לשכתו של השר לשירותי דת, דוד אזולאי, התערבה בצורה פסולה בבחירת רבני הערים לוד ובת ים - קובע (יום ג', 8.5.18) מבקר המדינה, יוסף שפירא. הדוח שלו על המועצות הדתיות ורבני הערים מתייחס גם לתקופתו של נפתלי בנט כשר לענייני דת.

נכון לסוף 2017, רק ב-84 רשויות מקומיות מ-110 (76%) מכהנים רבני עיר. בשנים 2017-2013 גדל מספר הרשויות שבהן לא מכהן רב: פחת ב-21 מספרם של רבני העיר המכהנים, ונוספו 13 רשויות מקומיות שבהן לא מכהן רב עיר אחד לפחות. בכך לא עמדו השניים במשימה שהוטלה עליהם בחוק.

לשכתו של אזולאי לא פעלה בהתאם להנחיית המשנה ליועץ המשפטי לממשלה ממאי 2015, לפעול ללא דיחוי כדי לחדש את הליכי הבחירות לרבני ערים. עד אוקטובר 2017 פרסם אזולאי הודעה ברשומות על הצורך לבחור רבני עיר רק ב-15 מ-26 הרשויות, לעיתים חודשים ואף שנים אחרי שהמשרה התפנתה. אזולאי הקים ועדות לבחירת רב עיר בשבע רשויות מקומיות בלבד, מהן רק ארבע ועדות הגיעו לשלב המעשי של בחירת בתי כנסת שנציגיהם יהיו חברים באסיפה הבוחרת.

כאמור, בשני הליכים של בחירת רב עיר - לבת ים וללוד - התערבו לשכתו של אזולאי ויועצו בעבודת ועדת הבחירות. שפירא מדגיש: "הוועדה לבחירת רב עיר היא ועדה עצמאית בראשות שופט-דיין האמורה לפעול בהתאם לשיקול דעתה העצמאי. התערבותם של לשכת השר או של יועץ השר בסדרי עבודתה של הוועדה לבחירת רב עיר - אסורה".

ב-100 מ-129 המועצות הדתיות (78%) לא חודש הרכב המועצה בתוך שנה מהבחירות האחרונות ברשויות המקומיות, שנערכו באוקטובר 2013 - בניגוד למה שנקבע בחוק. נכון לאוקטובר 2017, רק ל-59 מועצות (46%) יש הרכב מועצה ויו"ר נבחר; ב-70 מועצות דתיות (54%) עדין אין הרכב נבחר. עם הערים הגדולות שבהן אין הרכב נבחר למועצה הדתית נמנות ירושלים, חיפה ובאר שבע.

מאז הבחירות לרשויות המקומיות באוקטובר 2013 מינו בנט ואזולאי 59 מועצות דתיות בלבד, מתוך 129 מועצות אשר מינוין נדרש. ממועד הבחירות לרשויות המקומיות ועד דצמבר 2014, אז פוזרה הכנסת, מינה בנט 39 הרכבים (מהם 29 הרכבים שמינוים חודש תוך שנה כנדרש בחוק, ועשרה הרכבים חדשים, שמונו לאחר תום השנה), ואילו אזולאי מינה 20 הרכבי מועצות דתיות בלבד מ-90 מועצות שנותרו בתחילת כהונתו ללא הרכב נבחר. מכאן שבנט ואזולאי לא עמדו בהוראות החוק.

ביולי ובאוקטובר 2015 פנה אזולאי לרשויות מקומיות בנוגע לצורך לבחור את נציגיהן למועצות הדתיות. מבדיקה שערך משרד מבקר המדינה ב-12 רשויות מקומות, שבסופו של דבר לא מונה להן הרכב של חברי מועצה, עלו הממצאים האלה: בשש רשויות (רמת גן, עפולה, באר שבע, מטולה, יבנאל ומטה בנימין) פעלו הרשויות בהתאם להנחיותיו של אזולאי ובחרו נציגים, אך בארבע רשויות מתוכן (רמת גן, עפולה, מטולה, ומטה בנימין) לשכת השר לא קידמה את התהליך להקמת ההרכב ועשתה זאת ללא נימוק.

בשש הרשויות האחרות (חיפה, קריית יערים, גדרה, מבשרת ציון, בית שאן ואליכין). לא נעשה כל מאמץ, הן מצד הרשות והן מצד לשכת השר, להביא לסיום ההליך ולמנות הרכב למועצה הדתית. אזולאי פנה לרשויות, אך הן לא הציעו מועמדים מטעמן, ולשכתו לא פעלה בהתאם לסמכותה ולא מינתה נציגים במקום מועמדי הרשות - ובכך נעצר הליך הרכבת המועצה הדתית.

הממונים שמינו בנט ואזולאי היו בדרך של מינוי ראשי מועצות דתיות שכיהנו בהרכב שפוזר או בממונים שמונו בעבר. המשרד לא פנה לציבור כדי לאפשר למעוניינים להציג את מועמדותם לתפקיד ממונה על מועצה דתית. שיטה זו פוגעת בעקרון השקיפות ושוויון ההזדמנויות, והיא עלולה לשרת אינטרסים אישיים ופוליטיים.
ממונים אלה התמנו לכהונה שהייתה אמורה להיות זמנית, אך הם מכהנים בתפקידיהם שנים רבות. ב-26 מועצות דתיות מכהנים ממונים שמונו עוד בשנים 2010-2004. מצב זה מנוגד לרוח החוק שלפיה "הממונים יכהנו עד לחידוש הרכב המועצה", והוא פותח פתח למינוי של מקורבים לשר ולמפלגתו.