עוסק אינו יכול לעשות דין לעצמו ולהמשיך להפעיל עסק, לאחר שהודיע על הקפאת פעילות העסק, תוך הנחה שעקב הודעת ההקפאה, נשללת סמכות מנהל מע"מ לבדוק את פעילות העסק ולמנוע ממנהל מע"מ להוציא שומות לעוסק.
אולם, למרות מגבלת התקופה לקיזוז מס תשומות בגין חשבוניות הוצאות, הרי שהתקופה שבה חשבוניות המס היו בידי מנהל מע"מ והעוסק לא יכול היה לקבלן, לא תיחשב במניין תקופת ההתיישנות, והוא יכול לקזז את המע"מ הכלול בהן, גם לאחר חלוף חמש שנים.
שופט בית המשפט המחוזי בתל אביב,
הרי קירש, הכריע (31.7.18)בעניין עוסק אשר עסק בביצוע עבודות אלומיניום. העוסק, בנלי טל, טען, כי תיקו במע"מ הוקפא ולכן אין למנהל מע"מ סמכות לערוך לו שומת מס עסקות לכל תקופה מעבר למועד הקפאת התיק במע"מ. כמו-כן טען טל, כי למרות שהיו חשבוניות מס שלא אותרו, הרי שאין להניח באופן אוטומטי שכולן הוצאו כחשבוניות מס בגין הכנסות, כי בהחלט ייתכן שהן נותרו בפנקס ללא שימוש.
עוד טען טל, כי יש להתיר לו ניכוי מס תשומות כנגד שומות מס העסקות. זאת, כאחוז ממחזור העסקות או בהתאם לחשבוניות מס, אשר הוחזקו על-ידי מס הכנסה ולא היו ברשותו ומס התשומות בגינן לא נוכה במועד החוקי מיום הוצאתן.
ביהמ"ש קבע, כי בקשה להקפאת תיק מע"מ או אף בקשה לסגירת תיק מע"מ, איננה יכולה למנוע עריכת שומות מס עסקות אם העסק ממשיך להוציא חשבוניות מס ללקוחותיו. בעניין החשבוניות החסרות בפנקסיו של טל פסק ביהמ"ש, כי אכן יש מקום להכיר באחוז קטן של "חשבוניות נפל". דהיינו: יש מקום לקבוע שומת מס עסקות בגין חשבוניות מס החסרות בפנקסים, אך לא בגין כולן.
מטעמי יעילות דיונית החליט ביהמ"ש לפסוק בעצמו בעניין התרת ניכוי מס התשומות כנגד שומות העסקות שהוצאו לטל, במקום להשיב את העניין לשלב ההשגה. סעיף 116(א) לחוק מע"מ מתיר למנהל מע"מ להאריך את המועד להכרה בתשומות עד לתקופה של חמש שנים. מאחר שמסמכי העסק הוחזקו ברשות המיסים ומפאת כך חלף הזמן המאפשר ניכוי מס התשומות, פסק ביהמ"ש, כי ניתן לראות את מניין התקופה לפי סעיף 116 לחוק - כמושהה במהלך תקופת החזקת המסמכים בידי רשות המיסים. בהתאם לכך, ביהמ"ש התיר ניכוי מס תשומות.
שימו לב, כי הארכת תקופת האפשרות לקיזוז מס התשומות מעבר לחמש שנים, תהיה כרוכה בנסיבות כל מקרה לגופו. העוסק יידרש להוכיח, כי פעל בשקידה הראויה כדי לקבל גישה למסמכיו המוחזקים אצל אחרים. לכן, מומלץ לשמור עותק של מסמכי החשבונות במקביל למסירתם לבדיקת רשויות המס, או לפחות להראות מכתבי דרישה לקבלת עותקים של המסמכים לאחר שנלקחו.
