"הליקויים שהועלו בנוגע לטיפול רשות האוכלוסין בבקשות מקלט בשנים האחרונות, עלולים להתפרש כמחויבות נמוכה של המדינה למילוי ההתחייבויות הבינלאומיות שנטלה על עצמה כאשר חתמה על אמנת הפליטים בשנת 1951". כך אומר (יום ג', 8.5.18)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
לדברי שפירא, "ממצאי הביקורת מחייבים את שר הפנים ואת רשות האוכלוסין לנקוט פעולות נחרצות, כמפורט בדוח הביקורת, לביסוס התשתית המקצועית הנדרשת לטיפול יעיל ותכליתי בבקשות למקלט מדיני, באופן שיבטיח שמירה על זכויות המבקשים".
בדצמבר 2017 לא סיימה רשות האוכלוסין את הטיפול ביותר ממחצית בקשות המקלט שהוגשו, ובכלל זה בבקשות שהוגשו לפני שמונה שנים. הרשות לא קבעה לוחות זמנים לגבי רוב שלבי הליך הטיפול בבקשות מקלט, אף שבית המשפט המחוזי העיר בעניין זה בשנת 2015. משך הטיפול בבקשת מקלט היה בממוצע 8.5 חודשים. רק במארס 2016, שמונה חודשים לאחר שיו"ר הוועדה המייעצת סיים את תפקידו, מינה שר הפנים,
אריה דרעי, עורך דין אחר ליו"ר הוועדה. הותרת הוועדה המייעצת ללא יו"ר במשך חודשים גרמה לעיכובים בהשלמת הטיפול בבקשות מקלט.
עד אפריל 2017, יותר משנה לאחר המועד שבו הייתה רשות האוכלוסין אמורה לסיים את הטיפול בבקשות מקלט שהגישו זרים שאינם בני הרחקה (מסתננים מאריתריאה וסודן), בהתאם להערכתה בתצהיר שמסרה לבג"ץ, היא סיימה את הטיפול ב-28% מהן בלבד (995 מ-3,519 בקשות). בשנים 2016-2015 הגישו זרים שאינם בני הרחקה 7,450 בקשות מקלט; עד אותו מועד טרם הסתיים הטיפול ביותר ממחציתן (4,271 בקשות). עד אפריל 2017 לא סיימה הרשות לטפל ב-6,800 בקשות מקלט שהגישו זרים שאינם בני הרחקה.
בתחילת 2017 התריע משרד המשפטים בפני דרעי, כי המדינה חורגת בעניין זה מתחומי ההתנהלות הסבירה. אולם בפעולות שנקט דרעי לתיקון המצב לא היה די. מציאות זו פוגעת בזכותם של זרים לדעת בהקדם אם החליטה המדינה להכיר בהם כפליטים, דבר שיכול לשפר לאין ערוך את מצבם הכלכלי והחברתי בתקופת שהייתם בישראל.
בשנת 2016 שינתה רשות האוכלוסין את מדיניותה בעניין בקשות מקלט שהוגשו באיחור והחלה לדחות על הסף בקשות כאלה, בלי שיידעה על כך את אוכלוסיית הזרים. בתוך חודשיים דחתה הרשות על הסף 1,620 בקשות מקלט של זרים שאינם בני הרחקה, מכיוון שהוגשו לאחר שחלפה שנה מיום שנכנסו לישראל. הרשות הפרה את חובתה לנהוג בהגינות בנוגע לשינוי המדיניות.
בין שנת 2009 לאוגוסט 2017 הגישו 2,500 יוצאי חבל דארפור בקשות מקלט. בכל פרק הזמן הזה התקבלה החלטה רק בנוגע לשש מהבקשות. דרעי טרם גיבש את עמדתו בסוגיית בקשות אלו ולא קיבל החלטה בעניינן של 1,600 בקשות. בדיונים בראשות ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, הוחלט להעניק מעמד מטעמים הומניטריים לכמה מאות מיוצאי חבל דארפור, בלי שנקבע דבר בעניינם של השאר. זאת, אף על-פי שיוצאי חבל דארפור חוו לחימה אלימה אשר הוגדרה בידי הקונגרס האמריקני כ"רצח עם".
מבקשי מקלט נאלצים להמתין במשך שעות לקבלת שירות, ולעיתים תורים משתרכים גם מחוץ לבניין. לעיתים מי שהמתין שעות רבות בתור ולא נכנס, נאלץ להגיע ביום אחר ולהמתין שוב, בלי שתינתן לו עדיפות. במשרדים עצמם חדר ההמתנה צפוף לעתים עד אפס מקום, ולכן אנשים נאלצים להמתין במסדרונות, לעיתים ללא מקום ישיבה.
רק 48 מ-60 המשרות שנקבעו בתקן יחידת מבקשי המקלט (ה-RSD) היו מאוישות בתקופת הביקורת. בשנות פעילותה סבלה היחידה ממצוקת כוח אדם, בין היתר בשל עזיבת עובדים מקצועיים כמה שנים לאחר שעברו תהליך הכשרה ארוך ויקר, וכן בשל קושי בגיוס עובדים חדשים. הגורמים לעזיבת עובדים וכן לקושי לאתר עובדים חדשים הם העומס הרב המוטל על היחידה לעומת תנאי העבודה והשכר של עובדיה.
