תכיפות השינויים שבוצעו ביזמתה של הממשלה במהלך השנים בחוק לעידוד השקעות הון עלולה לגרום למשקיעים פוטנציאליים להימנע מהשקעות בארץ בשל קושי לתכנן מראש השקעות לטווח בינוני וארוך ומחמת תחושת חוסר יציבות. כך קובע (ג', 17.5.11)
מבקר המדינה.
ועדה בין-משרדית בראשות מנכ"ל האוצר, חיים שני, לבחינת מדיניות הטבות המס והמענקים הניתנים במסגרת החוק, הגיעה למסקנה דומה לזו שהועלתה במחקרים שונים שנעשו בשנים האחרונות: החוק הוא כלי סיוע אחד במכלול כלים לפיתוח הפריפריה, אך הוא אינו מביא להגשמת מטרתו. למרות זאת, קובע המבקר, הממשלה לא פעלה למינוף עבודת הוועדה באמצעות בחינת כלים אפקטיביים לקידום אזורי הפיתוח.
עוד נמצא כי מינהלת מרכז ההשקעות אינה מבצעת את כל התפקידים המוטלים עליה מכוח החוק ואינה משמשת גורם מקשר אפקטיבי בין המשקיעים לגורמי השלטון הנוגעים לביצוע ההשקעה. אף כי המרכז הוא גוף הנותן שירותים ליזמים, הוא לא פעל בשנים האחרונות להבהיר ולהנגיש את החוק, ולכן יזמים רבים מתקשים להגיש לו בקשות לאישור תוכניות השקעה בלי מתווכים.
ביולי 2010 היו במרכז ההשקעות 531 בקשות אשר הוגשו מאז 2002 וטרם הובאו לדיון. פרק הזמן הממוצע שחלף ממועד קליטת הבקשה ועד יולי 2010: כשלוש שנים. 364 מהבקשות שהמתינו לדיון הוגשו לפני 2009. בגלל פרק הזמן שחולף מהגשת הבקשה עד הדיון בה במינהלת מרכז ההשקעות היא עלולה להיות לא רלוונטית בעת הדיון בה. כמו-כן, ממרס 2006 ועד פברואר 2009 לא נדונו עררים שהוגשו על החלטות המינהלה, מאחר שלא מונתה ועדת ערר כנדרש על-פי החוק. באותה תקופה המתינו 13 מגישי עררים לדיון ועדת הערר בעניינם. מינואר 2000 עד ספטמבר 2010, מועד בדיקת המבקר, משך הזמן הממוצע מהגשת ערר עד לדיון בו היה 454 ימים.
סכום החובות של חברות אשר לא עמדו בתנאי כתב האישור ונדרשו להשיב לקופת המדינה את המענק שניתן להן, היה במועד סיום הביקורת כ-2.7 מיליארד ש"ח. עיקר החוב לקופת המדינה הוא חוב אבוד, מאחר שרבות מאותן חברות מצויות בשלבים של הליכי פירוק, והסיכוי לגבות מהן את המענקים קטן.
לדעת המבקר, ראוי שוועדה המוקמת לבחינת מנגנון ההטבות הניתנות במסגרת החוק תבחן את מכלול ההיבטים הנוגעים ליישומו כדי שלא יהיה צורך בהקמת ועדות נוספות כפי שאירע כמה פעמים בשנים האחרונות. ועדת שני, שהוקמה ב-2010, לא נתנה המלצות הנוגעות למכלול ההיבטים הנדרשים להתאמת החוק למציאות הכלכלית, אף שדנה בכך.
עוד נקבע כי על מרכז ההשקעות לשפר השירות שהוא נותן ליזמים; להנגיש את החוק למשקיעים; לקצר את ההמתנה לדיון במינהלה ולקיים בקרה נאותה על עמידת החברות בתנאי החוק. על התמ"ת ועל האוצר לבחון תקופתית את השגת מטרותיו של החוק: הגדלת השקעות על-ידי יזמים, הגדלת התעסוקה בכלל ובאזורי פריפריה בפרט ופיתוח המשק מהבחינה הכלכלית, תוך שמירה על הצורך של המשקיעים בוודאות וביציבות.