויחידות הפיקוד שנעו על דרכי המסחר העתיקות בנגב.

כממלא-מקום אלוף הפיקוד הוזמן הרצוג לטקסי הסולחה וטקסים שבטיים אחרים כמייצג את השלטון והממשל הצבאי. הוא הוזמן ליטול חלק חשוב בטקס בו נערכה התוועדות גדולה של נכבדי השבטים לאחר מקרה רצח במגמה למנוע המשך נקמת דם. טקסים אלה ארכו שעות רבות ולוו בכירת בשר כבש על כל מרכיביה. הרצוג עמד בפני ברירה קשה - כשרות המזון ומצא דרך להסתדר עם הקושי. למד את מנהגי הקפה והשיחות האינסופיות והיה עד להדרת הנשים והילדים מאירועים אלה שזכו לפירורים רק לאחר שאחרון המוזמנים עזב.

בתוקף תפקידו התקרב לשיח' חמד אבו רביע (לימים חבר כנסת שנרצח) ואתו רכב פעמים רבות בשבילי המדבר וכן התקרב לשיח' שבט אל הוזייל שהתפרסם בחולשתו לנשים ולאורח החיים הנהנתני. ידידות זו הועילה להרצוג בהבנת המתרחש בקרב השבטים ובהשגת ידיעות חשובות.

על פיקוד דרום הוטלה משימת שמירת בטחונו של בן-גוריון עת ירד לקיבוץ שדה בוקר (לאחר שהתפטר ממשרת ראש הממשלה) בדצמבר 1953. הפיקוד הקצה את כוח האדם שליווה את בן-גוריון בצעידותיו וכן הציב סיורים ומארבים בנקודות רגישות. הרצוג הצטרף לבן-גוריון כמה פעמים לצעידתו הנמרצת וסיים אותה מזיע ומותש.

בהמשך דרכו הצבאית הדיפלומטית והמפלגתית ראה הרצוג בבן-גוריון מנהיג בעל עוצמה וחזון והלך אחריו ובדרכו בלא היסוס כלל. הרצוג כתב רבות על תפקידיו הצבאיים והממלכתיים בעברית ובאנגלית. בכמה מהם כמו: עם כלביא יקום (1983); מאריות גברו (1991); ובין קודש לחול (1992) הרחיב הרצוג על ניסיונו המודיעיני והצבאי בנגב.

בשנה בה שימש כמ"מ של אלוף פיקוד דרום נהנה הנגב משקט יחסי. מבצע סיני הרגיע מעט את המצרים ואת תנועות המסתננים שפסקו לזמן מה בחדירות. פעולות התגמול נפסקו וחוץ מתקרית אחת באפריל 1958, בה נהרגו שני דייגים אילתיים מאש ירדנית, לא אירעו תקריות ביטחוניות נוספות.

הרצוג שימש אם כן כראש המטה בפיקוד דרום ולאחר מכן כמ"מ אלוף הפיקוד בתקופה בה עסקו באימונים, ביצירת תשתית של משמעת מבצעית ובסיוע ביטחוני וקיומי להתיישבות החדשה בנגב. כקצין בצבא הבריטי, ייחס הרצוג חשיבות רבה להשגת מודיעין ולניתוחו המבצעי; למשמעת החיילית הנדרשת כדי להגיע מוכן היטב לקרב שמשמעותה הייתה החמרה בכל הנוגע למשטר אימונים, הופעה התנהגות ואורח חיים חיילי; ומתן חינוך ציוני-ערכי לחייל ובעיקר לחייל העולה החדש בצה"ל.

ביחסו לצבא המצרי, למודיעין שלו שפעל ברצועת עזה ולצבא ירדן אימץ את גישת בן-גוריון ודיין והניח שמטרתם של צבאות ערב היא לפתוח במלחמה ברגע הנוח להם. משום כך יש להתכונן ואף לפתוח בפעילות צבאית יזומה במידת הצורך. יחסו לשבטים הבדואים היה זהיר ואנושי. מחד-גיסא ראה בהם "חומר גלם אנושי" המנוצל כנגד צה"ל על-ידי הצבא המצרי והירדני תמורת תשלום לצורך פגיעה, מארבים, הטמנת מוקשים והשגת ידיעות.

מאידך-גיסא, ביקש להקל על תנאי החיים, לסייע בשנת הבצורת, להקל על תנועת העדרים לאזורי רעייה ואך חשב על דרכים לאספקת מים מרכזית. על-אף שבצה"ל ובמשרדי הממשלה החלו לגבש אז תוכנית לריכוז הבדואים בעיירות משלהם, לא היה הרצוג שותף לחשיבה זו ולא התפנה להציע

אלטרנטיבה "לממשל הצבאי" על מערכת החוקים הנוקשה והאיסורים הרבים שהטילו ראשיו על השבטים.