27.5 מיליארד שקל לעשר שנים הקצתה המדינה כדי להקים תשתית לתחבורה יבשתית בין-עירונית מקריית שמונה ומנהריה בצפון ועד משאבי שדה ואילת בדרום במסגרת תוכנית "נתיבי ישראל"; כשני שלישים הוקצו להקמת מסילות וקווי רכבת והתארגנות לחשמול מערך הרכבות.
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, אומר (יום ד', 29.10.14), כי למרות החשיבות האסטרטגית של התוכנית, כבר מסתמן בחלק מהפרויקטים פיגור משמעותי בלוחות הזמנים. לכן, על משרדי הממשלה והחברות הממשלתיות לשנס מותניים ולפעול להגדלת קיבולת הרכבות באזור מרכז הארץ ולהשלמת הקמת קווי רכבת חדשים מאזורי הפריפריה למרכז הארץ.
גידול ניכר במספר הנוסעים ברכבות מצריך התארגנות בהתאם - הקמת מסילה רביעית במרכז הארץ, האמורה לאפשר הפעלת קווי רכבת נוספים, למנוע היווצרות "צוואר בקבוק", ולהגביר את תדירות קווי הרכבת הפועלים כיום, אך הליכי הקמתה נמשכים שנים רבות. על
משרד התחבורה לפעול בנחרצות לפתרון בעיה זו ללא דיחוי.
בתוכנית הגדירה הממשלה פרויקטים תחבורתיים שונים, חלקם לתכנון - כולל הכנת תוכנית מתאר ארצית משולבת לתחבורה יבשתית - וחלקם לביצוע, והטילה את האחריות לקידומם על חברות ממשלתיות ועל משרדי הממשלה.
בפרויקט חשמול מערך המסילות הארצי, מהפרויקטים התשתיתיים הגדולים ביותר ואשר נחשב לפרויקט הדגל של
רכבת ישראל, נמצאו ליקויים רבים, בייחוד בתכנון, באומדני העלויות ובלוחות הזמנים לביצועו. בסוף 2008 נדחה ביצועו של הפרויקט וחודש בתחילת 2010, דבר שהביא לפיגור גדול בלוחות הזמנים. אומדני העלויות שהציגה חברת הרכבת, לפני קבלת החלטת הממשלה בשנת 2010, היו נמוכים מאוד לעומת אומדני העלויות הנוכחיים. נכון למועד סיום הביקורת הפרויקט רחוק מלהגיע לידי סיום, והתוכנית הסטטוטורית אף לא אושרה באופן סופי בוות"ל.
המבקר קובע, כי על הרכבת לקיים בחינה יסודית של היערכותה לקידום הפרויקט כדי לבצע אותו בלוחות הזמנים, בתקציבים ובסטנדרטים הנדרשים. על משרדי התחבורה והאוצר מוטלת האחריות להפיק לקחים, להגביר את הפיקוח והבקרה על החברה ולנקוט את הצעדים הנדרשים כדי למנוע פיגורים נוספים בלוחות הזמנים וחריגה מעלויות הפרויקט במהלך ביצועו.
ועוד הערה קצרה בעניין הדוח: רכבת ישראל לא פרסמה מכרז לאיתות מזה עשרות שנים. מנהל תחום איתות ברכבת, אלכס דובוב, מתעקש לרכוש את הציוד והשירות מחברת תאלס ללא מכרז. גורמים בתעשיית הרכבות טוענים שתאלס מתייחסת לרכבת ישראל כאל פרה חולבת, ולכן גובה ממנה מחירים שערורייתיים בעוד שבמקומות שונים בחו"ל תאלס תחרותית מאוד. שאלת מיליון הדולר היא מה מונע מתאלס לפרסם מכרזי איתות.
