בג"צ דחה (ה', 26.10.06) עתירות שהגישו תושבי כפרים פלשתינים בשומרון נגד תוואי גדר ההפרדה, כשהוא קובע: שיקולי הביטחון קודמים להפסדים הנגרמים לפלשתינים.
העתירה התייחסה לקטע באורך כשישה קילומטרים, שנבנה מסביב ליישובים עמנואל, מעלה שומרון וקרני שומרון, העובר באדמות כפרים פלשתינים במערב השומרון.
השופטים - נשיא בית המשפט העליון בדימוס, אהרן ברק, הנשיאה דורית ביניש והשופטת אילה פרוקצ'יה, ציינו בפסק הדין: "מסקנתנו הינה כי לא נמצאה עילה להתערב בשיקול דעתו של המפקד הצבאי באשר לאף אחד משלושת המקטעים אשר עמדו לבחינתו... לא שוכנענו כי קיים תוואי חלופי המקיים את דרישות הביטחון באופן דומה לתוואי הנבחר".
בית המשפט ציין את ההתחייבות שנתנה המדינה, לאפשר "נגישות של התושבים הפלשתינים לאדמותיהם החקלאיות ולערי המחוז והכפרים באזור השומרות". במידה שאלה לא יקוימו, התירו השופטים לתביעה, לשוב ולעתור לבג"צ.
על-אף שמדובר במתחם בעל ערך היסטורי ואדריכלי רב, המתחם נמצא מזה שנים במצב של הזנחה מבישה
