משרד הביטחון הקים אגף לפיקוח על היצוא הביטחוני. בראש האגף מונה אלי פינקו. הודעה רשמית נמסרה על-ידי משרד הביטחון (א', 4.6.06). פינקו הינו עובד משרד הביטחון מאז שנת 1970 וכיום הוא ממלא תפקיד של ראש משלחת משרד הביטחון בצרפת.
הקמת האגף נעשית במסגרת הסכם ההבנות שנחתם בין משרד ההגנה האמריקני לבין משרד הביטחון הישראלי. ההסכם נועד לשים קץ למשבר בין שני הגופים - בעקבות עיסקת המזל"טים בין ישראל לסין, שעוררה את רוגזם של האמריקנים.
במשרד הביטחון ציינו, כי האגף החדש יתבסס בעיקרו על יחידות קיימות במשרד שפעלו במסגרת אגפים שונים, אשר ריכוזן יצור הפרדה בין פונקציות של קידום היצוא הביטחוני לבין אלו העוסקות ברישוי, פיקוח ואכיפה. כמו כן, המהלך הארגוני החדש ילווה בצעדים שיובילו לייעול וקיצור משך הזמן הנדרש לתהליך הרישוי.
בעקבות המשבר העמוק עם האמריקנים נדרש מנכ"ל המשרד, עמוס ירון,
לסיים את תפקידו. במסגרת מסמך ההבנות
שנחתם בחודש אוגוסט נאמר: "משרד ההגנה של ארה"ב ומשרד הביטחון הישראלי חתמו על הבנה המיועדת לפתור בעיות מהעבר אשר פגעו באופן רציני ביחסים שבין מערכות הביטחון שלהן בתחום אבטחת טכנולוגיות ואשר מתחילה את השבת האמון בתחום האמור".
אגף הפיקוח על הייצוא יהיה אחראי לפעילות הסברתית בקרב החברות והעוסקים בתחום היצוא הביטחוני, על-מנת שהוראות החוק וכללי הפעולה בתחום זה יהיו נחלת כלל העוסקים ביצוא הביטחוני.
במשרד הביטחון הדגישו, כי האגף החדש יפעל בשיתוף פעולה עם משרדי ממשלה נוספים שיש להם ממשקים לתחום הייצוא הביטחוני ובכלל זאת משרד התעשיה, המסחר והתעסוקה ומשרד החוץ.
במשרד הביטחון הזהירו, כי כל ייצוא של ציוד ביטחוני המוגדר בחוק, ללא היתר מתאים, מהווה עבירה על החוק הפלילי. על-פי החוק, חל איסור על אזרח ישראלי לנהל משא-ומתן לצורך ייצוא ביטחוני בלא היתר לניהול משא-ומתן או בניגוד לתנאי ההיתר למשא-ומתן שבידיו. כמו כן, חל איסור על אזרח ישראלי לייצא ציוד וידע ביטחוניים, כולל ייעוץ או תיווך, ללא היתר לייצוא מתאים.