עיון בפקודות המטה הארצי של המשטרה מעלה כי השוטרים המעורבים פעלו בניגוד לנהלי איתור נעדרים. כך למשל נקבע כי בין הנעדרים שיש לטפל בעניינם באופן מיידי נמצא כל אדם שקיימת סכנה לחייו. זאת, בניגוד לאנשים בין הגילאים 13 ל-70 שלא נשקפת סכנה מיידית לחייהם.

האחריות לאיתור הנעדרים בשטחי יהודה והשומרון, שבהם נחטפו גיל-עד שער, אייל יפרח ונפתלי פרנקל, מוטלת גם היא על המשטרה. "משטרת ישראל אחראית לחקירת מקרי היעדרות של אזרחים, לרבות נעדרים נתינים זרים השוהים בישראל, בכל שטח מדינת ישראל - תחומי הקו הירוק, הממשל הצבאי ורמת הגולן", נכתב בפקודות.

עוד קובעות הפקודות כי במקרה שבו סווג הנעדר כ'נעדר לטיפול מיידי' תתחיל היחידה בחקירת ההיעדרות במהירות המרבית, לרבות ביצוע סריקות וחיפושים. כאמור, אומנם סיור נשלח לבדוק את הקריאה, אך גם זה נעשה באיחור. כמו-כן, לא פתחה המשטרה בסריקות לאיתור החטופים עד לאחר שהועבר הנושא לידיעת צה"ל, בשעה 03:00 לפנות בוקר.

עיון נוסף בפקודות המטה הארצי הנוגעות לטיפול בנעדרים מעלה כי מדובר בפקודות ארכאיות למדי, שלא עודכנו כבר 17 שנה. התאריך האחרון שבו עודכנו הפקודות הללו היה ב-1 באוקטובר 1997. פרט זה מסביר מדוע לאורך מסמך הפקודות כולו מצויות פקודות הקובעות כי על המשטרה לשלוח מברקים על-אודות פרטי ההיעדרות. זאת, למרות ששיטת הודעות זו כבר עברה מן העולם עם ההתקדמות הטכנולוגית.

גם אם ניתן יהיה לטעון שהודעות דואר אלקטרוני הן שוות ערך למברק ושבשל כך קובץ הפקודות עדיין רלוונטי - הרי שבמקרה של שלושת החטופים לא נעשו פעולות נוספות המתחייבות בשל חומרת המקרה. כך למשל לא התקיימה הפקודה "אם החליט הקצין הממונה כי יש צורך בטיפול דחוף של חוליית נעדרים, תועבר הבקשה במברק מיידי לראש חוליית נעדרים". עוד נקבע כי אם חרף כל החיפושים לא נמצא הנעדר - אמור קצין אגף החקירות המרחבי להחליט על אופן המשך החקירה. כמובן שבמקרה שאירע ביום חמישי לא התקבלה כל החלטה שכזו.

הודעה לקצין אגף החקירות המרחבי אמורה הייתה לעבור מייד עם הגעת הדיווח הראשון על החטיפה, בשעה 22:25 בקירוב. זאת על-פי הפקודה הקובעת כי "אם במהלך חקירת ההיעדרות יעלה חשד שקיימת סכנה לחיי הנעדר או כי היעדרותו נובעת מעבירה פלילית או פח"ע [פיגוע חבלני עוין, א.ו.] יעביר הקצין הממונה דיווח מיידי לקצין אגף חקירות המרחבי וזה ישקול הקמת צוות חקירה מיוחד לטיפול באירוע".

ובינתיים, כ-67 שעות לאחר שנחטפו שלושת הנערים, שב המפקח הכללי של המשטרה, רב-ניצב יוחנן דנינו, מביקור בארצות הברית.

הערב התייחס דנינו למחדל ואמר: "אתם מכירים אותי ואת משטרת ישראל. לא נשאיר שום דבר שמחייב בדיקה ולא נעשה את זה. אבל בעת ובזמן הנכונים. כרגע תפקידנו להגיע לנערים האלה. לדבריו, "מרגע שזוהה האירוע עשינו כל מה שצריך". מיד לאחר מסירת ההודעה חמק המפכ"ל מלהשיב לשאלות העיתונאים.

דנינו טס לארצות הברית על-מנת להשתתף שם בכינוס מפכ"לים שהחל היום. הוא הגיע לשם בסוף השבוע שעבר אך למרות הדיווחים על-אודות החטיפה לא שב מייד לארץ.

קצינים בכירים בצה"ל ובמשטרה מתחו ביקורת חריפה על שיקול הדעת של דנינו וציינו כי הוא היה צריך להבין את גודל האירוע, לקטוע את ביקורו בארצות הברית ולשוב מייד לארץ.

מאז יום שישי בבוקר נמצאת המשטרה - על כוחותיה הרבים לרבות משמר הגבול וימ"ם - בפעילות לאיתור החטופים. מדוברות המשטרה נמסר כי דנינו מתעדכן כל העת על הנעשה וכי סגנו, ניצב ניסים מור, מפקד על הפעילות.

רק אתמול, יותר מיממה לאחר שפרץ המשבר, הודיע דובר המשטרה כי דנינו מקדים את שובו לארץ. "הנסיעה תוכננה מראש ועם הגעתו לארה״ב, בהיוודע דבר האירוע הודיע המפכ"ל על חזרתו ארצה, תוך שהוא מעודכן באופן רציף. המפכ"ל צפוי להגיע ארצה אחר-הצהריים ומיד יקיים הערכת מצב בראשותו", לשון הודעת דובר המשטרה.

לפנות ערב שב השר לביטחון הפנים, יצחק אהרונוביץ', ודחה את ההאשמות כלפי המשטרה. "לא הייתי ממהר לומר את המילה מחדל. צריך להתנהג באחריות", אמר. הוא סירב לומר מה נשמע בקלטת.