בשנים האחרונות גוברות הטענות נגד העלות הגבוהה של מסעות הזיכרון לפולין, המביאות לכך שבני נוער רבים אינם יכולים להשתתף בהם. כעת נכנס לתמונה גם
מבקר המדינה, הקובע שהטענות מוצדקות.
מדי שנה נוסעים לפולין 25,000 בני נוער, בעלות כוללת של 162 מיליון שקל (נכון ל-2009), דהיינו כ-6,500 שקל בממוצע לכל משתתף. 90% מהמימון מספקים ההורים.
לפני שהוא נוגע בצד הכספי של המסעות, מעיר המבקר על הצד החינוכי: "מאז החלו המסעות מתקיים בחברה הישראלית דיון ציבורי בעניינם שבמסגרתו עולות שאלות מהותיות לגבי נחיצותו. למתנגדים ולתומכים טיעונים אידיאולוגיים, חינוכיים, ערכיים, מוסריים וכלכליים. סוגיות אלה לא נידונו בדיון מעמיק בהנהלת משרד החינוך, ובמשך השנים היא לא גיבשה מדיניות בעניינן.
"מן ההתחלה התקיימו המסעות בעיקר לפולין, ומסוף שנת 2004 המשרד אינו מאפשר ביקור במדינות נוספות. השאלה מדוע המסעות מתקיימים דווקא לפולין ולא לגרמניה או למדינות אחרות שגם על אדמתן התרחשה השואה צפה ועלתה פעמים רבות. הגבלת המסעות לפולין בלבד עוררה לא אחת הסתייגויות, ולמשרד היו הצעות למסעות למדינות אחרות. חרף זאת לא בחן המשרד אפשרות לקיום מסעות ליעדים אחרים".
הצד הכספי בא לידי ביטוי בנתון סטטיסטי יבש: ככל שהרמה הסוציו-אקונומית של בית הספר גבוהה יותר, כך גדל הסיכוי שתלמידיו יסעו לפולין. המבקר בחן נקודה זו באמצעות "מדד הטיפוח" של משרד החינוך, המשמש להקצאת משאביו, ומצא שכשני שלישים מן המשלחות הן בשליש העליון של קבוצות הטיפוח.
הסיבות לאי-השתתפות תלמידים במסע לפולין יכולות להיות כספיות, נפשיות או אידיאולוגיות, אי-מודעות לו או אי-כלילת ההשתתפות במסע בסדר העדיפות של התלמיד או של הוריו. המשרד לא בדק מהן הסיבות לאי-השתתפות תלמידים במסע ואין הוא יודע אם התשלום הוא החסם העיקרי לכך.
בפרק ההמלצות אומר המבקר, כי על הנהלת משרד החינוך לבדוק אם מטרות המסע הושגו ולבחון אותן לאור התמורות הרבות שהתחוללו בחברה הישראלית ובאירופה. כמו-כן מוטלת עליו החובה לבחון מחדש את אתרי המסע ומסלוליו ואת הדרך המיטבית להנחלת זיכרון השואה.
על המשרד להכין מסד נתונים ממוחשב ובו כל המרכיבים הרלוונטיים למסעות, ומהם יוכל להפיק מידע שיסייע לו לאתר נקודות תורפה וכשלים הנוגעים להם, להסיק מסקנות ולתקן את הטעון תיקון.
ולבסוף: "חלק הארי של המסע ממומן בידי ההורים. תשלומים אלה האמירו מאוד בשנים האחרונות והם אינם שווים לכל נפש. על משרד החינוך לבדוק מהן הסיבות לאי-השתתפות תלמידים במסע ולדאוג ששיקולים כספיים לא ימנעו את השתתפותם בו".