יורם בליזובסקי, מנכ"ל התאחדות התעשיינים מציין, כי בשל האילוצים הביטחוניים, הסחבת במעבר קרני מייקרת את עלות ההובלה לתעשיינים בכ-50%-60%. כלומר מדובר מממוצע של כ-3,500 שקלים להובלה אחת של מכולה, ליותר מ-5,000 שקלים.
בליזובסקי פנה במכתב לשר התחבורה, אפרים סנה ולשר הביטחון בנימין בן-אליעזר וציין, כי תפעול מעבר קרני על-פי הכללים והנהלים הקיימים, גורם לקשיים רבים, בראש ובראשונה לנהגים המובילים. וכן גורם הדבר לעלויות בלתי סבירות של ההובלה.
עוד ציין במכתבו, כי צריך להעמיד ציוד נדרש וכוח אדם מיומן לתפעולו המהיר והיעיל של מסוף קרני ואף להוזיל את אגרות המעבר- אשר נעים כיום מ-150 שקלים למשאית קלה, ל-350 שקלים לסמיטריילר.
בליזובסקי הוסיף, כי צריך לפטור מדמי אחסנה למשך מספר ימים, במקרים בהם המטענים עוכבו בשל סיבות ביטחוניות אשר אינן קשורות לבעל המטען.
מנכ"ל התאחדות התעשיינים ציין במכתבו, על תלונות של מפעלים אשר טוענים כי בשל הספק נמוך של המסוף, הם נדרשים לשלוח את אותו המטען מספר פעמים הלוך ושוב. כמו-כן הנהגים נאלצים ללון במשאיות, לעיתים יומיים ויותר, רק כדי לא להפסיד את התור. דבר זה יוצר בעייה לביטחונם האישי ואף מייקר את עלות ההובלה. התאחדות התעשיינים טוענים כי נהגי המשאיות אינם זוכים ליחס נאות מצד מנהלי המסוף.
בתלונתם של המפעלים השונים טענו, כי רק מלגזה אחת לשינוע מכונות, מופעלת במעבר קרני, וגם זאת על-ידי נהג בלתי מיומן. מנכ"ל התאחדות התעשיינים מסביר, כי בפועל קצב מעבר מסוף קרני הינו איטי, ומציין כי תוספת מלגזות והוספת נהגים מקצועיים במעבר קרני, הייתה מקלה על הלחץ ואף משחררת את המשאיות מהמתנה של שעות רבות.
עוד טוענים התעשיינים, כי רשות שדות התעופה גובה דמי אחסנה גם עבור מטענים שהושהו בשל סיבות ביטחוניות, או בשל ההספק הנמוך של המעבר. בתגובה, מסביר בליזובסקי כי אין כל הצדקה שבעלי מכולות ששהו במעבר קרני, ישלמו דמי אחסנה.