למרות שהצטננות ושפעת שניהם זיהומים בדרכי הנשימה, הם נגרמים מווירוסים שונים. ולמרות שהתסמינים עשויים להיות דומים, חשוב לאבחן נכון את המצבים כדי להמנע מסיבוכים של שפעת, כמו דלקת ריאות.
על-פי הסוכנות האמריקנית לבקרת מחלות, תסמיני השפעת - הכוללים כאבים בגוף, חום, שיעול ועייפות - בדרך כלל חמורים יותר מתסמיני ההצטננות. אף סתום ונוזל, לעומת זאת, הם תסמינים אופייניים יותר להצטננות מאשר לשפעת.
הצטננות תחלוף בדרך כלל מעצמה. השפעת, עלולה לגרום גם לסיבוכים רציניים - במיוחד בקרב אנשים קשישים או אנשים הסובלים ממחלות כרוניות כמו סוכרת.
כששפעת לא מטופלת היא עלולה לגרום לדלקת ריאות ולזיהומים חיידקיים.