חודש בדיוק לאחר כניסתה לתוקף של "רפורמת הקורנפלקס", כינסה (יום ב', 31.10.16) ועדת העבודה, הרווחה והבריאות של הכנסת דיון בהשתתפות משרדי הבריאות והחקלאות וגורמים נוספים הקשורים לרפורמה.
במסגרת הדיון אושרו פה אחד תקנות המאפשרות למשרד הבריאות להפחית עיצומים כספיים שהוטלו על עוסקים במזון אשר הפרו את החוק, בשל נסיבות אישיות או חשש לקריסת עסק. עו"ד רוית ארבל מהתאחדות התעשיינים קבלה על שיעורי ההפחתה: "עדיין עשוי להינתן קנס גבוה של עשרות אלפי שקלים על שערה שנכנסה בטעות, או טעות בסימון. אנחנו מבקשים לאפשר למשרד הבריאות להקל עוד במקרים מסוימים". בתגובה אמרה עו"ד שרון גוטמן ממשרד הבריאות: "לנוכח המקרים שנחשפו בחודשים האחרונים, אני מבקשת להשאיר את שיעור ההפחתות על-כנן".
במהלך הדיון אמר יו"ר איגוד הווטרינרים ברשויות המקומיות, משה רפאלוביץ: "בביקורות שאנחנו עורכים מתגלות תקלות קשות במפעלים ובמשחטות, בהם לא היינו מצפים לדברים כאלה". אבשלום דולב, חבר ארגון המשחטות התעשייתיות, טען כי בעקבות הרפורמה נדרשים בעלי משחטות לשלם אגרות היקרות עד 900% יותר מהאגרות טרם כניסתה של הרפורמה לתוקף, אולם מנהלת המחלקה הווטרינרית במרכז לשלטון מקומי, עינת פלינט, אמרה בתגובה: "הנתונים שאתה מציג רחוקים מהמציאות". אלחנן לוטם, אף הוא מארגון המשחטות, קבל על ריחוק גאוגרפי של תחנות בקרה ושעות פעילות מצומצמות שלהן, הגורמים לעיכוב משאיות הובלה ושיבוש העבודה. יועמ"ש משרד החקלאות, אפרת אביאני, ביקשה להבהיר כי אין חובה להגיע לבדיקות המשנה ולשלם עבורן.
מנהל שירות המזון הארצי, אלי גורדון, ציין כי מאז כניסתו לתוקף של החוק, הוגשו 1,948 בקשות ייבוא מקוונות. יו"ר הוועדה, ח"כ
אלי אלאלוף (כולנו), הגיב: "אלה מספרים פנטסטיים, בהתחשב בפרק הזמן הקצר". עם זאת, ציין גורדון כי טרם אוישה משרה מבין 50 התקנים שהוקצו לרשות המזון במסגרת החוק, בעיקר לצורכי פיקוח וייעוץ משפטי. זאת בשל עיכוב הנובע מהצורך בקיום מכרזים למשרות אלה. אלאלוף בתגובה: "ראשית יש לאייש את המשרות בשטח. אני דורש דיווח בכתב תוך שלושה חודשים על ההתקדמות באיוש המשרות".
במהלך הדיון נזף אלאלוף במשרד החקלאות, על מענים לפניות של רשויות מקומיות בענייני הפיקוח על המזון המתעכבים במשך חודשים, לדבריו. "הגיע הזמן שתתייחסו קצת יותר ברצינות", אמר והודיע כי בחודש הבא יתקיים דיון על היערכות משרד החקלאות והיערכות צה"ל ליישום הרפורמה.