על-פי הידוע לנו נעצר אבא קובנר על-ידי המשטרה הצבאית הבריטית בנמל הצרפתי טולון, בסוף דצמבר 1945. על-פי עדותו של ידידיה צפריר, ה"גדעוני", איש הפלי"ם, היה זה בימים הראשונים של ינואר 1946. הוא נעצר ונכלא יחד עם שלושה בחורים מהפלמ"ח, הפלי"ם, שנסעו לאירופה כמוהו בזהות מזויפת ובניירות מזוייפים, מטעם ארגון ההגנה. ה"גדעונים" שנעצרו איתו היו ידידיה צפריר, חגי אבריאל, אחיו של אהוד אבריאל ומשה רבינוביץ.
הם נשאו איתם מכשירי קשר וכסף לשם הקמת קשרים והובלת פליטים בעלייה הבלתי-לגלית ארצה. אבא קובנר נשא איתו, כנראה, את אריזות הרעל הקטלני, שהוכן עבורו בארץ, ושיועד לשימוש ארגון הנקם די"ן, בהרעלות המוניות של גרמנים. בנקודת המעצר בנמל טולון נמלט משה רבינוביץ' מהמעצר והם נותרו רק שלושה. מעיד על כך ידידיה צפריר:
"בינואר 46', לאחר חופשה קצרה בארץ, סופחנו (משה רבינוביץ', אבא קובנר, חנן אבריאל ואנוכי) לקבוצת חיילי הבריגדה, שעמדו לחזור מחופשתם בארץ ליחידתם הממוקמת בבלגיה.
צויידנו בפנקסי-חיילים של הצבא הבריטי והפלגנו איתם באונייה נושאת-צבא "שמפוליון", מאלכסנדריה לטולון שבצרפת. היחיד באונייה שידע על קיומנו היה מפקד הקבוצה, קצין יהודי, שהיה איש "ההגנה".
התקרבנו לנמל טולון, האוניה [אונית הנוסעים האזרחית הצרפתית ה"שמפוליון" המפורסמת בעלילותיה] נעצרה לפתע ומן הנמל הגיעו מספר שוטרי המשטרה הצבאית הבריטית, שעצרו את ארבעתנו. אני הספקתי למסור לקצין היהודי את מכשיר הקשר שהיה ברשותי, וכן מזוודה, שבדפנותיה היו חבויות מטבעות זהב, שהייתה מיועדת לראש המשרד בפריס. וכן פרטים כיצד יש להגיע אליו.
הורדנו מהאונייה כבולים באזיקים, והציבו עלינו משמר של חיילים בריטים למשך הלילה. למחרת הינו אמורים להיות מוחזרים ל"מזרח התיכון", קרי לאלכסנדריה.
באותו הלילה ירד גשם זלעפות. משה (רבינוביץ') נזקק להטלת מימיו וביקש רשות לכך מהחייל ששמר בפתח האוהל. משחזר לאוהל הוא נוכח כי החייל נרדם וישן שנת ישרים. משה החליט לנצל את המצב וברח. לימים הסתבר לנו שהוא הגיע לכתובת בטולון שנמסרה לנו מראש ומשם המשיך ליעדו."
זניחת היידיש העצורים הובלו לאונייה אחרת והושבו לאלכסנדריה שממנה הפליגו לטולון. מאלכסנדריה הובלו למחנה מעצר או בית כלא צבאי סמוך לקהיר, להמשך המעצר והחקירות. ידידיה צפריר מעיד: "העירו אותנו השכם בבוקר, עם חילופי המשמרות, במכות ובחרפות, אולם לא יכולנו לתרום להם כל אינפורמציה. למחרת הוחזרנו לאלכסנדריה, באוניה "טור-דה-פראנס". ומשם הועברנו למחנה צבאי אי-שם במדבר המערבי, ששימש כבית-סוהר ל"אסירי מלחמה חשובים".
נחקרנו שם במשך כשלושה חודשים, וכולנו דבקנו בסיפור האליבי שהכנו לעצמנו תוך כדי ההפלגה למזרח. כיצד השגנו את פנקסי החיילים והמדים, וכיצד התכוונו להגיע לאירופה על-מנת למצוא את קרובינו, באם נותרו בחיים לאחר המלחמה".
עניין המאסר בקהיר הוא לגמרי לא עניין קל. במאסרו שם הגיע אבא קובנר לשתי החלטות חשובות בחייו. הראשונה - שהוא יורד מעניין הנקם. הוא עיכל את המראות ואת האווירה שספג בארבעת חודשי שהייתו בארץ, והקיש מהם נכונה שחלף זמנו של הנקם. ההחלטה השנייה החשובה הייתה - שהוא ייצוֹר שירה, סיפורת ואולי גם ספרות זיכרון - בעברית בלבד. בכלא שליד קהיר נתן אבא קובנר גט כריתות ללשון יידיש כלשון כתיבתו.
והמעשה השלישי בחשיבותו בכלא המצרי היה כתיבת הפואמה הראשונה שלו "עד לא אור", 1947. על-פי עדותו שלו עצמו, הוא חיברה קודם בראשו, כפואמה שבעל פה. ורק משהתירו לו הבריטים שוב את השימוש בנייר ועיפרון, כתבהּ על הנייר.
