החופש האקדמי של האוניברסיטאות אינו מונע את פיקוחו של משרד האוצר על תנאי השכר בהן. כך קובעת (יום א', 9.8.15) נשיאת בית המשפט העליון, מרים נאור, בפסק דין המסיים מחלוקת בת כ-20 שנה בין האוניברסיטאות לבין האוצר.

בשנת 1985 קבע חוק יסודות התקציב, כי האוניברסיטאות (כ"גוף נתמך") אינן רשאיות להעלות את שכרן עובדיהן ללא אישורו של משרד האוצר. בשנת 1993 נוספה לחוק הוראה לפיה עליהן לדווח לאוצר על תנאי השכר של עובדיהן, ולממונה על השכר הוענקה הסמכות להפחית חריגות שכר מההקצבות הניתנות לאוניברסיטאות.

בשנת 1997 החליטה הממשלה להגביר את האכיפה על חריגות שכר במגזר הציבורי, והאוניברסיטאות נדרשו להעביר לאוצר מידע על תנאי ההעסקה של הסגל האקדמי הבכיר. אז הועלתה לראשונה על ידן הטענה לפיה הדבר מהווה פגיעה בחופש האקדמי לו הן זכאיות. מאז התגלגלה המחלוקת, כולל בדוח של מבקר המדינה ובבית הדין לעבודה, עד שהגיעה לפתחו של בג"ץ.

חמש אוניברסיטאות - העברית, בר-אילן, חיפה, בן-גוריון והטכניון - ביקשו לאסור על האוצר לנקוט כלפיהן בצעדי האכיפה. אולם נאור דחתה את העתירה הן על הסף והן לגופה. הדחייה על הסף נבעה בעיקר מהשיהוי הכבד בו נקטו האוניברסיטאות, אשר למרות המחלוקת הממושכת עם האוצר - נמנעו במשך 20 שנה מהבאתה להכרעת בתי המשפט.

לגופם של דברים אומרת נאור, כי אכן יש חשיבות רבה לחופש האקדמי - אך הוא אינו חזות הכל ואינו יכול להצדיק הכל: "סבורני כי אין בחופש האקדמי שניתן לעותרים, על-אף חשיבותו, כדי להצדיק העדר פיקוח על נורמות שכר ראויות בהתאם לחוק יסודות התקציב. לעותרים תפקיד ציבורי. ובעיקר - הם נהנים ממימון ציבורי. על כן מן הראוי להטיל עליהם כללים מתחום המשפט הציבורי ונורמות ציבוריות ראויות. כל זאת, תוך התאמה לאופיים המיוחד ולחופש האקדמי שניתן להם.

"חופש זה אין משמעותו העדר פיקוח כלל. הוא אינו מאפשר לחמוק מכללי המינהל התקין. הוא אינו מצדיק העדר ריסון בתחום השכר ואינו מכשיר חריגות שכר... למעשה, ואם נקלף את הטענה ממחלצותיה, העותרים אומרים כך: את כספי המדינה ניטול, אך מה נעשה בהם זה ענייננו אנו".

נאור מדגישה, כי סמכותו של האוצר היא רק לקבוע מה יהיה השכר בתפקיד מסוים ולא מי ימלא אותו וכיצד. "אכיפת חוק יסודות התקציב נועדה אך כדי לוודא שמשאבי המדינה המוקצים לעותרים אכן ישמשו למטרה שלשמה הוקצו. בנסיבות אלה, הפגיעה בחופש האקדמי, אם קיימת כזו בכלל, היא פריפריאלית בלבד. בהתחשב בכך, ובהתחשב בעקרונות החשובים העומדים בבסיס חוק יסודות התקציב - ריסון תקציבי, יציבות המשק ושמירה על מסגרת השכר במגזר הציבורי - איני מוצאת סתירה בין החלת חוק יסודות התקציב על העותרים לבין החופש האקדמי המוקנה להם בחוק", היא קובעת.

לבסוף מציינת נאור, כי במדינות רבות קיים פיקוח ממשלתי על הוצאותיהן של האוניברסיטאות, וזאת לצד החופש האקדמי והמינהלי הניתן להן. כך המצב בבריטניה, צרפת, ספרד, אוסטריה, ניו-זילנד ופינלנד. האוניברסיטאות חויבו בתשלום הוצאות בסך 25,000 שקל.

השופטים אסתר חיות ואורי שהם הסכימו עם נאור. את האוניברסיטאות ייצגו עוה"ד אסף ברנזון, רחל בן-ארי, חיים ברנזון ומיכל פרידמן, ואת המדינה - עו"ד יעל בר-לב.