"החלטות הממשלה נותרו במקרים רבים בגדר הצהרות חגיגיות, והממשלה טרם השיגה הישגים של ממש בנוגע ליישום החלטותיה לגבי המעבר לירושלים, ואף לא תוקנו ליקויים בעניין זה שצוינו בדוח הביקורת שפורסם בשנת 2013. זאת בין היתר עקב העדרו של גורם אחראי ובעל סמכויות של ממש ליישום החלטות הממשלה, העדר תשתית נתונים בסיסית, היעדר פתרונות לקשיים בתחום יחסי העבודה והעדר יכולת להתמודד עם חסמים שזוהו".

כך אומר (יום א', 13.5.18) מבקר המדינה, יוסף שפירא, בדוח על מעבר יחידות הממשלה לבירה המתפרסם לרגל יום ירושלים. מחוץ לירושלים נותרו - למרות שורה של החלטות ממשלה - 140 יחידות ארציות של 25 משרדי ממשלה, ובהן 2,700 עובדים. כמו-כן, רובן המכריע של החברות הממשלתיות (57 מ-67) שוכנות מחוץ לירושלים, ורק 1,300 מ-56,000 (2%) עובדיהן עובדים בירושלים.

במאי 2007 החליטה הממשלה, כי היחידות הארציות של משרדי הממשלה ושל יחידות הסמך שלה יועברו לירושלים בתוך שמונה שנים. במאי 2014 נדחה המועד למאי 2019. ביולי שעבר הורה ראש הממשלה, בנימין נתניהו, לגבש עד סוף השנה הצעת החלטה נוספת בעניין זה; הדבר לא נעשה.

במשך יותר משנתיים, לא ביצעו כנדרש 11 משרדי ממשלה - משרד רה"ם, משרד התחבורה, משרד העבודה, משרד הבריאות, משרד האוצר, משרד התרבות והספורט, המשרד להגנת הסביבה, משרד הפנים, משרד האנרגיה, המשרד לביטחון פנים ומשרד החינוך - את המשימות שנקבעו בהחלטת הממשלה לשנים 2014 ו-2015. "משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את דרך הפעולה המתוארת לעיל של משרדי הממשלה האלה", נאמר בדוח.

המשרדים לא גיבשו תוכניות פרטניות למעבר, הכוללות לוח זמנים למעבר צפוי, ולפיכך לא הוקצו המבנים המיועדים לקלוט אותם. בפועל, אפשר יהיה לאכלס רק אחרי 2019 את רוב שטח המבנים המיועדים לקלוט את היחידות שעתידות לעבור לירושלים - כך שגם החלטת הממשלה המעודכנת לא תתבצע במועד.

כבר בשנת 2007 התברר שסוגיית יחסי העבודה ביחידות שיש להעביר לירושלים היא מהסוגיות המרכזיות שיש ללבנן ולהסדירן לצורך ההעברה, שכן לעובדים היו דרישות שונות וניכרות כתנאי למעבר לירושלים. נציבות שירות המדינה והממונה על השכר לא גיבשו מדיניות וסל כלים להתמודדות עם הקשיים בסוגיה זו; משרד ירושלים לא דיווח לממשלה על הקשיים בנושא זה.

בסוף שנת 2017 היה צפוי להתאכלס בניין המשרדים "ג'נרי 2" בקריית הממשלה. מינהל הדיור עדכן בתחילת 2018, כי מועד האכלוס נדחה למארס השנה. בניין זה נועד לאכלס בין השאר יחידות ארציות של משרד התחבורה, המשרד להגנת הסביבה, משרד הכלכלה והרשות הממשלתית למים ולביוב השוכנות מחוץ לירושלים. בפועל, זה טרם קרה.

בהחלטת הממשלה משנת 2007 נקבע, כי תוקם ועדת חריגים בראשות מנכ"ל משרד רה"מ, שתוסמך לפטור משרדי ממשלה מחובת המעבר או לתת להם ארכה לביצועה. הוועדה דחתה את בקשותיהם של משרד התחבורה, רשות המיסים והמשטרה שלא להעביר יחידות שלהם לירושלים - אך הללו התעלמו מהחלטתה ולא ביצעו את המעבר.

משרד הכלכלה והמשרד לביטחון פנים פעלו באופן חלקי ליישום החלטות הוועדה, שדחתה את בקשתם. משרד התרבות והספורט פעל בניגוד להחלטת ועדת החריגים: אף שעברו למעלה חמש שנים מתאריך היעד שקבעה הוועדה להעברת משרדי הרשות לנהיגה ספורטיבית לירושלים, עד סוף 2017 עיקר הפעילות של הרשות התבצע מחוץ לירושלים.

בשנת 2015 לא דיווח משרד ירושלים לממשלה על יישום החלטתה. בשנים 2016 ו-2017 היו הדיווחים חלקיים, והיו חסרים בהם נתונים משמעותיים. שנתיים וחצי עברו מאז הציג משרד ירושלים לראשונה חסמים העומדים בפני יישום החלטת הממשלה, ועדיין לא גובשה דרך פעולה להתמודדות עימם ולהסרתם.

אף אחת מהחברות הממשלתיות לא עברה לירושלים. רשות החברות הממשלתיות לא נקטה פעולה ממשית ליישום הדוח הקודם של המבקר בנושא זה (משנת 2013) ולא בחנה אמצעים להמרצת גופים ממשלתיים להציע הטבות לחברות שיעתיקו את מרכז פעילותן לבירה. זאת, למרות ששכרם של עובדי החברות הממשלתיות גבוה מן הממוצע ולכן יכולה להיות להם השפעה חיובית משמעותית על כלכלת הבירה.

שפירא מסכם: "משרדי הממשלה אינם נחושים ליישם את ההחלטות שהתקבלו בנושא, ולמעשה אלו משמשות כהצהרת כוונות המפורסמות, מדי שנה, בסמוך ליום ירושלים בלא שעומדת מאחוריהן תוכניות פעולה ממשיות. על משרדי הממשלה לפעול הלכה למעשה למימוש הצהרות הממשלה בדבר מרכזיותה של ירושלים כבירת ישראל, גם באמצעות יישום החלטותיה בעניין העברת היחידות הארציות לבירה. לשם כך על הממשלה להפיק לקחים מהכשלונות המתמשכים ביישום ההחלטות בנושא".