בפברואר 2005 החליט מבקר המדינה להפעיל את ביקורת המדינה על ארגון אלמנות ויתומי צה"ל. בעיקר נבדקו סוגיות הקשורות לניהול הארגון ולדוחות הכספיים שלו. הממצאים שמעלה דוח מבקר המדינה מצביעים על ליקויים חמורים באופן שבו מתנהל הארגון, שלא בהתאם למסגרת הנורמטיבית המחייבת אותו.
דוח המבקר מעלה כי הוועד המנהל והנציגות הנבחרת אינם ממלאים את תפקידם כגופי הבקרה והפיקוח וכבעלי האחריות להתנהלות התקינה והיעילה של הארגון. יו"ר הארגון, פנינה כהן, לא דחקה בגופים אלו לפעול כנדרש מהם, ובפועל נטלה את מרבית הסמכויות לנעשה בארגון, שלא בהתאם להוראות החוק ולדפוסי מינהל תקין. משבר שפרץ בארגון בשלהי 2005 חשף מערכת יחסים עכורה בקרב הנהלת הארגון. כתוצאה מכך, קובע המבקר, חדל הארגון מלפעול למטרות שלשמן הוקם ונגרם לו נזק רב. הארגון, כידוע, מטפל ושומר על זכויותיהם של אלמנות ויתומי צה"ל.
ב-2005 החליט המבקר לערוך ביקורת גם בארגון יד לבנים. הממצאים שעלו מצביעים על כך שמוסדות הארגון הנבחרים ונושאי התפקידים, יו"ר הארגון אלי בן שם, והמנכ"ל מוטי שלו, לא מילאו את תפקידם כמתבקש וכתוצאה מכך נפגמו הפיקוח והבקרה על פעילות הארגון.
נאוה שוהם, המייצגת את אלמנות צה"ל שפתחו בהליכי הביקורת, מסרה כי "הדוח מוכיח כי פנינה כהן עושה בארגון כרכושה הפרטי. הממצאים החמורים מחייבים התפטרות שלה, בכדי שתהיה הזדמנות לשקם את הארגון. אנו מתכוונים בימים הקרובים גם להגיש תלונה במשטרה בחשד למעשים פליליים הנרמזים בדוח".
