אובדן מזון הינו בעיה בעלת השלכות כלכליות, חברתיות וסביבתיות מרחיקות לכת ומהווה מרכיב מרכזי בבעיית יוקר המחיה. מנתונים שנאספו במשרד, עולה כי כמחצית מכמות הפירות והירקות מושלכים לפח בתהליכי הייצור, המיון, האחסון, השיווק והצריכה. מנתוני הביטוח הלאומי מהשנים האחרונות, עולה כי משפחה ישראלית ממוצעת משליכה לאשפה כ-4,200 שקלים בשנה על מזון שלא נצרך. לנוכח הנתונים, וכמענה לדוח
מבקר המדינה משנת 2015 משרד החקלאות יזם תוכנית למניעת בזבוז מזון אשר מחד-גיסא, תקדם טיפול
הומניטרי בעודפי תוצרת חקלאית על-ידי העברתם לנזקקים, ומאידך תפעל להעלאת מודעות הצרכנים לבעיית בזבוז המזון וכיצד ניתן להתמודד עמה על-ידי אחסון מיטבי לשם הארכת חיי מדף.
במסגרת התוכנית יבוצע פיילוט בשני גידולים עיקריים, מלפפון ועגבנייה, המהווים גידולים מרכזיים בתזונה המקומית, ששיעור הפחת שלהם גבוה ביחס לאחרים. במלפפונים, מתוך כ-91,000 טון שמיוצרים בישראל, 20% (כ-18,200 טון) אינם נקטפים מפאת חוסר כדאיות כלכלית, כיוון שעלויות הקטיף גבוהות ביחס למחיר המכירה. בעגבניות מתוך כ-165,000 טון עגבניות שמיוצרות בישראל, כ-10% אינן נקטפות (כ-16,500 טון) בעיקר מבעיות איכות וחוסר כדאיות כלכלית. בפיילוט שיבצע המשרד כבר בשנת 2017 יקבל המגדל את עלויות הקטיף עבור תוצרת עודפת שתיקטף, בכדי שניתן יהיה להעבירה לעמותות למען נזקקים.
במקביל, פועל המשרד בקידום צעדים נוספים, ביניהם: המשרד יקדם יישום של טכנולוגיות לצמצום הפחת והארכת חיי המדף של התוצרת הטרייה שנמצאות כרגע בתהליכי פיתוח. דוגמה לטכנולוגיות כאלה, היא פיתוח אריזות מזון ייחודיות לגידולים שונים עם מנגנון "אווירה מתואמת" אשר שומרת על רמות גזים ולחות רצויות בסביבת הפרי או הירק, ויישום טיפולים לעיכוב תהליכי הבשלה והזדקנות של התוצרת.
אופציה נוספת הנבחנת על-ידי אנשי המקצוע במשרד, הינה עידוד רשתות המזון לקנייה מבתי אריזה וחקלאים פירות וירקות "לא יפים". כלומר, עידוד קניית פירות וירקות רגילים שאינם בגודל או בצורה הנדרשת על-ידי היצואנים והצרכנים, ועל כן נזרקים אל פח הזבל. לאחר קנייתם, תמכורנה רשתות השיווק את הפירות וירקות לצרכן בהנחה משמעותית אשר תסייע לו מחד-גיסא, ותחסוך את זריקת הפירות והירקות מאידך.
על-מנת לטפל בבעיית אובדן המזון גם בשלבי השיווק והצריכה ישתתף משרד החקלאות בארגון "האקתון" ביחד עם מרכז "מן" לביטחון תזונתי באוניברסיטת תל אביב ומעבדת החדשנות והקיימות של ארגון TNS. האירוע ינוהל על-ידי StarTAU, מרכז היזמות של אוניברסיטת תל אביב, ויימשך יומיים. הצוותים המשתתפים, שיורכבו מבעלי עניין ממגוון רחב של תחומים כגון תכנות, הנדסה, יזמות, כלכלה, שיווק, עסקים, חקלאות ועוד, יפעלו יחד לפיתוח ובניית רעיונות ופתרונות חדשניים להתמודדות עם מגוון אתגרים מוגדרים לאורך שרשרת אובדן המזון. במסגרת ההאקתון יתקיימו גם כנסים בנושא אובדן מזון שיגבירו את המודעות והחשיפה של הציבור הישראלי בכללותו, וקהילת החדשנות בפרט, לנושא חשוב זה.