מועמדותו של מפקד חיל-האוויר לשעבר, אלוף (במיל.) עידו נחושתן, לתפקיד ראש המוסד אינה על הפרק. כך הודיעה (יום א', 29.11.15) לשכת ראש הממשלה. הודעת ההבהרה פורסמה בעקבות פרסום בידיעות אחרונות שעל פיו נחושתן הוא אחד המועמדים לתפקיד ראש המוסד הבא הנשקלים על-ידי ראש הממשלה, בנימין נתניהו. כך פרסם (יום א', 29.11.15) העיתונאי רונן ברגמן בידיעות אחרונות. על-פי הפרסום, שמו של נחושתן הועלה כמועמד פוטנציאלי להחלפת ראש המוסד, תמיר פרדו, שיסיים את כהונתו בינואר 2016 על-ידי אחד ממקורבי ראש הממשלה.

לטענת אותו מקורב, מדובר במועמד "בעל סיכויים משמעותיים" לנצח במרוץ את שלושת המועמדים האחרים לתפקיד ראש המוסד – שצמחו כולם מתוך ארגון הביון הישראלי – נ', המשנה הנוכחי לראש המוסד, יוסי כהן ורמי בן ברק.

נחושתן בן ה-58 פיקד על חיל-האוויר במהלך מבצע עופרת יצוקה. הוא סיים את תפקידו ופרש מצה"ל בשנת 2012. בשבוע שעבר סיים ראש הממשלה לקיים סבב ראיונות שני עם נ', עם יוסי כהן ועם רמי בן ברק. המידע על-אודות העלאת שמו של נחושתן כמועמד פוטנציאלי לתפקיד ראש המוסד מסעיר את בכירי הארגון.

"אם זה נכון - זו חוצפה ושערורייה. סטירת לחי בפרצופנו. עם כל הכבוד לנחושתן, יכולות הניהול המוכחות שלו, כהונתו המוצלחת בחיל-האוויר והשתייכותו למשפחה הלוחמת [האצ"ל, א.ו.], הוא אינו מכיר לפחות 99% מהפעילות של המוסד", ציטט ברגמן גורם בכיר הקשור למוסד. לדברי אותו גורם, קשה להבין מדוע יפסול ראש הממשלה מועמדים שהוא עצמו סבור שהם מתאימים לתפקיד, שגדלו בארגון, פיקדו בו על מבצעים ועל מערכות ושירתו בו עשרות שנים, מכירים אותו לפני ולפנים, ויעדיף על פניהם גורם חיצוני שמה לו ולפעילות החשאית שהמוסד מנהל.