בעקבות עתירה של עמותת אדמתי, המייצגת כ- 140 קיבוצים ומושבים, הורה בג"צ (ד', 27.9.06) למועצת מקרקעי ישראל לשקול שוב את גובה הפיצוי לחקלאים בעת שינוי יעוד קרקע על-פי החלטה 969.
בג"צ הקציב למועצה חצי שנה, עד למרס 2007, כדי לסיים את ההליך ולקבוע מחדש את מדיניותה ביחס לפיצוי החקלאים וזאת לאחר שימוע שבו תינתן לאנשי אדמתי ולגופים אחרים הזדמנות להציג את טיעוניהם בפני המועצה.
בכך קיבל בג"צ את עמדת עמותת אדמתי, שההחלטות בנוגע לפיצוי החקלאים צריכות להתקבל במועצת מקרקעי ישראל ולא על-ידי פקידי המינהל, מאחר שהם האמונים על יישום מדיניות המקרקעין ולא על התווית המדיניות.
כזכור, העתירה באה בעקבות החלטה 969 שהתקבלה על-ידי מועצת מקרקעי ישראל, לאחר בג"צ הקרקעות שביטל החלטות קודמות של המועצה. על-פי החלטה זו, הפיצוי לחקלאים נגזר מסכום בסיס, בהתאם לסוג הגידול הנוכחי בחלקה, ותוספת בגין כל שנת ותק של החזקת החוכר בקרקע.
לטענת עמותת אדמתי, המיוצגת בידי עוה"ד נעם עופר ויוסי ג'רסי, "הפיצוי הנוסף" לישובים הותיקים מתמצה בסכומים מגוחכים של עשרות בודדות של שקלים לדונם לכל שנת ותק שהם בבחינת לעג לרש. כך לדוגמא, זכאי ישוב המחזיק 70 שנה בקרקע מסוג בעל לפיצוי נוסף של כ- 29 שקלים לדונם לכל שנת ותק.
בעקבות הגשת העתירה החליט המינהל להקפיא את החלטה 969 לשנתיים. עמותת אדמתי התנגדה להקפאת ההחלטה לזמן כה ארוך, מאחר שמדובר בניסיון התחמקות מדיון ענייני ואמיתי בשיעור הפיצויים ההוגן המגיע לחקלאים, ובניסיון לבטל את ההחלטה הלכה למעשה.
יו"ר עמותת אדמתי, בארי הולצמן, הביע שביעות רצון מהחלטת בית המשפט. "טוב עשה בית המשפט שקצב בזמן את הדיון בסוגית גובה הפיצויים וחייב את המועצה לערוך שימוע אמיתי של עמדות הציבור", אומר הולצמן.