ביוני 2007 החליט דירקטוריון מפעל הפיס לאשר הסכם שגובש במסגרת הליך גישור בפני השופט העליון בדימוס,
יצחק זמיר, שהתקיים בין הפיס לבין חברת אקוטק מערכות כלכליות ובעליה - יו"ר הפיס לשעבר,
גדעון גדות, וסמנכ"לית הפיס לשעבר, רחל גואטה - בעניין תביעה שהגישה אקוטק נגד הפיס בגין הפרה לכאורה של זכויות פטנט שבבעלותה.
על-פי ההסכם, ישלם הפיס לאקוטק ולבעליה 4.2 מיליון דולר תמורת קבלת פטנט שבבעלות החברה - "שיטת משחק של משחקי מזל באמצעות האינטרנט", ותמורת זכויות על המצאה אחרת שלגביה הגישו בעלי אקוטק בקשה לרישום פטנט - "מכונת מזל הנשלטת מרחוק".
בנובמבר 2004 הגיש בא-כוח הפיס בתביעת אקוטק, עורך דין חיצוני המתמחה בתחום קניין רוחני, פטנטים וזכויות יוצרים, חוות דעת ולפיה סיכויי ההצלחה של תביעת אקוטק עומדים על 15% בלבד ויש סבירות גבוהה שטענתה תידחה בבית המשפט. לאור זאת, אומר המבקר, היה על הדירקטוריון לקבוע סכום מירבי שהפיס יהיה מוכן לשלם לאקוטק, דבר שלא עשה.
בידי הפיס הייתה התחייבות חוזית של הספק (שעשה את השימוש בפועל בפטנט הנטען של אקוטק) לשיפוי מלא ולהתגוננות כלפי כל תביעה שתוגש כנגד הפיס. אף על-פי כן החליט הדירקטוריון לקבל ממנו שיפוי חלקי ביותר - 500,000 דולר בלבד. זוהי החלטה משמעותית המשקפת ויתור על מימוש זכות חוזית ברורה. החלטת הדירקטוריון לא הייתה מושתתת על חוות דעת משפטית מקיפה ומפורטת ולא הוצגו לו כל השיקולים שלפיהם החליטה הנהלת הפיס לקבל את הצעת הספק.
באוגוסט 2007 הושג הסכם פשרה בעניין אחר הנוגע לפיס: עתירה שהגישו לבג"ץ באוגוסט 2005 שלושה בכירים לשעבר במפעל - גדות, גואטה ואליצור גורן, מנכ"ל הפיס לשעבר, בעקבות תביעת הפיס בבית הדין לעבודה להפחית את ההטבות שניתנו להם במסגרת תנאי פרישתם.
בית הדין קיבל את תביעת הפיס ופסק, כי שיעור הפנסיה של שלושת הבכירים לשעבר יופחת, וכי הם ישיבו לפיס כספים עודפים שקיבלו. הבכירים ערערו על פסק הדין בבית הדין הארצי. בדצמבר 2004, בעת שהערעור היה תלוי ועומד, החל הליך גישור בין אותם בכירים ובין הפיס, כדי להגיע להסדר בנוגע לשינוי תנאי פרישתם. הגישור הופסק במרס 2005, וכעבור שלושה חודשים דחה בית הדין הארצי את הערעור. השלושה עתרו לבג"ץ, המו"מ חודש והסכם הושג כאמור באוגוסט 2007.
לפי ההסכם, הופחתו במידה ניכרת סכומי ההשבה ששלושת הבכירים לשעבר חויבו להשיב לפיס בעקבות פסיקת בתי הדין לעבודה והם אף נפרסו (לאחר שחלק מהם שולם באופן מידי) ל-120 תשלומים חודשיים (גורן וגדות) ול-180 תשלומים חודשיים (גואטה). ההסכם אושר בידי הפרקליטות והיועץ המשפטי לממשלה, ונומק בין היתר במצבם האישי והכלכלי של שלושת הבכירים.
גדות החזיר לפיס 2 מיליון שקל בלבד, במקום 6.4 מיליון שקל שקבע בית הדין; גואטה החזירה 1.6 מיליון שקל, לעומת 4.3 מיליון שקל שקבע בית הדין; ואילו גורן החזיר רק 1.4 מיליון שקל, בעוד בית הדין חייב אותו להחזיר 4 מיליון שקל.
הפיס ונושאי התפקידים בו שהיו מעורבים בפעילותו בנוגע לשתי התביעות האמורות או היו ערים לפעילות זו (יו"ר הדירקטוריון דאז, שמעון כצנלסון, המנכ"ל שאול סוטניק ומזכיר הפיס, עו"ד רוני כהן) לא דיווחו לבא כוח הפיס בתביעה נגד שלושת הבכירים, לפרקליטות וליועמ"ש לממשלה על פרטי ההליך המקביל (תביעת אקוטק) והתקדמות הטיפול בו. במילים אחרות: בידו האחת שילם הפיס 4.2 מיליון שקל - ובידו השנייה ויתר על מיליוני שקלים בנימוק שלאותם אנשים עצמם אין כסף לשלם לו.
המבקר מוסיף, כי סוטניק עבד תחת גדות כאשר זה שימש כמנכ"ל, ויש ביניהם היכרות רבת שנים וגדות הוא שהביא את סוטניק לפיס. ואולם, סוטניק לא דיווח למוסדות הפיס על קשר זה, למרות שההיכרות הייתה עלולה להשפיע על מעורבותו במו"מ עם אקוטק ובתביעה נגד שלושת הבכירים.
המבקר מסכם: "הליקויים החמורים שהועלו בדוח ביקורת זה בעניין פעולות הפיס במסגרת התביעות האמורות, השתלבותן על רצף הזמן והעובדה כי אותם נושאי תפקידים במפעל היו ערים או למצער צריכים היו להיות ערים לשתי התביעות שהתנהלו במקביל, מעלים חשש של ממש בדבר טיב הטיפול של הפיס בתביעות אלה.
"...המנכ"ל, שאול סוטניק, המזכיר, עו"ד רוני כהן (וכן יו"ר הדירקטוריון לשעבר, שמעון כצנלסון, שפרש בינתיים), הם נושאי משרה החבים חובת נאמנות כלפי הפיס וכלפי הציבור, שכספיו מופקדים בנאמנות בידי הפיס. בעקבות הממצאים שהועלו בדוח זה מתעורר החשש, כי נושאי משרה אלו לא מילאו את חובתם זו. לדעת משרד
מבקר המדינה, ממצאי דוח זה מחייבים את מוסדות הפיס לבחון את מידת האחריות האישית של נושאי התפקידים המכהנים, כל אחד בהתאם להיקף תפקידו וסמכויותיו, להסיק את המסקנות ולנקוט צעדים ככל שיידרש".
ברמה העקרונית, קורא המבקר להחיל על מפעל הפיס את הנורמות הציבוריות הראויות ולהרחיב את הפיקוח עליו מצד משרד האוצר.