לא בין רשימת הכלואים לאחר כחודשיים בכלא המצרי הושבו שלושת הכלואים לארץ ישראל, לירושלים. ומעיד על כך ידידיה צפריר: "בתום החקירה הועברנו לירושלים,
תחילה ל"קישלה" ואחר-כך לבית-הסוהר במגרש הרוסים. לבסוף שוחררנו כולנו. עד היום לא ברור לי מדוע נתפסנו וכיצד שוחררנו".
לפני איזה זמן התקשרתי עם יורם תמיר, מנהל מוזיאון המחתרות בירושלים, בבית הכלא הישן של מגרש הרוסים, והעליתי את טענתי הנושנה, מדוע שמו של קובנר
אינו מתנוסס בין שמות הכלואים במגרש הרוסים? לתומי סברתי שזו שאלה קטנה וודאי ימצא לה פתרון ראוי בהקדם. אך הסתבר לי שהעניין מסובך ממש.
יורם תמיר, שהסתמך על דבריה של דינה פורת, השיבני שאין הוכחות שקובנר אכן נכלא במגרש הרוסים. לעומת זאת יש הוכחות שהיה כלוא ב"קישלה" שבעיר העתיקה. דינה פורת מצאה מסמך שכתב קובנר עצמו, בקשתו לקבלת עיטור "על"ה", [עיטור לוחמי המדינה, למי שהיה חבר בארגון לוחם עד 1948], ובו נזכר רק "הקישלה". לא קיבלתי את דעתו וחילוף הדברים בינינו בעניין נמשך ממש עד ימים אלה. מן הראוי להביא כאן את דבריה של דינה פורת בעניין המחלוקת שעוררתי. הנה דבריה: דינה פורת, "מעבר לגשמי" 2000, עמ' 245: "מן הכלא הקפדני ליד קהיר לא הצליח [קובנר] לשלוח דבר, אך משהועבר
בפברואר לכלא בירושלים כתב מיד מכתב מוזר פיוטי ונרגש...."
ובהמשך העמוד: "עם שחרורו של קובנר
מן הכלא בירושלים, בסוף פברואר [1946] ככל הנראה, חיכה למכתב מוויטקה וחבריו...". דינה פורת נמנעה בכוונה, מתוך זהירות ואחריות, מלנקוט בשם המפורש של בית הכלא הירושלמי, בו נכלא אבא קובנר. אבל מה שאסור לאקדמיה, ובצדק, מותר לנו, כמי שמגדילים את תמונת המאסר של קובנר בהרבה מונים, ומנסים לברר מתי והיכן היה כלוא קובנר בירושלים.
גולדה שיחררה ושוב הזדמן לו זימון מקרים מעניין. פירסמתי את רשימתי על האוניה "שמפוליון" והקשר של אבא קובנר אליה, ב"חדשות בן עזר", עיתונו האלקטרוני המעניין של הסופר אהוד בן עזר, שם קרא אותם ברוך תירוש, מוותיקי הפלי"ם, סופר ומתעד מוכר. הוא העבירה לידי יהודה בן צור, אף הוא פלי"מניק ותיק, ממייסדי מוזיאון הפלי"ם.
וכך זכיתי בעדותו המעניינת של צפריר ידידיה המובאת כאן. לעדותו הכתובה והממוסמכת של ידידיה אני מוסיף, על אחריותי האישית ומזיכרוני האישי, את העדות בעל פה שהעיד בפניי אבי מרלא ז"ל. אבי היה בעלה של רוז'קה קורצ'ק-מרלא ומקורב בשל כך מאוד לאבא קובנר. פגשתי את אבי מרלא בביקוריי בבית האבות של עין-החורש. פעם אחת, זמן קצר לפני פטירתו, קרא לי אבי ואמר לי שהוא רוצה לספר לי משהו שאיש לא שמע מפיו עד היום. והוא סיפר לי סיפור מרתק שאני מביאו כאן בקצרה.
במאי 1970 זכה אבא קובנר בפרס ישראל לספרות בצוותא-חדא עם
לאה גולדברג. לאחר הטקס החגיגי ישבו מרעיו הקרובים ביותר של המשורר באיזה חדר קטן בבנייני האומה, ושתו לחייו ולחיי הפרס. לפתע חלפה שם ראש הממשלה דאז
גולדה מאיר. היא נעצרה ונכנסה לחדר עם פמלייתה. הרימה כוס של ברכה עם קובנר והמקורבים, ואמרה להם שמעולם לא סיפרה זאת לקובנר, אבל היא-היא
ששיחררה אותו ואת חבריו מכלא מגרש הרוסים בירושלים. בתפקידה אז כראש הסוכנות שלחה את עורך הדין שעבד עם ההגנה ועם הבריטים והביאה לשחרורם, וזאת לאחר שהיא דאגה בעצמה, כך הוסיפה, להעבירם מקהיר לירושלים. אבי מרלא התרשם אז מאוד מגילוי הלב שלה ומההפתעה שבגילויה, ולא שכח את סיפורה כל שארית חייו. אני סבור שנסיבות סיפור הדברים לי, ערב מותו של אבי מרלא ז"ל, מכשירות אותו לחלוטין כעדות מוסמכת. ואני מרשה לעצמי לראות בה עדות תומכת לכליאתו של אבא קובנר בשני בתי הסוהר של ירושלים, בסוף פברואר 1946. ה"קישלה" שבעיר העתיקה ובית הכלא שבמגרש הרוסים, שהיום הוא מוזיאון המחתרות, ששכח לציין את כליאתו של אבא קובנר בין חומותיו.