ממשלת גרמניה מממנת מספר רב של ארגונים פלשתינים, ישראלים ואירופיים, הפעילים במסגרת הסכסוך הערבי-ישראלי. המימון מועבר באמצעות סוכנויות פדרליות, קרנות פולטיות, ארגוני סיוע כנסייתיים וארגונים הומניטריים. חלקם פעילים בקמפיין ה-BDS ו/או משבחים טרור ואלימות ו/או משתמשים ברטוריקה ובדימויים אנטישמיים בוטים - כך על-פי נתוני מכון המחקר NGO Monitor.
האגודה האקדמית הפלשתינית לחקר עניינים בינלאומיים (PASSIA). מדובר עמותה רשומה בישראל שמקבלת מימון דרך החברה הגרמנית לשת"פ בינלאומי (GIZ) ומקרן "פרידריך אברט" של המפלגה הסוציאל-דמוקרטית. העמותה תיארה את גל הדקירות ב-2015 כ"התקוממות צעירים" וציינה באופן חיובי את המחבל "השהיד בהא עליאן", שבאוקטובר 2015 רצח עם חברו שלושה ישראלים.
ארגון נוסף שמקבל מימון גרמני הוא אל-חק. על-פי דיווחים, למנכ"ל הארגון שעואן ג'בארין, קשרים לארגון החזית העממית לשחרור פלשתין. גרמניה מממנת באופן ישיר ועקיף ארגונים נוספים עם קשרים לחזית העממית, כמו "וועדות העבודה החקלאית", שהוגדר על-ידי הממשל האמריקני כ"זרוע החקלאית של החזית העממית" ומקבל מימון גרמני דרך "מדיקו אינטרנשיונאל".
הארגון הפלשתיני "ועדות תיאום המאבק העממי" (PSCC) קיבל מימון בין השנים 2013-2016, מארגן הפגנות שלעיתים קרובות הופכות לאלימות, משתמש ברטוריקה של "שהידים" ומאשים את צה"ל בהאשמות שווא, למשל שקציני צה"ל מטרידים מינית קטינים פלשתינים על-מנת לסחוט מהם הודאה. מכון המחקר NGO Monitor פנה לבכירים רלוונטיים בגרמניה באשר לפעילות של PSCC. הפניות לא זכו לתגובה, אולם המימון ל-PSCC הופסק.
פרופ' ג'ראלד שטיינברג, נשיא מכון המחקר NGO Monitor: "המימון לארגונים בצלם ושוברים שתיקה אינו הבעיה המרכזית; קיימות בעיות חמורות יותר מבחינת המימון של ממשלת גרמניה וממשלות אירופיות לארגונים שנלחמים נגד הזכות של העם היהודי להתקיים בארצו. יש לנו חלון הזדמנויות לפתוח דיון ברמה הגבוהה ביותר בנושא הזה, באופן ישיר ובצורה שתביא לתיקון המצב".
