נציב תלונות הציבור על שופטים, אליעזר ריבלין, קבע לפני חודשיים, כי הרב יוסף התערב במארס השנה בצורה גלויה לטובתו של הרב יצחק לוי בבחירות לרב העיר נשר, ובכך הפר את החובות האתיות החלות עליו. "מדובר בהתערבות גלויה בהליך בחירה, בפעולות שתדלנות ובפעילות אקטיבית פסולה מצד הדיין למען בחירתו של מועמד למשרה ציבורית", קבע ריבלין.

הרב יוסף התערב כאשר ההתמודדות על רבנות העיר נשר לא הוכרעה בעקבות שוויון קולות בהצבעה על המועמדים. ימים אחדים לפני סבב ההצבעה השני, הזמין הרב יוסף לשיחות אישיות את חברי האסיפה הבוחרת, בנוכחותם של הרב לוי ויועצו של השר אריה דרעי, והפציר בהם לתמוך ברב לוי. לאחר הבחירות התגאה הרב יוסף בפומבי, כי הפך את דעתם של מרבית חברי האסיפה הבוחרת (למעט אחד, חובש כיפה סרוגה ש"לא רצה לשמוע בכלל"). בנוסף לכל, מהחלטתו של ריבלין עלה שגרסתו העובדתית של הרב יוסף בתגובה לתלונה עליו לא הייתה אמת.

בג"ץ אסר במארס השנה על בית הדין הרבני הגדול לדון מחדש ב"גט מצפת" וקבע, כי החלטתו של הרב יוסף לדון מחדש בגט - ניתנה בחוסר סמכות ודינה להתבטל. התנהלותו של הרב יוסף בכל הפרשה הזאת הייתה חריגה, ועמדה הן בניגוד לסדרי הדין והן בניגוד להלכה.

תזכורת: האישה בה מדובר קיבלה את הגט בשנת 2014, שבע שנים לאחר שבעלה שקע בתרדמת בעקבות תאונה. בית הדין הרבני, בראשות הרב אוריאל לביא, קבע במאי 2014, כי הוא יכול להעניק את הגט בשמו של הבעל, שכן אין ספק שחיי הנישואין הגיעו לסיומם. פסק דין זה עורר זעם בחוגים חרדיים ומנע את מינויו של הרב לביא לבית הדין הרבני הגדול. ביוני 2014 פנה לבית הדין הרבני הגדול אדם שאין לו כל קשר לתיק ולצדדים, והגיש ערעור על פסק הדין. בנובמבר 2016 החליט הרב יוסף לדון בערעור בהרכב של 11 דיינים. עוד הורה לזמן לדיון את ההרכב בראשותו של הרב לביא.

בג"ץ הזכיר, כי רק מי שהיה צד לתיק המקורי יכול לערער עליו – וכאן נענה הרב יוסף לבקשתו של אדם זר לחלוטין, שאין לו כל קשר לסיפור. השופט אליקים רובינשטיין ציין, כי מניעיו של אותו אדם נותרו עלומים. ואילו החלטתו של הרב יוסף עוררה שורה של תהיות במישור הפרוצדורלי: מדוע נקבע הרכב מורחב לראשונה בתולדות בית הדין, מדוע הוזמנו דייני בית הדין האזורי ומדוע הרב יוסף העמיד עצמו בראש ההרכב לאחר שנתן חוות דעת נגד הגט.

בנובמבר 2015 התחוללה מהומה בשיעורו השבועי של הרב יוסף. כמה בריונים ממשתתפי השיעור תקפו באלימות את רפי אוחנה ודוד טוויטו, טכנאי תחנת רדיו קול ברמה, שהגיעו להעביר בשידור חי את השיעור ופגעו בציוד. הרב יוסף לא את התקיפה ואף תקף את המותקפים. הרקע לתקיפה היה הנסיונות למנוע מהתחנה, שאינה מזוהה עוד עם ש"ס, להעביר את השיעור למאזיניה.

הרב בניהו שמואלי, אשר מסר את השיעור המקדים, קרא לניצים להיות בשקט, אבל אז אמר לו הרב יוסף: "שנה שלמה הם עצרו את השידור. עכשיו באו להפריע. קול ברמה, רשעים מרושעים. תראה, זה תורה דרבים. שנה שלמה לא העבירו את השיעור שלי. החרימו את השיעור שלי שנה שלמה, עכשיו באים להפריע פה. איזה חוצפה, איזה חוצפה. זה צבי עמר זה הרשע הזה מצרפת. רשע גדול. הוא ואריאל אדרי רשעים גמורים אלה. נו מספיק, רבותי, באתם פה להפריע. די. די. חצופים".

