שר החוץ לשעבר, אביגדור ליברמן, היה מעורב במישרין במינויו של זאב בן-אריה לשגריר ישראל בלטביה. כך קובע הנוסח המתוקן של כתב האישום נגד ליברמן, אותו שלח (יום ה', 27.12.12) היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, ליו"ר הכנסת, ראובן ריבלין. הפרקליטות הודיעה, כי כתב האישום יוגש לבית משפט השלום בירושלים ב-30.12.12.

סעיף האישום נגד ליברמן נותר בעינו - מירמה והפרת אמונים. עם זאת, התיאור העובדתי בכתב האישום מתאר פעילות חמורה יותר של ליברמן, וככל הנראה הוא מבוסס על עדותו של סגן שר החוץ, דני איילון (אותו הדיח ליברמן מרשימת ישראל ביתנו לכנסת ה-19) והמופיע ברשימת העדים.

בן-אריה היה שגריר ישראל בבלארוס, קיבל במסגרת תפקידו בקשה לחיקור דין בפרשת ליברמן וכעבור שמונה חודשים (באוקטובר 2008) סיפר על כך לליברמן. לאחר סיום תפקידו בבלארוס, מונה בן-אריה בידי ליברמן לעובד במטה המדיני שלו. באוקטובר 2009 הביע בן-אריה בפני ליברמן את רצונו להתמנות לשגריר בלטביה.

על-פי כתב האישום המעודכן, ליברמן זימן אליו את איילון - שעמד בראש ועדת המינויים של משרד החוץ למינוי ראשי נציגויות בחו"ל - ואמר לו שיש למנות את בן-אריה לתפקיד בנימוק שהוא המועמד המתאים ביותר. לטענת המדינה, איילון לא הכיר בצורה ממשית את בן-אריה, אך פעל על יסוד הנחייתו של ליברמן ופעל להעדפתו של בן-אריה מבין עשרת המועמדים לתפקיד.

בשאר חלקי כתב האישום אין שינוי לעומת הנוסח המקורי שהוגש לפני שבועיים. המדינה אומרת, כי ליברמן היה חייב לדווח לחברי ועדת המינויים ולאיילון על מעשיו הפסולים של בן-אריה בזמן כהונתו בבלארוס, ומאוחר יותר - לדווח על כך לוועדת השרים למינויים בשירות החוץ ולממשלה. משלא עשה זאת, טוענת המדינה, הוא ביצע עבירה של מירמה והפרת אמונים.

וינשטיין וסניגורו של ליברמן, עו"ד גיורא אדרת, דנו לפני עשרה ימים באפשרות של הסדר טיעון בתיק, אך דרישתו של וינשטיין לכך שייקבע שבמעשיו של ליברמן היה קלון - מנעה השגת הסדר. ליברמן מעוניין שמשפטו יתקיים ויסתיים לפני הבחירות, או לכל המאוחר לפני הקמת הממשלה הבאה, אך הדבר מותנה בהשגת הסדר טיעון או לכל הפחות הסדר דיוני. הסיכוי לכך התמעט לנוכח הרחבת החזית העובדתית בכתב האישום המתוקן.