פקודת המס מעניקה סמכות לרשות המיסים לחייב נישומים בניהול פנקסי חשבונות של הכנסתם הנובעת מעסק או ממשלח יד. הפקודה כוללת הוראות בנוגע לצעדים מינהליים וצעדי ענישה שיש לנקוט כלפי מי שאינו מנהל פנקסים כנדרש, ואכן, בשנת 2012 כ-450,000 עצמאים וכ-190,000 חברות היו חייבים לנהל פנקסי חשבונות.
עם זאת, דוח
מבקר המדינה 63ג מוצא (יום ג', 15.10.13) כי שנה קודם לכן, ב-2011, מבין כ-30,000 ביקורות על ניהול פנקסי חשבונות שערכה הרשות, רבות בוצעו אצל נישומים בעלי עסקים קטנים, שעריכת השומות בתיקיהם אינה מוסיפה הכנסות של ממש לקופת המדינה. עוד נמצא, כי יחידת המטה ברשות לא פיקחה על ביצוע תוכנית העבודה בידי משרדי השומה.
עוד מצא המבקר, כי הרשות אינה יוזמת ביקורות על ניהול פנקסי חשבונות בענפים ובמקומות הפועלים בעיקר בסופי שבוע, אף על-פי שביקורות שנעשו בסופי שבוע העלו ממצאים בשיעור גדול יותר מביקורות שנעשו בימי חול.
בשנים האחרונות, נמצא עוד, חלה ירידה הדרגתית ומתמשכת במספר העובדים ביחידות הביקורת על ניהול הפנקסים, וחלקם הועסקו גם בתפקידים אחרים; כתוצאה מכך, חלה ירידה משמעותית במספר הביקורות הנערכות בשנה, מכ-100,000 ביקורות בשנת 1995 לכ-30,000 ביקורות, כאמור, בשנת 2011; זאת לעומת עלייה במספר החייבים בניהול פנקסי חשבונות, מכ-359,000 לכ-640,000 בהתאמה. במצב זה, ברור כי רבים יפלו מתחת לרדאר.
אם כבר נתפס נישום בעבירה, נמצא כי הרשות לא קבעה פרק זמן מרבי שבו על פקיד השומה להחליט בעניין טענות הנישום במקרים שבהם קבעה כי פנקסיו אינם קבילים. פעמים רבות חלפו חודשים, ובכמה אף יותר משנה עד קבלת ההחלטה.
עד 2012 ל-37% מהנישומים (העצמאים) שנתפסו ב-2008 באי-רישום תקבול או אי-ניהול פנקסי חשבונות לא בוצעו שומות והן הפכו לסופיות וממילא לא הופעלו נגדם הסנקציות. יחידות השומה, בעת עריכות השומות, לא הקפידו להפעיל את הסנקציות שנקבעו בפקודה לגבי נישומים שפנקסיהם נקבעו בלתי קבילים.