את הדברים יש לראות על-רקע בחישתו של הרב יוסף – בעל מעמד מקביל לזה של נשיא בית משפט – בתחרות בין ערוצי הרדיו החרדיים. הוא בירך את הנהלת תחנות רשת מורשת ורדיו קול חי שהעבירו בשידור חי את שיעורו, וקבע ש"אין רשות לאף רדיו לשדר את השיעור ללא אישורי. ובלאו הכי שומר נפשו ירחיק עצמו מהאזנה לכלי תקשורת שאינם נשמעים לגדולי ישראל" – דהיינו קול ברמה.

התנועה לאיכות השלטון פנתה ערב הבחירות האחרונות ליו"ר ועדת הבחירות המרכזית, סלים ג'ובראן, בטענה שהרב יוסף קרא כמעט במפורש להצביע בעד ש"ס. היועץ המשפטי לממשלה דאז, יהודה וינשטיין, קבע שההתבטאויות שתוארו בעתירה עלו לכדי תעמולה אסורה, אולם "חזקה על הרב יוסף כי יימנע בעתיד מלקחת חלק בתעמולת בחירות". לנוכח קביעה זו, דחה ג'ובראן את התלונה. אבל הקביעה העובדתית ברורה: הרב הראשי ניהל תעמולת בחירות לטובת המפלגה שהביאה אותו לתפקיד.

זו הייתה כנראה ההתבטאות החמורה ביותר של רב ראשי אי-פעם: הרב יוסף האשים את היהודים העולים להר-הבית בהסלמה הביטחונית ובאחריות לפיגועים המבצעים מחבלים פלשתינים". בהלוויתו של שלום בעדני, שנרצח בפיגוע דריסה בירושלים, אמר הרב יוסף: "עלייה להר-הבית היא עבירה חמורה שעונשה מיתה בידי שמים. רבנים שמתירים זאת הם רבנים מליגה ד' ואי-אפשר שהם יחלקו על גדולי ישראל". לדברי הרב יוסף, היהודים העולים להר-הבית מתסיסים את הערבים ומוסיפים שמן למדורה. "מכאן תצא הקריאה להפסיק את הדבר הזה. צריך להפסיק את הדבר הזה. רק כך יפסיק להישפך דם של עם ישראל", אמר.

בעתירה שהוגשה לבג"ץ בשנת 2015 נטען, כי הרב יוסף התערב אישית בניסיון להבטיח הקצאת קרקע בפרדס חנה לעמותת "אור הפרדס" בראשה עומד עוזרו. זאת, בעוד המחלוקת על הקרקע תלויה ועומדת בבתי המשפט, ואף קיימת החלטה שיפוטית לפיה נציגת זרם החינוך שלש"ס ביישוב היא עמותה אחרת.

לשכתו של הרב יוסף הכחישה את הדברים: "האירועים המתוארים בעתירה הם פרי דמיונו הקודח של העותר. כל אדם יכול לטעון בעתירה ככל העולה על רוחו, ללא כל צורך בביסוס עובדתי". הדברים לא הגיעו להכרעה שיפוטית, שכן בג"ץ קבע שהיא מוקדמת מדי. לצד זאת ציינו השופטים אסתר חיות, עוזי פוגלמן וצבי זילברטל:

"השתלשלות העניינים המתוארת בעתירה מעוררת לכאורה תהיות לא מעטות. העותרת מבקשת עוד משלהי שנות התשעים של המאה הקודמת כי יוקצו לה מקרקעין בתחומי המועצה. המועצה הכירה בזכותה של העותרת במסגרת ההחלטה הראשונה ושבה והכירה בזכותה להקצאת מקרקעין בהחלטה השנייה, אך החלטות אלו בוטלו עם היבחרו של ראש המועצה הנוכחי במסגרת ההחלטה השלישית. יתרה מכך, המועצה התחייבה בפני בית משפט זה עוד בשנת 2001 כי תדון בבקשת ההקצאה של העותרת בתוך זמן סביר; אך לא כך נעשה.

"כעשור לאחר מכן, בשנת 2010, שב בא-כוח המועצה והצהיר בפני בית משפט זה כי הצעת העותרת להקצאת מקרקעין 'תיבחן לגופה תוך חודש ימים' ובפסק הדין נקבע כי 'יש להניח כי ההכרעה לגופה תתקבל בתוך זמן קצר וסביר'. אך גם לאחר הצהרה זו לא נעשה דבר ככל שהדבר נוגע לבקשת העותרת. לעומת זאת, בקשת אור הפרדס, הפעילה בתחומים המשיקים לפעילות העותרת, אושרה בהליך מהיר יחסית כמתואר לעיל והדברים בהחלט טעונים עיון וליבון".