משרד התחבורה, עיריית ירושלים וצוות תוכנית אב לתחבורה הפועל מטעמה לא אישרו נוהל לנושא ההיערכות לפעולה במצבים של השבתה חלקית או מלאה של הרכבת הקלה, ולא תורגלה הפעלתם של אמצעי תחבורה חלופיים של אגד. הדבר הפך לקריטי עקב המהומות בשועפט וההשבתות היומיומיות של הקו. כך קובע (יום ד', 29.10.14)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
המחלוקות הבלתי פוסקות והעברת נושאים רבים לבוררות מעידות על ניהול בסיסי לקוי של כל מערכת ההסכמים של המינהלה עם סיטיפס ועל מערכת יחסים לקויה ביניהם, דבר המצריך תיקון ללא דיחוי. לדעת המבקר, היה על המדינה להפריד בין המחלוקות המשפטיות למחלוקות המקצועיות; ובתחומים שאינם משפטיים, מן הראוי היה למצות הליך מקצועי מקדים ליישוב המחלוקות עם הזכיין.
כתב News1 מציין כי כתוצאה מהלך-רוחות זה, ובניגוד גמור ליתר מפעילות התחבורה הציבורית, נוצר מצב של חומה בצורה בין סיטיפס והציבור. ערוץ התקשורת בין המפעילה לציבור הוא חד-כיווני - מסיטיפס לציבור. יש קושי רב להגיע לגורמים בחברה ואפילו לדובר שלה, עזאל ותיק, שזהו תפקידו הישיר.
את תפעולו השוטף של מיזם הרכבת הקלה היה אמור לממן הזכיין סיטיפס. אולם בפועל, המדינה נאלצה להשתתף במימונו השוטף. לדעת משרד מבקר המדינה, המשך ניהול הפרויקט במתכונת זו אינו עולה בקנה אחד עם עקרונות פרויקט BOT.
ממרס 2012 ועד לסיום הביקורת, פעלה הרכבת הקלה במסגרת תוספות זמניות לחוזה, ובהן הסכימה המדינה שהזכיין יפעיל את הרכבת אף שלא עמד בכל הדרישות שנקבעו בחוזה, תוך העברת תשלומים נוספים והימנעות מלהטיל עליו את הסנקציות העומדות לרשותה. הדבר פגע ברמת השירות לנוסע. להתנהלות זו השפעה על מערכת היחסים ארוכת הטווח עם סיטיפס, אשר אמורה להפעיל את הרכבת הקלה בירושלים במשך 27 שנים. התנהלות זו היא גם דוגמה שלילית למפעילים אחרים של התחבורה הציבורית בבואם לנהל מו"מ עם המדינה כזכיינים.
סיטיפס מורכבת מחמש חברות, חלקן בתחום התשתיות ובתחום הרכבות וחלקן בתחום הפיננסי. ב-2008 כתב אגף החשכ"ל: "דומה היה כי ברמת הזכיין אין ניהול משותף וכי כל אחד ממרכיבי המשולש בקונסורציום פועל מתוך ראייתו הצרה בלבד. התפקיד אותו אמורים היו למלא אנשי הזכיין לא מולא, ובעצם הזכיין התנהל כמערכת של ישויות נפרדות ללא ראייה אינטגרטיבית אחת". ככל הידוע, כך זה עד היום. הזכיין קונקס לא מדבר כמעט עם סיטיפס הזכיינית ולהפך.
בימים אלה מבצעת המדינה פרויקט העתקת תשתיות הן בקצהו הדרומי והן בקצהו הצפוני של הקו לקראת הארכת הקו. גורמים המעורבים בפרויקט אומרים כי אין הידברות מספקת בין סיטיפס והמדינה בנושא זה, לא מהבחינה הטכנית ולא מהבחינה הפיננסית. זאת ועוד, המדינה לא הפיקה לקחים משלב א' בפרויקט וכעת חוזרת על אותן טעויות. אין ביצוע בראייה כוללת וכל קבלן מבצע את העבודה ללא תיאום, מה שעלול להביא שוב למצב של סגירה ופתיחה מחודשת של כבישים בכל קטע, כדי שבכל פעם קבלן אחר יניח איזה צינור או כבל.
נוסיף, כי כל מערכת ההעדפה ברמזורים אותה מזכיר המבקר בדוח אופיינה ותוכננה מראש בצורה בלתי מספקת ולא-שלמה. המערכת מתבססת על נוסחה הלוקחת בחשבון את מהירות הרכבת בכל קטע וקטע וזמן הגעת הרכבת לרמזור, תוך התבססות על מערכת חיישנים (מוני צירים) המזהים את מיקום הרכבת ביחס לרמזור. אולם המערכת אינה לוקחת בחשבון עיכובים בתחנות ושינויי מהירות תנועה כתוצאה מגורמים חיצוניים ועל כן פעמים רבות קורה שהרכבת מגיעה לרמזור באיחור של שניות בודדות והרמזור נסגר לפניה.
