מחלוקת חריפה בחצרות רבנים תומכי שס סביב מינויו של השר הרביעי במפלגה. רבי ברוך אבו חצירה, הבאבא ברוך, שיגר לרב עובדיה יוסף מכתב חריף ובו תקף את יו"ר התנועה. הרב מנתיבות מאשים את אליהו ישי בשקר ובהונאה.

"פיו וליבו לא שווים, הוא עשה מניפולציות וקידם אנשים שהוא חפץ בעיקרם ודחק אנשים אחרים... בגלל כבודו של מרן (הרב עובדיה יוסף - ע.י.) אני מעביר את דינו לשמים", כתב במכתב שהגיע לידי קול ישראל.

עוד כתב הרב אבו חצירה, כי ישי הבטיח שהשר הרביעי יהיה יעקב מרגי, בן העדה המרוקנית ותושב באר שבע, אך הוא למעשה פעל אצל הרב עובדיה יוסף, בניגוד להבטחתו, והביא למינויו של משולם נהרי. במכתב הוא מכנה את אלי ישי רמאי ושקרן שאינו ראוי ואינו הגון להיות יו"ר התנועה. יש הרואים בפניית הרב אבו חצירה פנייה על-רקע עדתי, משום שנהרי הינו בן העדה התימנית.

בתגובה אומרים ראשי שס כי כל החלטה בעניין מינוי שרים היא החלטה של מועצת חכמי התורה בלבד. גורמים לא רשמיים בשס אמרו כי אם למישהו יש בעיה - יואיל לפנות למועצת חכמי התורה.

גורם בשס, המקורב לחה"כ מרגי, אמר ל- Nfc, כי על-פניו נראה שהמכתב מזויף, זאת לאור העובדה שהבאבא ברוך נמנע מלכתוב מכתבים, שמא יטענו שהם מזויפים, ומעדיף לומר את דבריו ישירות לכלי התקשורת.

דובר שס אמר בתגובה: "אנו מגבים את יו"ר תנועת שס אלי ישי. כל החלטה בעניין מינוי שרים הינה החלטה בלעדית ומוחלטת של מועצת חכמי התורה", אמר רועי לחמנוביץ'.