ליקויים מבניים ותפעוליים מהותיים התגלו בתפקוד חברת הדואר ובתפקוד הגורמים המפקחים עליה. כך עולה (יום ג', 15.10.13) מדוח
מבקר המדינה 63ג.
בשנת 2006 החליטה הממשלה על הסדרת פעילותה של חברת הדואר, אך זו יושמה בחלקה בלבד; את החלק הנוגע למתווה ההפרטה של החברה לא יישמו משרדי האוצר והתקשורת. לפיכך, נמנעה מן החברה האפשרות לגייס הון עצמי לקידום תוכניות הפיתוח וההשקעות שלה. הוראות חוק הדואר הנוגעות לשלב השלישי של פתיחת שוק הדואר לתחרות טרם יושמו במלואן. עיכוב קידומה של התחרות בשוק הדואר פגע בתמריץ ההתייעלות הגלום בעצם התחרות הן מההיבט התפעולי של החברה והן מהיבט שיפור איכות השירות ללקוחות שוק זה.
עוד מצא הדוח, כי לחברת הדואר אין תוכנית אסטרטגית עסקית רב-שנתית. יוצא אפוא שבמשך שנים החברה אינה פועלת לפתח כיווני פעולה לתחומי פעילות שונים, שיפצו על אובדן נתחי השוק של הדואר המסורתי בגלל השינויים הטכנולוגיים ובשל פתיחת שוק הדואר לתחרות.
כדי לשפר את מצבה התזרימי, הנפיקה חברת הדואר במרס 2010 איגרות חוב בהנפקה פרטית למשקיעים מוסדיים. מאחר שחברת הדואר לא פעלה לרישום איגרות החוב למסחר, היא הפסידה הטבות כספיות מטעם החשב הכללי במשרד האוצר הנאמדות בכ-25 מיליון ש"ח לשנה, שהותנו ברישום האמור.
עוד נמצא, כי חברת הדואר פועלת על-פי תעריפים שקבעה ועדה ציבורית שהסתמכה על נתונים משנת 2004, אשר הגישה את המלצותיה בספטמבר 2006. מאז חלו שינויים רבים בתחום הדואר ומצבה הכספי של החברה הורע. במחצית הראשונה של 2012 הפסידה החברה כ-32.7 מיליון ש"ח, ונכון לסוף יוני 2012 עומד גירעונה בהון החוזר על 386 מיליון ש"ח.
על-פי תחזיות החברה שנבדקו ואושרו על-ידי משרד האוצר, ללא יישום מיידי של תוכנית התייעלות, צפויות יתרות המזומנים של החברה בשנת 2016 לעמוד על יתרה שלילית של 69 מיליון ש"ח. ניתוח תוצאות פעילות החברה בין השנים 2008 ל-2011 מעלה כי מגמת ההתפתחות הרב-שנתית בחברה מצביעה על ירידה מתמשכת ברווחיותה, בנזילותה הכספית, ומכאן ירידה באיתנותה הפיננסית. לנוכח מצבה הכספי של החברה מתעורר חשש כי כבר בשנים הקרובות היא תתקשה לעמוד בתשלומים התקופתיים לפירעון אגרות החוב שהנפיקה, ללא צעדי תיקון נדרשים.
למרות כל הנתונים הנ"ל, בשנת 2011, למרות מצבה הכספי הבעייתי של החברה, אישר דירקטוריון החברה תוספות שכר בהיקף של כ-150 מיליון ש"ח.