בשבועות הראשונים לנשיאותו עמל ממשל טראמפ על הכנת צו חדש, שמטרתו לקיים את הבטחת הקמפיין למלא את בית הכלא בגוואנטנמו ב"אנשים רעים". משרד ההגנה הוא שהונחה להעביר עצורים חדשים לבית הכלא, אולם שר ההגנה,
ג'יימס מאטיס, וראש ה-CIA,
מייק פומפאו, הכחישו את הדברים, וכך גם את הפרסום על-אודות הצו שקרא לבדוק פתיחת בתי כלא חשאיים של ה-CIA ברחבי העולם.
כעת הממשל האמריקני מנסה שוב. כפי שפורסם בניו-יורק טיימס, הממשל הקים קבוצה בין-משרדית כדי לבטל את החלטתו של
ברק אובמה לסגור את גוואנטנמו ולהתיר למאטיס להביא לשם עוד עצורים. לטענת וושינגטון פוסט, מדובר בטעות חמורה. השימוש בבית כלא זה גרם לנזק רב למוניטין של ארה"ב לאחר פיגועי 11 בספטמבר. צו חדש שיורה על הבאת עצורים לגואנטנמו, יביא לניכור מצד בעלות בריתה של ארה"ב.
הבאת לוחמי דאעש לבית הכלא, מזהיר העיתון, תגרום לשנים של התדיינות בנוגע להיקף סמכות הממשל במלחמה נגד הארגון. הפעילות בנושא הוכחה כאיטית ולא יעילה, ועלולה להביא למאסר אנשים בגוואנטנמו ללא משפט למשך שנים רבות. כך למשל, השופט בתיק התביעה נגד מחבלי 11 בספטמבר, עדיין לא קבע מועד לדיון.
לעומת זאת, לממשל יש הצלחות יחסיות בניהול משפטים נגד מחבלים במישור הפדרלי. ביולי האחרון הממשל העמיד לדין אדם החשוד כמגייס מחבלים של אל-קאעידה, לאחר שהוסגר לארה"ב. הוכחה נוספת ליכולת לקיים תביעות פדרליות, היא פסק דין שבו שופט פדרלי פסק לטובת הממשל האמריקני במקרה של אחמד אבו ח'טאלה שהשתתף בהתקפה על שגרירות ארה"ב בלוב. ח'טאלה נחקר על ספינה שעשתה דרכה לארה"ב כדי לקבל מידע מודיעיני, ורק לאחר מכן הוקראו לו זכויותיו כמו זכות השתיקה. לאחר שהוקראו לו זכויותיו, החלו בחקירה שוב עם צוות חדש של חוקרים, כדי לבסס תיק תביעה נגדו. בית המשפט, קבע כי בתיקים אלו לא ניתן להתעלם מהמודיעין שנאסף, שיכול להיות בעל ערך במניעת התקפות עתידיות.
המערכת רחוקה מלהיות מושלמת, כאשר בית המשפט רמז לכך שהממשל עלול לעמוד בפני מגבלות על היכולת לנהל חקירות ממושכות בלב ים. אולם, ניתן ללמוד ממקרה זה וממקרים אחרים, כי ארה"ב יכולה להילחם בטרור מבלי לשלב טעויות כמו מפרץ גוואנטנמו - מסכם העיתון.