שופטת בית משפט השלום בתל אביב, דליה מארק-הורנצ'יק, אישרה (ג', 12.9.06), את הסכם הפשרה, אליו הגיעו עמותת הירוקים שתבעה את רשות נחל הירקון, המשרד להגנת הסביבה, נציב המים, רשות שדות התעופה ושמונה רשויות מקומיות שלאורך הירקון והאיילון.
הסדר הפשרה נותן תוקף ואישור, לפעולותיה של רשות נחל הירקון לשיקום הנחל, בהתאם להחלטת הממשלה על תוכנית "גאולת הירקון". כל הצדדים הצהירו על תמיכתם בפעילות רשות נחל הירקון ועל מחויבותם לפעולה זו, על-פי חלקם בתוכנית גאולת הירקון.
הפשרה הושגה לאחר כחמש שנים של הליכים משפטיים ולאחר שהתובעים השתכנעו על-יסוד תצהירים וחוות דעת שהוצגו בפניהם, כי איכות המים בירקון היא תוצאה של ניצול המים השפירים על-ידי נציב המים לצרכי השקיה, ושל תהליכי עיור שעברו על אגן הירקון, בעשרות שנותיו, לצד רמת טיהור משתפרת והולכת של מי הקולחין, שהינם המרכיבים העיקריים של מי הירקון.
השופטת דליה מארק-הורנצ'יק ציינה בפסק הדין, כי "בית המשפט מוקיר ומעריך את המאמץ יוצא הדופן שנעשה בתיק זה ע"י נציגי הפרקליטות, רשות נחל הירקון והתובעים, תוך גילוי רצון טוב והבנת החשיבות הציבורית שיש לעניין להסיר כל זיהום מנחל הירקון ונחל האיילון".
ברשות נחל הירקון שיוצגה ע"י עו"ד ד"ר אהוד חשן, הביעו שביעות רצון מן התמיכה והאמון שניתנו לפעולותיה של הרשות למניעת זיהום נחל הירקון ולשיקומו. ברשות נחל הירקון, ממשיכים לקדם במלוא המרץ את הפעולות הנדרשות לשיקום הנחל, על-פי התוכניות שאושרו.